종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 및 신축주택 취득일부터 5년 이우에 발생한 양도소득금액은 과세특례대상이 아님

OOO세무서장이 2012.8.7. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 OOO OOO OOO OOO OOO O OOOOOOOOO OOOO OOOOO의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따라 양도소득금액에서 차감하는 방식으로 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.6.18. 취득한 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)의 재개발에 따라 2003.12.15. OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2011.7.8. 이를 양도하고, 조 세 특례제한법 제99조의3에 규정된 신축주택 취득자에 대한 양도소득 세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액 OOO원을 과세특 례 대상으로 보아 양도소득세 OOO원을 감면세액으로 하여 양 도소득세 신고를 하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전 일 까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 세 액감면방식에 의하여 감면세액을 OOO원으로 산정하여 2012.8.7. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원과 동 환급가산금 OOO원은 2012.8.17. 청구인에게 환급결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.31. 이의신청을 거쳐 2013.2.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 주택재개발(재건축)사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익 산정방법을 규정한 소득세법 시행령 제166조 제2항 을 적용하여 쟁점신축주택의 양도소득금액을 구분계산해 보면, 종전주택(취득일~관리처분계획인가일)의 양도소득금액은OOO원, 관리처분계획인가후 양도소득금액은OOO원으로 계산되는바, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식의 분자와 분 모에는 모두 “취득당시의 기준시가”로 명시되어 있음에도 과세관청에서 분모에는 종전주택의 취득당시 기준시가를, 분자에는 신축주택의 취득 당시 기준시가를 적용함으로써 종전주택의 취득일부터 신축주택 의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 과세특례대상으로 볼 수 없다고 해석하는 것은 같은 법 시행령을 지나치게 확장해석한 것이어서 부당하므로 소득세법 시행령 제166조 제2항을 적용하여 계산한 종전주택의 양도소득금액과 관리처분계획인가후 양도소득금액 중 쟁점신축주택 취득일부터 5년이 되는 날부터 양도일까지의 금액에 대하여만 과세특례를 배제하여야 하고, 설령, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식을 이용하여 안분하여야 한다고 하더라도 관리처분계획인가후 양도소득금액을 위 산식의 분모에 종전주택의 취득당시 기준시가가 아니라 관리처분인가 당시 기준시가를 적용하여 안분한 금액과 소득세법 시행령 제166 조 제2항을 적용하여 계산한 종전주택의 양도소득금액에 대하여만 과세특례를 배제함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며 조합원과 일반분양자간의 감면소득금액의 계산에 있어 동일한 법령을 적용하므로 공평성을 현저하게 해친다고 볼 수 없고, 같은 조 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으므로 관련 법령을 확대‧유추해석한 것이 아니며, 청구인이 새로이 제시한 기준시가 적용에 있어 분모의 취득당시의 기준시가를 토지분은 사업계획승인일의 기준시가를 적용하고, 건물분은 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 법령에 의한 기준시가가 아닌 임의적인 기준시가를 적용하여야 한다는 것이어서 받아들이기 어려우므로 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에서 제외하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점신축주택의 양도와 관련하여 세액감면방식에 따라 양도소득세 과세특례를 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1996.6.18. 종전주택을 취득하였고, 주택재개발사업에 따라 2003.12.15. 쟁점신축주택을 취득한 후 취득일로부터 5년이 경과한 2011.7.8. 쟁점신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서에 의하면, 청구인은 쟁점신축주택을 양도한 것에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원 전액에 대한 양도소득세 OOO원을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하 여 양도소득세 과세특례대상 양도소득금액을 OOO원으로 계산하고, 세액감면방식에 의하여 감면세액을 OOO원으로 계산하였으며, 납부불성실가산세 계산시 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 양도소득세 미납세액에서 차감하여 하여 이 건 과세처분을 하였고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원에 국세환급가산금 OOO원 을 합한 OOO원을 환급결정한 것으로 나타난다.

(4) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 조세특례제한 법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택 의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득 금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금 액 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득 일 전일까지의 양도소득금액과 신축주택의 취득일부터 5년 이후에 발생 한 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 과세특례대상 양도소득금액의 계산은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식을 준용하여 계산하도록 규정하고 있는바, 소득세법 시행령 제166조 제2 항에 따라 계산한 양도소득금액을 기준으로 과세특례대상 양도소 득 금액을 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 관련 법령에 규정되어 있 지 않은 임의적인 방법에 따라 계산한 금액을 적용하라는 것이어서 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도 하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자 에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조세특례제한법 제99조의3 의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 규정 한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부 터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에 서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이므로(대법원 2010두3725, 2012.6.28., 조심 2013서1018, 2013.6.7. 등 다수 참조) 이 건 양도소득 세 과세처분은 쟁점신축주택의 양도소득금액 중 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따른 양도소득세 과세특례대상 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.