신축주택 양도의 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

OOO세무서장이 2012.6.25. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OO OOO OOO OOO OOOO OOOO 101동 1004호의 양도소득 중조세특례제한법제99조 제1항에 따른 감면대상 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO아파트 1동 107 호(이하 “종 전주택”이라고 한다)를 취득(1999.3.2.)였다가 재건축으로 멸실하고, OO OOO OOO OOO OOOO OOOO 101동 1004호(이하 “신축 주택” 이라고 한다)를 신축(2002.7.30.)하여 보유하다가 양도 (2009.7.31.)하고 실거래가액으로 양도차익을 계산한 후조세특례제한 법제99조의3의 규정을 적용하여 양도소득세 감면을 신청하고 농어촌 특별세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 감면대상이 아니라고 보아, 2012.6.25. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.24. 이의신청을 거쳐 2013.2.5. 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청이조세특례제한법제99조의3의 규정에 따른 양도 소득세 감면대상 양도소득금액 계산시 같은 법 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식을 적용하면서 신축주택의 양도에 대하여 신축 후 5년 이내 양도한 종전주택의 양도분에 대하여 당초에 100%감면으로 인정하였다가 다시 과세(추징)하는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙 에 반하는 부당한 처분(과세권 남용)이다.

(2) 청구인은 사업계획승인일(1999.6.5.) 직전에 종전주택을 취득(1999.3.2.)하였다가 재건축으로 멸실(2000.2.14.)하고 신축주택을 준공(2002.7.30.)하여 보유하다가 양도(2009.7.31.)하여 양도소득이 발생하였으나, 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가는 OOO백만원이나 양도일의 기준시가는 OOO백만원으로 하락하여 취득일로부터 5년이 경과한 후의 양도차익은 실제로 발생하지도 아니하였으므로 전액 감면대상 소득으로 보아야 한다. (3) 과세대상 양도소득 계산시 신축 후 5년간 발생한 양도소득금액 은 전체 양도 소 득금액에서 직접 차감하고 나머지 과세대상 양도소득 금액에 대하여만 산출세액을 계산하여야 한다 (대법원2010두3725, 2012.6.28.).

• 나. 처분청 의견 (1) 처분청이 적용한 감면대상 양도소득금액 계산방식은 청구인의 신고내용과 차이가 없으나,조세특례제한법제99조의3에 따른 감면 대상 양 도소득금액은 같은 법 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식 에 대한 유권해석(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 따라 산출한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득 한 경우, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도 소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 양도 소득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도 차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모 의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이므로 기고시된 기준시가로 종전주택의 취득가액을 산정한 처분은 정당 하다. (3) 소득세법제90조는 거주자에게 발생한 소득 중 감면소득이 있는 경우 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 것으로 규정하고 있으므로 청구주장은 받아들일 수 없다. 따라서, 종전주택을 취득 하였다가 멸실하고 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 보유하다가 이를 양도한 경우, 조세특례제한 법제99 조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일 부터 5년이 경과된 후에 당해 신축주택을 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도 소 득금액으로 규정하고 있으므로 종전주택의 취득 일로부터 신축주택 의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례 대상에 포함 되는 것으로 보기 어렵고, 국세청의 유권해석(재산 세과-227, 2009.1.20.) 에 의하면, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전 일 까지의 양 도소득금액은조세특례제한법제99조의3의 규정에 따른 감면소득 에 해당하지 아니하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵

• 가. 쟁점

① 신축주택의 양도에 따른 감면대상 양도소득금액 계산시 적용 되는 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 신식 중 분모․분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 및 종전주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 과세한 처분의 당부

② 조세특례제한법 시행령에 따라 감면세액을 계산함에 있어 감면 대상 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감할 수 있 는 것인지 여부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소 득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국 소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가 격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취 득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양 도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실 이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한 다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소 득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이 란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는주택 법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한

• 다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로 서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주
• 택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내 에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체 결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납 부받은 사실이 있는 경우에 한한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 항변자료 및 처분청의 심리자료에는 다음 과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 종전주택을 취득(1999.3.2.)하였다가 재건축으로 멸실 한 후 신축주택을 취득(2002.7.30.)하여 보유하다가 양도(2009.7.31.)하였 고, 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날은 2007.8.1.인 것으로 나타 난다. (나) 종전의 국세청예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에는조 세 특례 제한법제99조 제1항 및 동 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택 의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축 주택(이에 부수되는 당해건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한

• 다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양토소득금액”이라 함은 동 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의 한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용 검사필증 교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임 시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라는 회신내용이 나타나고, 그 이후의 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에는 종전 주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유 하다 주택재개발사업으로 멸실 하고 신 축주택을 취득(사용승인일 20003.4.30.)한 경우 종전주택의 취득일 로 부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한 법제99조의3의 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라는 회신내용이나타난다.

(2) 청구인은 종전의 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과 세특례(감면)대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액- 종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도, 새로운 국세청 예규(재산 세과-227, 2009.1.20.)를 생산․소급적용하여 양도소득세를 과 세 한 처분은 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장 하고 있다.

(3) 쟁점①에 대하여 본다. 종전의 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에는 과세특례(감면) 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다는 명확한 답 변내용이 나 타 나지 아니하므로 과세관청이 납세의무자에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명 을 하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 부과처분이 소급과세금지원칙 또는 신의성실원칙 을 위배한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조 심2010서2935, 2011.6.30. 외 다수, 같은 뜻).

(4) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 제99조 제1항은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면을 규정하면서 취득한 날로부터 5년이내에 양도함 으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감하도록 규정하고 있어, 5년 이내에 양도하는 경우와 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 대하여 달리 규정하고 있는 바, 쟁점 주택은 청구인이 1996.6.1. 취득하여 2006.12.1. 양도하였으므로 위 조 항의 후단규정이 적용되는 것이다. (나) 처분청은소득세법제90조에서 양도소득금액에소득세법 또는소득세법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에 는 양도소득 과세표준에 따른 산출세액에 당해 감면소득금액에서 양도 소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하 고 있다는 이유로 이 건 양도소득세 계산방식이 정당하다는 입장이다. (다) 한편, 2010.5.14. 법률 제10285호로 개정된 조세특례제한법 제98조의5는 2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양주택으로2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택에 대한 양도소득세 과세특례를 신설하면서 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 과세대상 양도소득금액에 서 직접 차감하도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 후단이 적용 되는 경우 양도소득세 계산시 양도소득금액에서 감면율에 따라 계산 한 감면소득금액을 직접 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다 는 취지의 보도자료를 배포(2010.4.22.)하여 안내하였다. (라) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것(대법원 2002두9537, 2003.10.24. 등 다수, 같은 뜻)인 바, 조세특례제한법 시행령에서는 세액의 감면 뿐만 아니라, 소득 공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조세특례제한 법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세 대상 양도소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조세 특례제한법 제99조의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득 금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 할 것이 다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 같은 뜻). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액OOO을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국 세 기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문 과 같이 결정한다.