법원의 판결에 따른 부가가치세 환급결정을 하면서 그 매입세액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 2008.2.1. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 시승, 대차 등의 목적으로 사용한 소형승용자동차(이하 “시승용 차량”이라 한다) 및 임직원용 차량에 대하여 자가공급으로 보아 2003년 제1기 ～ 2007년 제2기 과 세기간에 대한 부가가치세 OOO원을 경정 ․고지하였다.
• 나. 그 후 처분청은 청구법인이 제기한 부가가치세 부과처분에 대한 소송결과 부가가치세 과세처분을 일부 취소하라는 확정판결(OOO법원 2011누46172, 2012.6.15.)에 따라 2012.9.27. 청구법인에게 2003년 제1기 ～ 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급․결정하고, 법인소득금액계산시 손금에 산 입한 자가공급분 부가가치세액을 해당 각 사업연도의 손금에 불산입(유보, 판매시점에서 손금산입)하여 2013.1.7. 청구법인에게 2003 ～ 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판 단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제2항 의 ‘해당 결정·판 결’에 해당한다고 할 수 없어 과세처분과 과세기간을 달리하는 기 간에 대해 새로운 과세처분을 하는 경우, 새로운 처분에 대하여 특례 제척기간이 적용되지 않는 것으로(대법원 2012두 6636, 2012.10.11. 참조), 청구법인의 부가가치세 부과처분 취소판결은 처분청이 청구법인에게 한 부가가치세 부과처분만을 취소하라고 주문하고 있을 뿐이므로, 부 가가치세 환급에 따라 조정되는 법인세액은 해당 세목인 ｢부가가치 세법｣이 아닌 ｢법인세법｣에 의거하여 조정되는 것으로 ‘해당 결정, 판결’에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분이 아닌 전혀 새로운 처분인 것으로 부과제척기간이 경과된 이 건 법인세부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 시승용 차량에 대한 부가가치세 과세와 법인세 세무조정은 ｢법인세 법｣에 의하여 연관되어 조정되는 것으로 당초 세무조사시 부가가치세를 부과하고 이를 손금으로 인정하여 법인세를 감액경정하였으므로 과 세되었던 부가가치세가 법원의 판단에 의하여 취소되었을 경우 법 인세 세무조정을 하는 것은 새로운 처분이 아닌 부수적인 처분일 뿐이므로 판결문의 언급여부에 불문하고 경정되어야 한다. 또한, 당초 불복당시 증액결정처분에 대해서만 다툴 수 있고 최초 신고시보다 감액된 법 인세에 대해서는 불복대상이 아니어서 다투지 않았을 뿐으로, 동 금액에 대해 법인세를 경정하지 않는다면 근거없이 최초 신고․납부했던 세액보다 과소하게 결정되어 오히려 환급세액이 발생는 모순이 발생하게 된다.

• 가. 쟁 점 법원의 판결에 따른 부가가치세 환급결정을 하면서 법인세 경정(자가공급분 부가가치세 손금불산입)이 부과제척기간이 도과된 새로운 처분으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2007년 7월 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 2003년 제1기 ～ 2007년 제1기 부가가치세 과세기간에 청구법인이 수입하여 매입세액공제를 받은 시승용 차량과 임직원의 업무용으로 사용한 차량을 ｢부가가치세법｣상 자가공급으로 보아 기 공제받은 매입세액을 불공제하여 부가가치세 OOO원을 경정․고지하고, 비영업용 소형승용차 간주공급에 대한 부가가치세액을 법인세 과세표준 계산시 손금에 산 입한 후, 2008.6.20. 시승, 마케팅, 교육, 테스트 등의 목적으로 사용된 차량 중 시승목적으로 사용된 차량을 제외한 나머지 차량(마케팅, 교육, 테스트)은 비영업용으로 보아 그와 관련된 부가가치세 및 법인세를 경정․결정하였다. (2) 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하여 OOOO법원으로부터 2012.7.5. 청구법인의 2003년 제1기 ～ 2007년 제2기 과세기간의 시승이나 전시용도로 사용하는 차량은 ｢부가가치세 법｣상 비영업용 차량에 해당하지 않으므로 부가가치세 부과처분은 취소 되어야 하고, 임직원이 업무에 사용함으로써 비영업용 소형승용차로 특 정되므로 ｢부가가치세법｣상 간주공급에 해당하여 당초 처분이 정 당하다 하여 부가가치세를 일부 취소하라는 취지의 판결(2012.6.15 선고, OOO법원 2011누46172호)을 받았다.

(3) 처분청은 위 고등법원법원의 판결확정에 따라 2012.10.4. 부가 가치세를 감액경정하고, 2013.1.2. 당초 조사시 부가가치세 매입세액 불 공제로 과세처분을 하면서 법인소득금액 계산시 손금에 산입한 부 가가치세액을 다시 손금불산입 유보로 세무조정(차량판매시점에 손금산입)하고, 이 건 법인세를 경정․ 고지하였다. (4) ｢국세기본법｣ 제26조의2 제2항 에 이의신청, 심사청구, 심판청구, ｢감사원법｣에 따른 심사청구 또는 ｢행정소송법｣에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년이 지나기 전까지 해당 결정․판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. (5) 관계법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 이 건 법인세 부과처분의 근거가 된 청구법인의 시승용 차량에 대한 부가가치세 과세와 법인세 세무조정은 동일사안에 대한 연결된 처분으로서 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하다 할 것인 바(조심 2010서778, 2010.1.31. 참조), 당초 세무조사시 부가가치세를 부과하면서 그 세액상당액을 해당사업연도의 손금으로 인정하여 법인세를 감액경정하였으므로 이 건과 같이 부가가치세 과세처분을 법원의 판결에 의하여 취소결정하면서 그와 관련된 법인세 세무조정을 하여 법인세를 결정하는 것은 새로운 처분이 아닌 부수적인 처분에 해당할 뿐이어서, 국세부과제척기간이 경과된 새로운 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.