종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 과세특례대 상으로 보기 어려움

OOO세무서장이 2012.6.7. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은

1. 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감한 후 과세대상 양도소득금액에 대하여 양도소득세를 과세하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

• 가. 청구인은 1990.5.9. OOO동 산 101-9 주택(이하 ‘종전주택’이라 함)을 취득하여 보유하다가, 종전주택이 재건축됨에 따라 2001.6.23. 사용․승인된 같은 곳 1712 OOO 109동 2202호(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 취득하였으며, 2007.4.9. 신축주택을 양도하고, 양도소득세 신고를 하면서조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세 산출세액 OOO원 전액을 감면대상으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득 전일 까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 2012.7.9. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경 정․고지하였
• 다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.5. 이의신청을 거쳐 2013.2.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택 취득에 대한 양도소득세 감면과 관련된조세특례제한법(이하 “조특법”이란 한다) 제99조의3의 입법목적은 1998년 외환위기 및 경기침체에 따른 주택경기 활성화를 위한 것으로, 그동안 납세자들은 신축주택 취득 후 5년이 경과하였는지 여부에 관계없이 5년간의 양도소득금액에 대하여 전액 감면받는 것으로 신고하여 왔고, 과세관청 또한 이러한 신고를 시인한 사례들이 많이 있다. 또한,조특법 시행령제40조 제1항의 계산식을 보더라도 신축주택 취득자의 양도소득세 감면대상은 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전액이어야 함에도 처분청은 새로운 예규(국세청 재산세과-227, 2009.1.20.)를 적용하여 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 것으로, 이는 부당한 과세이므로 취소되어야 한다.

• 가. 쟁 점 조특법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상 소득인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)조특법 시행령제99조의3 제2항에서 ‘법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’로 되어 있다.

(2) 심리자료를 보면, 청구인은 1990.5.9. 종전주택을 취득하였고, 재개발사업의 시행으로 2001.6.23. 쟁점주택을 취득하여 보유하다가 2007.4.9. 이를 양도 후 실지거래가액으로 양도차익을 계산하면서 종전주택 취득일부터 쟁점주택 신축 후 5년간의 양도소득금액에 대하여 감면이 적용되는 것으로 하고 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세를 신고․납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 신축주택 감면세액 계산적정여부검토서 등 심리자료를 보면, 처분청은 당초 청구인의 신고내용대로 신고시인처리 하였다가, 신축주택 감면에 대한 기획 감사에 따라 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하고, 신축주택 준공일(사용승인일인 2001.6.23.)로부터 5년이 경과하는 날까지의 기간에 대한 양도차익만 감면대상에 해당한 것으로 보아 이 건에 대하여 경정․고지한 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 위 계산식의 분자에 나타난 ‘취득일’ 내지 ‘취득당시’와 분모에 나타난 ‘취득당시’는 모두 종전주택의 ‘취득일’ 내지 ‘취득당시’를 의미하는 것으로 해석하여야 조특법제99조의3의 입법목적에 부합한다는 취지의 주장을 하고 있다.

(5) 그러나,조특법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모”하는데 그 입법취지가 있었던 점, 같은 조 제1항에 따르면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법제99조의3 규정에 따른 감면대상 소득에 해당하지 아니하므로, 법령 적용의 오류 등을 이유로 이 건 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2013서178, 2013.2.22. 등 다수 같은 뜻임).

(6) 다만, 이 건 양도소득세 감면대상세액의 산출방법에 대하여 직권으로 살펴본다. (가) 처분청은 이 건 감면대상세액을 산출함에 있어소득세법제90조를 적용하여, 세액공제의 방식으로 이 건 감면대상세액을 산출하였는바, 2010.5.14. 법률 제10285호로 개정된조특법제98조의5에서 2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양 주택으로서 2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택에 대한 양도소득세 과세특례를 신설하면서 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 후단이 적용되는 경우 양도소득세 계산 시 양도소득금액에서 감면율에 따라 계산한 감면소득금액을 직접 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 취지의 보도자료를 배포(2010.4.22.)하였음을 알 수 있다. (나)조특법및 같은 법 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데,조특법제99조의3은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조특법제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면, 위 조항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 동일하게 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 할 것이다(조심 2012서5111, 2013.3.7., 같은 뜻, 대법원 2010두3725, 2012.6.28. 참고). (다) 따라서, 이 건 양도소득세도 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감한 후, 과세대상 양도소득금액에 대하여 양도소득세를 과세하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.