건설사업관리용역비, 설계용역비를 토지에만 관련된 비용으로 보기 어려운 바, 공통매입세액으로 보아 안분계산함

OOO세무서장이 2013.2.7. 청구법인에게 한 2012년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 부가가치세법 시행령제61조 의 규정에 의하여 설계용역비(OOO원) 관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 호텔, 오피스텔 등의 총예정공급가액에 대한 면세되는 토지 등과 관련된 예정공급가액의 비율 등에 의하여 과․면세 매입세액을 안분계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO에 본점을 둔 OOO(주)(이하 “매도인”이라 한다)가 ㈜OOO 등에 담보신탁한 OOO 외 4필지 9,921.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 지하 5층, 지상 36층의 복합시설(호텔, 오피스텔 등으로 이하 “쟁점복합시설”이라 한다)을 신축ㆍ분양하는 시행사로, 2012.9.10. 매도인과 “부동산 매매에 관한 양해각서”를 체결한 후, 2012.9.24. ㈜OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 󰡒지구단위계획 용역계약서󰡓를 체결하고 계약금으로 공급가액 OOO을, 2012.10.26. OOO 및 ㈜OOO사무소와󰡒OOO 복합시설 신축공사 설계용역(이하 “쟁점설계용역”이라 한다)계약서󰡓를 체결하고 2012.11.1. 계약금으로 공급가액 OOO원을 각각 지급한 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2012년 제2기 부가가치세 환급 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2012년 11월 청구법인에 대하여 현지확인을 실시한 후, 쟁점설계용역 등의 관련 매입세액이 사업부지를 취득하기 전에 사업성 검토를 위한 사전평가용역비로서 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2013.2.7. 청구 법인에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 사업자가 토지를 취득하기 전에 지구단위계획수립용역, 교통영향평가용역 등을 제공받은 경우 동 용역비를 지급하면서 부담한 부가가치세는 부가가치세법 시행령제60조 제6항의 규정에 의한 토지관련 매입세액에 해당되는 것(재정경제부 소비세제과-141, 2005.9.5)이나, 쟁점설계용역은 쟁점복합시설 신축공사와 관련된 설계용역이고, 그 발주시기도 쟁점토지에 대한 매매계약 이후에 이루어져 사업부지 매입 에 대한 의사결정과는 아무런 관련이 없음에도 이를 토지를 취득하기 전의 사전평가용역비로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법제17조 제2항 및 같은법 시행령 제60조 제6항은 토지의 형질 변경 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점토지에 대한 소유권의 취득 및 건축인허가를 득하여 공사에 착공하기 전까지의 매입액은 실질이󰡒토지를 이용가능하게 만들기 전󰡓까지의 매입으로, 토지를 취득하기 전에 사업성 검토를 위한 사전평가용역비로서 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당하므로 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 호텔, 오피스텔 등 복합시설의 신축과 관련하여 지급한 설계용역비를 토지관련 매입으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 [납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 [매입세액의 범위] ⑥ 법 제17조 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제61조 [매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조의2 [공통매입세액의 정산] 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

(3) 도시개발법 제2조 [정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “도시개발사업”이란 도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다. 제17조 [실시계획의 작성 및 인가] ① 시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여야 한다. 이 경우 실시계획에는 지구단위계획이 포함되어야 한다.

⑤ 실시계획에는 사업 시행에 필요한 설계도서, 자금계획, 시행기간, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항과 서류를 명시하거나 첨부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청에서 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 2012.9.10. 부동산 매매에 관한 양해각서에 의하면, 청구법인은 아래 <표1>과 같이 ㈜OOO 등에 담보신탁된 쟁점 토지를 매매 대금을 OOO원으로 하고, ㈜OOO으로부터는 공매방식으로, ㈜OOO으로부터는 수의계약을 통해 소유권을 이전 받기로 한 것으로 나타난다. <표1> 매매목적물(쟁점토지) (나) 청구법인의 쟁점복합시설 사업계획 등에 의하면, 쟁점복합시설의 총사업비는 OOO원(토지취득비 OOO원, 건물공사비 OOO원 등) 이고, 이 중 O,OOOO원은 PF(Project Financing)대출로, 나머지 OOO원은 분양대금 등 으로 조달할 계획으로 나타난다. (다) 청구법인은 2012.9.24. OOO과 OOO 제1종지구단위계획 및 OOO특별계획구역 세부개발계획 변경에 대한 지구단위계획용역 계약을 하고, 2012.10.29. OOO구청장에게 지구단위계획 변경서를 제출한 것으로 나타난다. (라) 2012.9.24. 청구법인과 OOO(주) 간에 체결된 건설사업관리용역 계약서에 의하면, 용역기간은 본 계약 체결일로부터 용역완성기일(준공검사, 사용승인일)까지로 하고, OOO(주)은 당 프로젝트에 필요한 기초사업계획서 작성, 설계 및 건축 인허가, 시공 등 CM업무 전반의 관련 업무를 진행하고, 사업관리, 원가관리, 공정관리, 품질관리, 계약관리, 안전관리 등에 대한 기술지도를 하며, 건설사업관리 용역비는 아래 <표2>와 같다. <표2> 건설사업관리 용역비 (OO: O) (마) 2012.10.26. 청구법인과 OOO, ㈜OOO사무소가 체결한 쟁점설계용역계약서에 의하면, 대지면적은 공부상 면적 9,537.40㎡, 기부체납 면적 1,695.90㎡, 실사용 면적은 7,841.50㎡이고, 용도는 일반숙박시설(레지던스 또는 비즈니스 호텔) 및 업무시설이며, 용역업무는 ① 계획 및 기본설계(건축, 구조, 기계, 전기, 통신, 소방, 토목, 조경 기타 부대공사), ② 실시설계, ③ 도시계획 및 교통, 환경, 기타 영향평가 등으로 아래 <표3>과 같고, 용역금액은 총 금액 OOO원(계약단가: 일반숙박 시설 10,169평 × OOO원/평, 오피스텔/상가 20,051평 × OOO원/평, 교통영향평가 1식 OOO원)으로 아래 <표4>와 같이 나타난다. <표3> OOO, ㈜OOO사무소 업무내역 <표4> 쟁점설계용역비 지급방식 (OO: O, OOO OO) (바) 2012.11.14. 처분청의 조기환급자 현지확인 조사자료에 의하면, 청구법인 은 쟁점복합시설 신축사업을 건설사업관리 용역을 제공하는 OOOOO(주)와 추진하고 있고, 쟁점토지 매매계약에 대한 이행보증금 으로 OOO원을 지급한 것으로 나타난다. (2) 부가가치세법 시행령제60조 제6항의 토지 관련 매입세액은 토지의 조성 등 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액이나, 토지 의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점설계용역이 토지를 취득하기 전에 사업성 검토를 위한 사전평가용역 이라는 의견이나, 청구법인이 2012.9.10. 매도인과 쟁점토지에 대한 매매 계약을 체결하고, 2012.9.24. OOO에게 지구단위계획의 변경업무를 별도로 위탁한 후, 2012.10.29. 지구단위계획 변경서를 관할 지방자치단체장에게 제출하여 쟁점설계용역은 사업부지 취득 등을 위한 사전평가용역으로 보기 어려 운 점, 쟁점설계용역의 용역기간은 계약체결일부터 사용검사 완료시 까지로 되어 있고, 그 용역내용이 건축ㆍ구조ㆍ기계ㆍ전기ㆍ토목 ㆍ조경으로 되어 있는 점, 호텔, 오피스텔 등을 분양하는 경우 면 세되는 토지 및 과세되는 건물 을 함 께 분양하는 점 등을 감안할 때, 쟁점설계 용역 관련 매입세액 은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령제61조의 규정에 의하여 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급 가액의 비율 등에 의하여 매입세액을 과․면세로 안분계산하여 부가 가치세 과 세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.