신축주택을 취득 후 5년 이후에 양도하는 경우 양도소득세 감면대상소득금액을 소득금액에서 차감함.

OOO세무서장이 2012.8.2. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은, 청구인이 OOO를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.1.1. OOO1(이하 “종전주택”라 한다)를 취득․보유하던 중 재건축으로 인하여 2003.12.5. 취득(사용승인)한 같은 동 OOO OOOOOO OOO-OOO(이하 “신축 주택”이라 한다)를 2009.12.7. 양도한 후, 2009.12.18. 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득금액 OOO 원에 대하여조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】을 적용하여 양도소득세 전액을 감면 신고하였다.
• 나. 처분청은 재건축으로 신축주택을 취득한 경우 양도소득세 감면금액은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일(사용승인일)전일까지의 양도차익에 대하여는 적용되지 아니한 것으로 보아, 감면소득금액을 재산정하여 2012.8.2. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.31. 이의신청을 거쳐 2013.2.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3은 미분양주택 해결 및 건설경기 활성화 방안으로 제정된 것으로, 신축주택을 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득세 전액을 감면하고, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 과세대상 소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하여 양도소득세를 계산한다고 규정하고 있으므로, 5년 이내에 양도하는 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액에 대하여 양도소득세 전액을 감면하여야 하고, 5년이 경과하여 양도하는 경우 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 금액에서 차감하는 방식으로 재계산하며, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서 감면 양도소득금액을 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용토록 하고 있어 취득당시의 기준시가를 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석 될 수 밖에 없음에도 처분청이 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배된 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 청구인은 국세청이 새로운 예규를 소급적용하여 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하나, 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 이 건을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인은 보유하고 있던 종전주택이 재개발 됨에 따라 2003.12.5. 취득한 신축주택을 2009.12.7. 양도하고, 2009.12.18. 양도가액(실거래가) OOO원, 취득가액(환산가액) OOO원으로 하여 양도차익 계산 후조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액 감면을 신청하였으나, 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 따라 청구인의 감면신청 세액 OOO원 중 OOO원을 부인하고 납부불성실가산세를 가산하여 2012.8.2. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 사실이 확인된다.

(2) 청구인은조세특례제한법제99조의3 규정을 들어 신축주택을 5년 이내에 양도하는 경우 발생하는 소득에 대하여 양도소득세 전액을 감면하여야 하며, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 또한 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다’고 규정하고 있으므로 감면소득 이외의 양도소득금액에 대한 양도소득세 산출세액은 전체 양도소득금액에서 감면소득을 차감한 후 재계산되어야 하며, 처분청이 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배되고, 청구인의 고의․과실이나 법의 무지 또는 오인에 의한 것이 아닌 과세관청의 법해석상 잘못을 청구인에게 전가하면서 장기간 유지된 국세청의 유권해석을 믿고 따른 데 대하여 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당한 처분이라고 주장한다.

(3) 살피건대,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 이 건을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해 석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하 도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때,조세특례제한법제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하 여야 할 것이다 (대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면 대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.