종합부동산세액 산출시 공제할 재산세액을 종합부동산세법 및 지방세법상 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것은 잘못이 없음

심판청구를 기각합니다.

• 가. 처분청은 청구법인이 2012.6.1 과세기준일 현재 OOO리 69-7 외 보유하고 있는 과세물건에 대하여 종합부동산세액 계산 시 구종합부동산세법(2010.3.31 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제9조 3항, 제14조 3항, 제6항에 따라 재산세액을 공제함에 있어서 같은 법 시행령(2011.3.31 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것)제4조의2, 제5조의3 1항,2항 소정의 “종합부동산세 과세대상 부동산의 과세표준에 대하여 종합부동산세 과세대상분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”을 “과세기준 초과분 공시지가×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세 표준세율”의 방법(종합부동산세법 시행규칙, 2009.9.23 기획재정부령 제102호로 개정된 것)별지 3호 서식 부표(2)중 작성요령으로 계산하여 공제되는 재산세액을 산정하여 계산하는 방법에 따라 2012.11.20. 청구법인에게 2012년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 OOO원)을 경정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세법제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항의 제정취지 및 개정연혁 등에서 보듯이 기납부 재산세액 합계액 중에서 과세기준을 초과하여 납부한 재산세 비율만큼은 공제하여야 하지만, 본 부과고지서는 공정시장가액 비율을 한번 더 곱함으로써 과세기준 초과금액 중에서 공정시장가액 비율만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세’를 계산함으로 최종적으로 종합부동산세액을 증가시키고 동일 부동산에 대하여 이중과세금지원칙에 반하는 처분이며, 이와 같이 공정시장가액비율을 2회 적용하는 것은 법적 근거가 없는 위법․부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법제9조 제4항 및 제14조 제7항은 종합부동산세 과세 시 재산세액의 공제 등에 대하여 시행령에 위임하였고, 같은 법 시행령 제4조의2 및 제5조의3은 2009.2.4. 아래와 같이 개정되었다. < 종합부동산세법 시행령제4조의2 및 제5조의3의 개정내용> 개정 전(2008년까지 적용) 개정 후(2009년부터 적용) 재산세 부과세액 × 과세기준금액 초과분에 대한 재산세 상당액 재산세 부과세액 × 과세표준에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 전체 공시가격에 대한 재산세 상당액 동 규정의 개정 이전에는 종합부동산세 과세표준 전체에 대하여 과세하지 아니하고 과세표준에 연도별 적용비율을 곱한 후의 공시가격에 대하여만 과세하면서 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 재산세가 과다하게 공제되는 측면이 있었으나, 위의 개정규정은 이러한 불합리한 점을 시정하기 위하여 실제 종합부동산세액 계산 시에 과세표준에 산입되는 공시가격에 과세되는 재산세 상당액을 공제하도록 함으로써 종합부동산세에서 재산세액을 공제하는 제도의 취지에 부합하도록 하였다. 또한, 재산세 과세표준은 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하며, 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하고 있어 공시가격 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세와 종합부 동산세가 이중으로 과세되는 문제가 발생하므로 종합부동산세에서 종합부동산세 과세표준에 산입된 공시가격에 부과된 재산세 상당액을 공제함으로써 이중과세를 조정하고 있는 바, 재산세가 과세되는 부분은 전체 공시가격에 재산세 공정시장가액 비율을 곱한 금액이며, 종합부동산세가 과세되는 부분은 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 공시가격으로, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 개정규정에 따라 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 금액에 대한 재산세 상당액을 공제한 것이라는 점에서 이중과세로 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법․부당한 처분인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 해당연도 재산세액 중 “종합부동산세 과세표준 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율”로 계산한 금액만을 공제할 재산세로 산정한데 대하여 청구법인은 “종합부동산세 과세표준 × 재산세율”로 계산한 금액을 공제하여야 한다고 주장한다.

(2) 살피건대, 2009.2.4. 개정된 종합부동산세법 시행령제5조의3은 종합부동산세액에서 “토지분 과세표준에 대하여 종합(별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”을 공제하도록 규정하였는바, 문리적으로도 종합부동산세 과세표준(과세기준가액을 초과하는 공시가격 × 공정시장가액비율)에 대한 “재산세액”을 계산하여야 한다는 규정으로 해석할 수 있는데,지방세법제110조 제1항 및 제111조 제1항에 의하면 “재산세액”은 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 과세표준에 표준세율을 적용하여 산정하도록 규정한 점, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령⑦은 “과세표준 표준세율 재산세액: (감면 후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%(또는 0.5%)”이라고 규정한 점 등을 감안할 때, 종합부동산세 과세표준에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용하여, “종합(별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합(별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”을 산정함이 합리적이라고 판단된다(조심 2011서2286, 2011.9.1. 등 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한