청구인의 물류센터는 임시투자세액공제대상인 물류산업(창고업)으로 볼 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.7.7. OOO중앙회의 운송자회사설립방침에 따라 설립되어 운송사업 및 해운중개업 등을 주요 사업목적으로 하는 법인으로, 2008.7.11. 경정청구를 통하여 2005～2007사업연도 중 OO종합유통단지 내 공동집배송단지의 “BPR물류센터”(이하 “쟁점물류센터”라 한다)에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)제26조의 규정에 따라 임시투자세액공제를 적용받았다.
• 나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2012.3.19.부 터 4.20.까지 청구법인 대하여 법인세 통합조사를 실시하 여

물류센터가 임시투자세액공제 대상자산에 해당하지 않는 것으 로 보아 세액공제를 배제하도록 과세자료를 처분청에 통보하였다.

• 다. 처분청은 이에 따라 2012.5.8. 청구법인의 2005～ 2007 사 업연도 임시투자세액공제 대상세액을 부인 하여 이월공제 받은 법인세 2007년 △OOO원, 2008년 OOO원, 2009년 OOO원, 2010년 OOO원을 납부할 세액에 가산하여 법인세를 경정하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.1. 이의신청을 거쳐 2013.3.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점물류센터는 건축물대장에 운수시설(집배송시설)로 등재되어 있으나, 2006.5.8. 건축법 시행령이 개정되어 [별표1] 제8호 운수시설에 ‘
• 마. 집 배송시설’이 신설된 것으로, 개정 전에는 제14호 창고시설만 규정 되어 있으므로 종전 규정에 따라 창고시설에 해당하는 것으로 보아야 하고, 구 건축법 시행령부칙(2006.5.8. 대통령령 제19466호로 개정된 것) 제2호 의 일반적 경과규정에 따르면, 2006.5.8. 이전에 지구단위계획에 관한 도 시 관리계획 결정고시가 있는 경우에는 건축기준 등의 적용에 있어서 종전 규정을 따르도록 되어있는 바, OO시에서 쟁점물류센터 용지를 분양공고(2005.11.16.) 전에 “집배송시설”로서 건축법상 허가를 이미 얻었으므로 종전규정인 구 건축법 시행령[별표1] 제14호 가목 창고시설로서 임시투자세액공제대상에 해당한다. (2) 청구법인은 OOO중앙회에 단순히 건물을 일괄 임대한 것이 아니라 “BPR 신용문서보관소 임대차계약” 및 “영업점 BPR 통합물류용역계약”을 통해 BPR 문서보관사업을 수행하였고, 통계청은금융회사와 물류센터간 보관시설(금융기관직원 상주) 에 대한 임대차 계약을 맺고 금융기관의 전표, 장표, 어음 등을 운송하여 물류센터에 보관하는 활동은 주된 산업활동의 특성에 따라 ‘521 창고업’과 ‘6811 부동산임대업’을 합께 영위하는 활동으로서, 주된 산 업활동 분류는 부가가치가 큰 활동으로 판단하라고 하였는바, 통 합물류 운송보수가 임대수입보다 크므로 주된 산업은 ‘521창고업’에 해당하고, 임대차계약에 따라 보관물의 도난·망실에 대한 책임이 수탁자인 청구법 인에 있으므로 상법에서 규정하는 창고업에 해당한다. (3) (예비적 청 구) 청구법인은 쟁점물류센터 투자금액에 대하여 2008.7.11. 경정청구를 하였고, 관할 세무서인 처분청에서 내부검증을 거쳐 임시투자공제 대상세액을 환급결정 통지하였으므로 2012년 중 조사청이 법 인세 통합조사를 실시하여 임시투자세액공제를 부인하는 것은 국세기본법에서 정하고 있는 중복조사금지의 원칙을 어긴 위법한 과세처분에 해당하므로 이 건 과세는 취소되어야 한다.

• 가. 쟁 점 ⓛ BPR물류센터가 임시투자세액공제대상인 물류산업(창고업)으로 볼 수 있는지 여부(주위적 청구)

② 경정청구환급결정이 세무조사에 해당하는지 여부(예비적 청구)

• 나. 사실관계 및 판단 (1)조특법 제26조(임시투자세액공제) 제1항은 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당 하는 세액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제하고, 같은 법 시행령」제23조(임시투자세액공제) 제1항은조특법제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 물류산업 등을 영위하는 내국인이 2007년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말하고, 같은 법 시행규칙 제14조(임시투자세액공제 대상 사업용 자산의 범위)는 영 제23조 제1항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용 자산"이라 함은 제3조의 규정에 의한 사업용자산과 물류산업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용 자산으로서 별표 3의 유통산업합리화시설로 규정하고 있다.

(2) 조사청은 2012.3.19.부터 2012.4.29.까지 청구법인의 2007～2011사업연도에 대한 세무조사를 실시하였고, 각 사업연도에 대한 법인세 조사항목별 처분내용은 아래 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO O OOOOO OO OOO OOOOO OOOO (OO: OO) 제1조 (임대차 목적물의 표시) 소재지: OOO동 661-3 토지 12,245.38㎡ 건물명 및 면적: OOO BPR 물류센터 1, 2층 건물 13,705.54㎡ 건물용도: 운수시설(집배송시설) 제2조 (월 임차료) ② 본 계약에 의한 월 임차료는 OOO(부가세 포함, 평당 OOO원)으로 하고, “을”은 “갑”의 청구에 의하여 매월 말일까지 “갑”에게 지불하기로 한다. 제4조 (제세공과금 및 관리용역비) ⓛ 임대차목적물에 부과되는 일체의 조세와 제세부담금 및 공과금은 이 계약서에 정함이 없는 한 “갑”이 부담한다.

② 임대차 목적물의 관리를 위한 제반 관리용역비는 “갑”이 부담하기로 하되, 수도광열비(전기료, 상하수도료, 가스료, 유류비)는 “을”이 부담하는 것으로 한다. 제7조(유지․관리) ⓛ “갑”은 임대차 목적물 및 시설을 위한 양호한 상태로 유지하여 “을”의 업무수행에 지장이 없도록 하기 위해 자기의 비용으로 <별첨1>의 내역을 철저히 이행하여야 하며, 만약 임대차 목적물 및 시설에 하자 발생 시 즉시 복구하여야 한다. <별첨1>: 신용문서보관소 건물/시설관리내역(건물 관리 및 수선, 공용시설 및 설비, 각종설비 소모품 공급, 시설팀 인건비, 건물경비, 청소 및 소독, 청소용품 및 소모품 공급

(3) 청구법인(갑)과 OOO중앙회(을) 사이에 2007.6. 2008.6. 2010.6. 체결한 쟁점물류센터 에 대한 임대차계약서 주요내용은 아래와 같다.

(4) 청구법인은 위 임대차계약에 따라 OOO중앙회로부터 월 임대료로 2007.6.～2008.5. OOO만원, 2008.6.～2010.5. OOO만원, 2010.6.～2011.12. OOO만원을 수령하였고, 연도별 임대료수령액 은 아래 <표2>와 같고, 청구법인부담 유지관리비 내역은 <표3>과 같

• 다. OOOOOOOOOO OOO OOO OOO

(5) 청구법인은 위 임대차계약 외에 OOO중앙회와 ‘영업점BPR통합물류용역’ 계약을 체결하고 OO중앙회의 영업점과 신용문서보관소 간에 전표, 어음, 중요문서 등을 운 송하는 용역을 제공하고 있고, 아 래 <표4>와 같이 결산서상 임대매출과 운송용역매출로 구분계상하였고, OOOOOOOOOO OOO OOO OOOO O OOOO OO (OO: OOO, O) 쟁점물류센터 의 건물 및 시설에 대한 운영 및 관리를 하고 있고, OOO중앙회는 하역된 문서를 직접 분류, 스캔 등의 보관작업을 하며, 연 도별 청구법인 및 OOO중앙회 소속 직원(아웃소싱 포함)은 아래 <표5> 와 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OOO OOOO O OOOOO OO OO

(6) 주위적 청구에 대하여 본다. 조사청의 현지 확인조사를 통해 청구법인은 쟁점물류센터를 OOO협동조합중앙회와 임대차계약을 체결하여 건물 전체를 임대 중에 있으며, OO중앙회는 임차한 건물을 전표, 어음, 중요문서 등을 보관하는 서 고로 사용 중인 것으로 확인되는 점, 청구법인은 임대차계약 상 건물주로서 임대차목적물 및 시설을 양호한 상 태로 유지·관리하는 것으로 되어 있고, 매월 소정의 임대료를 OOO중앙회로부터 수년간 수령하고 있으며, 결산서 상 임대매출과 운송용역매출로 구분계상하고 있는 점, 쟁점물류센터 연도별 청구법인 및 OOO중앙회 소속 직원 현황을 보면, 청구법인은 물류센터 운영관리를 주로 영위하고 있고, OOO중앙회는 BPR신용문서 보관업무를 주로 하고 있으며, 그에 필요한 인력은 OOO중앙회 소속 직원으로 구 성되어 있는 점에서 처분청이 청구법인의 쟁점물류센터가 임시투자세액공제 대상자산 에 해당하지 아니한 것으로 보아 세액공제를 배제하 여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 예비적 청구에 대하여 본다. (가) 심리자료를 보면, 청구법인은 2008.7.11. 2005～2007사업연도 중 쟁점물류센터 투자금액에 대하여 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 확인을 거쳐 쟁점물류센터가 임시투자세액공제 대상에 해당된다고 보아 위 사업연도에 신고 된 임시투자세액공제세액 상당에 대해 환급결정을 통지(실제 환급은 당시 최저한세 적용으로 2007년 이후부터 이월공제 받게 됨)한 것으로 나타난다. (나) 국세기본법 시행령제63조의2 제3호에 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우는 중복조사의 예외로 규정되어 있고, 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 자체내부검증이나 현장확인(국세청 조사사무처리규정 제3조)은 세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말하는 것인바, 청구법인의 경정청구에 따른 처분청의 현장확인은 세무조사로 볼 수 없으므로 이 건의 경우 중복조사로 볼 수 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.