종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.12.2. OOO동 78-130 주택 및 부수토지(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 종전주택에 대한 재개발사업에 따라 2003.6.5. OOO동 80 OOO아파트 103동 901호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였으며(청산금 OOO원 추가 납부) 2007.12.28. 신축주택을 양도하고 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세(산출세액 OOO원)를 전액 감면신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 2012.8.27. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경 정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.22. 이의신청을 거쳐 2013.2.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세액 100%에 상당하는 세액감면을 하는 것이므로 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 적용되는 ‘취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 계산할 필요가 없는바, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식은 신축주택 취득일로부터 5년경과 후 양도하는 경우 과세대상소득금액에서 차감할 ‘취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하기 위해 준용하는 것으로 처분청이 청구인에게 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 을 적용하여 동법 시행령 제40조 제1항을 준용한 본 건 처분은 위법하고, 청구인은 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하여 관련 예규 등에 따라 100% 세액감면으로 신고하였는데 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20., 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니함)에 따라 뒤늦게 부과처분을 한 것은 소급과세된 것이며, [설령 새로운 예규(재산세과-227)를 적용한다고 하더라도] 양도차익 산정에 관한 규정이 2007.2.28. 실지거래가액 방식으로 개정되었으므로 개정된 소득세법의 취지에 따라서, 감면소득금액 = 전체 양도소득금액 × (감면대상 양도차익 / 전체 양도차익) 산식에 의해 실지거래가액으로 안분하여야 하고(여기서 분모인 전체 양도차익은 종전주택의 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도차익이고 분자인 감면대상 양도차익은 신축주택 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 양도차익으로 해야 할 것임), 따라서 청구인의 경우 기존건물과 그 부수토지의 취득가액이 OOO백만원이고 재개발조합에 납부한 청산금이 OOO원이기 때문에 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액(양도차익)이 음수(-)이므로 결국 양도소득금액 전체가 감면소득금액이 된다. 또한, ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 하면서 처분청이 주장하는 국세청 해석(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 따른 다음 산식은, 감면소득 = 양도소득금액 × (취득일로부터 5년아 되는 날의 기준시가-신축주택 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가) 국세청이 청산금 납부에 대한 고려도 아니하고 분모의 취득당시의 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하는 것이라고 합리적인 이유없이 유추해석하였으며 위 산식은 취득일로부터 5년 이내 양도하는 재개발조합원의 경우 조합원이 아닌 일반분양자와의 형평성을 고려하여 기존건물분 양도소득에 대한 감면소득금액 계산시에만 준용하고 청산금납부분 양도소득에 대하여는 100% 세액감면이 이루어져야 하는 등 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 규정은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도하는 경우에는 양도소득세액의 100분의 100에 상당하는 금액을 감면하는 것이라 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 명확히 규정되어 있어 종전주택을 취득하여 멸실하고 재건축에 의한 신축주택을 취득한 경우 신축한 주택의 5년간 양도소득금액에 대하여만 감면하고 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면 배제함이 타당하고, 청구인은 소득세법 시행령 제166조 에 의거 당초 신고시 실지거래가액으로 신고하였으므로 감면소득금액 계산시에도 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 안분하여 산정하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 에 따르면 신축주택감면 대상 양도소득금액의 계산은 대통령령으로 정하게 명시하고 동법 시행령 제99조의3에 의하면 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 감면소득금액은 제40조 제1항의 계산 규정을 준용하도록 명시하여, 이에 따라 감면대상 소득금액을 {양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산하는 것은 적정한 것인 등 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정(조세특례제한법 제99조의3) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ②법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제40조 (구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (4) 국세기본법 제18조 (세법해석의 기준, 소급과세의 금지) ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1996.12.2. 종전주택을 취득하여 보유하다가 종전주택에 대한 재개발사업에 따라 2003.6.5. 신축주택을 취득하였으며(청산금 OOO원 추가 납부) 2007.12.28. 신축주택을 양도하고 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세(산출세액 OOO원)를 전액 감면신고하였으나, 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 청구인에게 이 건 처분을 하였다. (2) 살피건대, 조세특례제한법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모하는데 그 입법취지가 있었고, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려워 보이는 가운데(조심2012서5269, 2013.3.7. 등 참조), 처분청이 동 법률 제99조의 3 규정의 위임에 따른 동법 시행령 제99조의3 및 제40조의 규정 등을 적용하여 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 보인다. 한편, 청구인은 이 건 과세처분이 새로운 예규에 따라 소급과세되었고 감면소득금액을 실지거래가액으로 안분하여야 하므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 음수이므로 결국 양도소득금액 전체가 감면소득금액이 되며, 국세청 해석에 따른 감면 산식은 국세청이 청산금 납부에 대한 고려도 아니하고 분모의 취득당시의 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하는 것이라고 합리적인 이유없이 유추해석한 것으로 당해 산식은 기존건물분 양도소득에 대한 감면소득금액 계산시에만 준용하고 청산금납부분 양도소득에 대하여는 100% 세액감면하여야 한다고 주장하나, 과세관청이 신축주택의 취득전 양도소득이 감면대상에 포함한다는 명백한 공적 견해를 표명한 것으로 보이지 아니하는 등 이 건 과세처분이 소급과세금지의 원칙을 위배한 것으로 보기 어렵고, 감면소득금액을 실지거래가액으로 안분하여야 한다는 청구주장과 관련하여 관련규정을 살펴보면 조세특례제한법 시행령 제99조의3 및 그에 의해 준용되는 동 시행령 제40조 제1항에 의할 때 감면대상 소득금액을 ‘{양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’와 같이 산정하는 것으로 되어 있으며(관련 기준시가 비율을 양도소득금액에 곱하여 산정), 감면소득금액 계산산식을 기존건물분 양도소득에 대한 감면소득금액 계산시에만 적용하고 청산금납부분 양도소득에 대하여는 100% 세액감면해야 한다는 청구주장에 있어서도 그에 대한 명시적 근거규정은 보이지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 위와 같은 청구주장 또한 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.