피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 과다하게 공제 하였는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1993.3.10.부터 현재까지 서울특별시 OOO(이하 “본점”이라 한다) 등에서 OOO을 영위하는 법인사업자로, 2006.10.9. 서울특별시 OOO 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)와법인세법제45조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)을 하였고, 2010.6.1. 경기도 OOO이라 한다)을 설치하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2009·2010사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 각각 OOO 과다공제한 것으로 보아 2012.11.12. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 본점, 피합병법인, OOO별로 구분경리하면서 법인세법령에서 규정한 바와 같이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 청구법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하여 법인세 신고를 하였다.
• 나. 처분청 의견 합병으로 승계한 이월결손금은 피합병법인의 사업부문 소득금액을 한도로 공제하여야 함에도 청구법인은 아래 <표1>과 같이 법인세 신고시 이월결손금을 과다공제한 것으로 나타난다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 과다공제 하였는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제44조【합병평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 제45조【합병에 따른 이월결손금의 승계】① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제3호 단서의 규정에 해당되어 구분경리하지 아니한 합병법인의 경우에는 그 소득금액을 대통령령이 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다.

1. 제44조 제1항 각호에 해당할 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것

3. 합병법인이 제113조 제3항의 규정에 의하여 구분경리할 것. 다만, 제25조 제1항 제1호의 규정에 따른 중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령 제81조【합병에 따른 이월결손금의 승계】① 법 제45조 제1항의 규정에 의하여 합병법인이 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 경과한 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 “승계결손금의 범위액”이라 한다)으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2006.10.9. 본점과 피합병법인 간의 합병이 적격합병에 해당한다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (2)본점, 피합병법인, OOO의 각 사업연도별 소득금액 발생내역은 아래 <표2>와 같다.

(3) 위 관련법령에 따라 계산한 청구법인의 각 사업연도별 이월결손금 공제가능액 및 과다공제액은 아래 <표3>과 같다.

(4) 청구법인은 법인세법령에서 규정한대로 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 적정하게 공제하여 법인세를 신고하였다고 주장하며, 본점 등의 2003～2011사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2009·2010사업연도 법인세 신고시 법인세법령에서 규정한 대로 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 적정하게 공제하였다고 주장하나, 위 <표3>과 같이 청구법인이 2009·2010사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 각각 OOO 과다공제한 것으로 보이므로 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.