감면대상소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

OOO세무서장이 2012.9.2. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 청구인이 OOO다세대주택 6개호를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.2.4. OOO에 소재하는 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득 한 후, 그 건축물을 철거하고 2003.3.19. 그 지상에 총 7세대의 다세대주택을 신축하였다.
• 나. 청구인은 위 7세대 중 6세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 임대 하다가 2009.6.24. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 양도소득세 과세표준을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원이조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9276호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 의하여 전액 감면되는 것으로 보아 양도소득세를 신고하였다.
• 다. 그 후 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식의 분모에서 취득당시의 기준시가는 쟁점주택의 신축당시 기준시가가 아니라 종전주택의 취득당시 기준시가라고 보아 쟁점주택의 감면소득을 산정한 후, 여기에 관련법령을 적용하여 산출한 양도소득세 OOO원을 2012.9.2. 청구인에게 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.19. 이의신청을 거쳐 2013.2.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 신축한 쟁점주택의 경우 재건축․재개발과는 다르므로 양도소득세 감면소득을 구하기 위하여 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 적용할 때, 토지의 경우에는 분모의 “취득당시 기준시가”를 주택 신축 당시의 개별공시지가로 한다고 할 것이나, 건축물의 경우에는 종전주택의 건축물에 대하여는 발생한 양도차익이 없고 신축주택 취득일부터 양도일까지만 양도소득이 발생되는 것이어서 그 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 건물분 기준시가가 아니라 신축주택의 건물분 기준시가로 하여 양도소득세를 산출하여야 할 것임에도 처분청이 토지와 건물을 구분하지 않고 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 “분모의 취득당시의 기준시가”를 모두 종전주택의 기준시가로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주택을 재개발․재건축과는 다르다고 보아 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 적용할 때, 분모의 “취득당시의 기준시가”를 토지와 건물로 구분하여 적용하여야 한다고 주장하고 있으나,조세특례제한법제99조의3 제1항에서 제1호는 주택건설사업자로 부터 취득한 신축주택을, 제2호는 자기가 건설한 신축주택으로 열거하고 있는바, 두 종류의 신축주택을 달리 보아 종전주택의 기준시가를 달리 적용할 수는 없으며, 양도소득세의 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생한 양도소득으로 한정하는 것이므로 처분청이 쟁점주택의 토지와 건물의 기준시가를 고려하지 않고 종전주택의 기준시가를 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정한 “취득 당시의 기준시가”로 보아 양도소득세를 과세한 것은 적법하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산출한 것이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 종전주택과 쟁점주택의 기준시가 내역은 아래와 같다. (OO: O) (나) 청구인은 쟁점주택의 양도소득금액을 OOO원으로 하고 양도소득세 과세표준을 OOO,OOO,OOOOOOOO OO OOOOO OOOOO OOO O, OOOOOOOOOOOOOOOOOO OOOO OO OO OOOO OOO OO OOOOOO OOOOOOOOO OO OOOO OOOOO OOOOOOO OOOOO,OOO,OOO원으로 하고 그 과세표준을 OOO원으로 하여 산출한 세액OOO에소득세법제90조의 규정을 적용한 OOO원을조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정에 따른 감면 세액으로 보아 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가)조세특례제한법제99조의3 제1항 본문 및 제1호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (나) 청구인은 위 산식에서 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를 토지와 건물로 구분하여 건축물의 경우에는 종전주택의 기준시가가 아니라 신축당시의 기준시가로 보아야 한다고 주장하나, 종합부동산세법제2조 제3호에서 “주택”이라 함은지방세법제104조 제3호에 의한 주택을 말한다고 규정하고 있고,지방세법제104조 제3호에서 “주택”이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택의 토지와 건물을 구분하여 그 적용을 달리 하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정에 따라 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 판단하고, 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 에서 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가로, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 쟁점주택의 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 판단된다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수).

(3) 한편, 쟁점주택과 같이 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후 양도 시 감면소득금액을 양도소득금액에서 차감하여야 하는지 여부에 대하여 살펴본다. (가)조세특례제한법제99조의3 제1항 본문 및 제1호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으므로 청구인이 2003.3.19. 취득하여 5년이 경과한 2009.6.24. 양도한 쟁점주택의 경우에는 위 조항의 후단을 적용하여 과세표준과 세액을 산정하여야 할 것이다. (나) 처분청은 양도소득세 감면 대상 소득에소득세법제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 산출하였으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻). (다) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면 대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.