재산세 과세대장상 주택면적에 따라 장기보유특별공제액을 재산정하는 것이 타당함

처분청이 2012.8.29. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세에 대한 경정거부 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1985.1.1. 이전에 취득한 서울특별시 OOO 소재 주택 및 상가 겸용주택(이하 “쟁점겸용주택”이라 한다)에 대하여 2005.3.24. 재개발사업 관리처분계획의 인가로 멸실한 후, 2009.5.15. 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)의 사용승인을 얻고, 2010.3.8. 신축주택을 양도한바, 관리처분계획인가일 전의 양도차익에 관하여 건축물대장상의 쟁점겸용주택의 주택부분(85.79㎡)과 상가부분(365.89㎡)의 면적비율에 따라 장기보유특별공제액을 산정하여 2010.5.7. 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 2012.3.9. 재산세 과세내역서상의 주택(250.71㎡)과 상가(367.28㎡)의 면적비율이 쟁점겸용주택의 실질에 부합한다고 주장하면서, 재산세 과세내역서상의 주택비율에 따라 장기보유특별공제액을 산정하도록 양도소득세 경정청구를 하였으나, 처분청은 2012.8.29. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.23. 이의신청을 거쳐 2013.3.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 건축물대장을 근거로 쟁점겸용주택 중 주택부분 면적을 85.79㎡로 인정하고, 재산세 과세내역서상의 주택부분 면적 250.71㎡에 따라 청구인이 한 경정청구를 거부하였으나, 쟁점겸용주택은 실제 1,2,3층 모두 같은 면적으로 지어졌고, 3층 전체를 주택으로 사용하였으며, 그 외에도 3층에 옥탑방이, 쟁점겸용주택 옆에 별도의 무허가 주택이 있었던바, 주택이 250.71㎡로 나타나는 재산세 과세내역서가 쟁점겸용주택의 실체적 현황에 가깝고, 건축물대장은 이와 거리가 멀다. 이러한 사실은 쟁점겸용주택의 사진, 항공사진, 폐쇄지적도, 이웃 주민들의 인우보증서 등에 의하여 인정할 수 있다. 처분청은 쟁점겸용주택의 전경사진에는 건물 전체가 나타나지 않아 건물의 구조나 형태를 확인할 수 없고, 기억에 따른 도면 및 기타 사진 등은 주택면적에 관한 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙이 아니라고 하나, 국토지리정보원의 항공사진(2005년 5월)으로 추산해보면, 재산세 과세내역서상의 주택면적 250.71㎡에 근접한 것으로 나타나고, 용산구청장은 건축물대장과는 관계없이 실제 부동산의 현황을 실사하여 재산세를 부과하여 왔으므로, 재산세 과세내역서상의 주택면적에 따라 주택면적을 인정함이 타당하다. 처분청은 부동산등기부등본 및 청산금 정산내역상 건물면적이 모두 건축물대장과 일치한다는 의견이나, 부동산등기부등본은 건축물대장을 근거로 하여 작성되므로 양자가 일치하는 것은 당연하고, 정산내역 또한 실측을 통해 감정평가를 한 것이 아니었던바, 주택의 실체적 현황과는 거리가 먼 건축물대장을 근거로 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 쟁점겸용주택의 재산세 과세내역서를 보면 층별 구별없이 목욕탕 용도 면적이 208.27㎡와 157.62㎡이고 주택 용도 면적이 250.71㎡이며 지하 면적이 52.53㎡로 확인되고 있으나, 청구인이 주장하는 바와 같이 3층 주택면적이 250.71㎡라고 한다면 1층 면적 208.27㎡ 및 2층 면적 157.62㎡보다 3층 면적이 훨씬 더 넓게 되어 일반적인 건축물 구조상 나타나기 어려운 상황으로 보이고, 또한, 쟁점겸용주택이 재개발되기 직전에 촬영하였다는 전경사진은 건물 전체가 나타나지 않아서 건물의 구조나 형태를 확인할 수 없고, 과거 기억을 되살려 작성한 쟁점겸용주택의 도면이나 과거 쟁점겸용주택 내부에서 촬영하였다는 사진 자료 및 항공사진만으로 3층에 무허가 주택이 존재하였다는 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙으로 인정하기 어렵다. 반면, 종전 쟁점겸용주택의 건축물대장상 건물부분 면적과 ‘건물 등기부등본상 건물부분 면적은 동일하게 503.42㎡이며 그 중 주택부분 면적은 85.79㎡로 확인되고 있는 점, 2005.3.4. 관리처분계획인가에 따른 종전 쟁점겸용주택의 청산금 정산 내역상 건물 면적은 건축물대장상의 건물 연면적과 동일한 503.42㎡로 확인되는 점 등으로 판단해 볼 때, 주택은 공부상의 용도나 면적 등에 관계없이 사실상 주거에 사용하였는지 여부에 따라 판단하는 것이며, 공부상의 등재 내용과 실질 내용이 상이한 경우에는 실질 내용에 의하는 것이나 실질 내용이 불분명한 경우에는 공부상 내용에 의하는 것으로 당초 청구인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 재산세 과세내역서에 따른 쟁점겸용주택의 주택면적 비율에 의하여 장기보유특별공제를 하여야 한다는 청구 주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2009.12.31, 법률 제9897호로 일부 개정전의 것) 제95조 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 표2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년이상 4년미만 10% 3년이상 4년미만 24% 4년이상 5년미만 12% 4년이상 5년미만 32% 5년이상 6년미만 15% 5년이상 6년미만 40% 6년이상 7년미만 18% 6년이상 7년미만 48% 7년이상 8년미만 21% 7년이상 8년미만 56% 8년이상 9년미만 24% 8년이상 9년미만 64% 9년이상 10년미만 27% 9년이상 10년미만 72% 10년이상 30% 10년이상 80%

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다. (2) 소득세법 시행령 제159조의2 (장기보유특별공제) 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

(3) 구 지방세법 시행령(2004.12.30, 대통령령 제18610호로 일부 개정 전의 것) 제139조(재산세의 현황부과) 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재상황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 의제취득일(1985.1.1.) 이전에 종전겸용주택을 취득하여 2005.3.24. 재개발에 대한 관리처분계획인가를 받아 신축주택(전용면적 243.85㎡, 대지 61.21㎡)을 배정받은 후 2010.3.8. 신축주택을 OOO원에 양도한 사실 및 신축주택이 고가주택으로서 1세대 1주택임에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 신축주택에 대한 2010.5.7. 2010년 귀속 양도소득세 예정신고당시, 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 건축물대장상의 주택부분(85.79㎡) 및 상가부분(365.89㎡) 면적에 따랐으나, 2012.3.9. 재산세 과세내역서상의 주택(250.71㎡)과 상가(367.28㎡)의 면적비율에 따라 장기보유특별공제액을 산정하여야 한다는 취지로 본 건 2010년 귀속 양도소득세의 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 2012.8.29. 이를 거부하였다.

(3) 쟁점겸용주택의 말소건축물대장상의 부동산 현황(총 면적 503.42㎡)은 아래와 같이 나타나는바, 각 층별로 용도의 기재는 있으나, 목욕탕과 주택의 면적 구분은 없다.

• 3층: 목욕탕, 주택 85.79㎡

• 2층: 목욕탕, 주택 157.62㎡

• 1층: 목욕탕, 주택 208.27㎡

• 지층: (지하) 51.74㎡

(4) 용산구청의 2001〜2004년도 재산세 과세내역서상 부동산 현황(총 면적 670.52㎡)은 아래와 같은바, 용도별 면적의 기재는 있으나 각 층별 구분은 없다.

• 158.68㎡ 용도: 목욕탕

• 208.60㎡ 용도: 목욕탕

• 250.71㎡ 용도: 주택

• 52.53㎡ 구분: 지하

(5) 관리처분인가에 따른 ‘청산금 추산액 내역서’상 부동산 현황은 ‘토지: 대지 284.00㎡, 건물: 목욕탕, 주택 503.42㎡’로 나타나고, 주식회사 OOO 및 주식회사 OOO의 감정평가서(작성일자는 미기재)에 의하면, 쟁점겸용주택에 대한 평가내역은 아래 <표>와 같고, 건물의 면적은 503.42㎡로 나타난다. <표> 감정평가내역 (OO: O, O)

(6) 청구인은 건축물대장상의 주택면적 85.79㎡는 쟁점겸용주택에서 실제 주택으로 사용된 부분의 면적을 반영하지 못하였다고 주장하면서, 증빙으로 쟁점겸용주택의 전면사진(촬영일자 미기재), 국토지리정보원 촬영의 항공사진(2000년 5월), 청구인의 손녀 이OOO이 작성한 3층 도면 및 인근주민 백OOO 등 5명이 ‘쟁점겸용주택은 1〜3층까지 같은 면적으로서, 1·2층은 목욕탕으로, 3층 전체는 청구인 가족이 주택으로 사용하였음’을 확인하는 내용의 인우보증서 5부(2013년 2월)를 제출하였다.

(7) 살피건대, 처분청은 쟁점겸용주택의 주택부분 면적이 250.71㎡이었는지 그 실질 내용이 불분명하므로, 건축물대장 등 공부상 내용에 따라 주택부분 면적을 85.79㎡로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이나, 처분청이 거부처분의 근거로 한 건축물대장으로는 쟁점겸용주택의 층별 면적과 전체 면적만 나타날 뿐 목욕탕과 주택의 구체적인 면적 구분은 나타나지 아니하여, 주택부분 면적을 85.79㎡으로 인정하기 위해서는 3층 부분 전체를 주택으로 사용하였다는 청구인의 주장을 보태어야만 하는 점, 청산금 내역 및 감정평가서 역시 건축물대장상의 건물 전체 면적과 동일할 뿐 주택과 목욕탕의 면적 구별이 나타나지 아니하는 점, 반면, 구 지방세법 시행령(2004.12.30, 대통령령 제18610호로 일부 개정 전의 것) 제139조에서는 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재상황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과하도록 규정하고 있는바, 쟁점겸용주택의 재산세 과세내역서상으로 주택 부분의 면적이 205.71㎡으로 나타나는 점, 쟁점겸용주택의 전경사진, 항공사진, 내부사진 및 쟁점 겸용주택은 1〜3층까지 같은 면적으로서 1·2층은 목욕탕으로, 3층 전체는 청구인 가족이 주택으로 사용하였다는 백OOO 등 인근주민들의 확인서 등에 의하면 실제 주택면적이 건축물대장의 85.79㎡보다 컸다는 청구인의 주장에 신빙성이 있다고 보이는 점 등을 종합하면, 쟁점겸용주택의 재산세 과세내역서에 따라 주택부분의 면적을 205.71㎡로 인정하는 것이 합리적으로 판단된다. 따라서, 처분청이 건축물대장 등 공부상 내용에 따라 주택부분 면적을 85.79㎡로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.