신축주택 취득 이전의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.5.2. 서울특별시 OOO 소재 대지 70㎡ 및 주택 99.17㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 종전주택을 멸실하고, 2002.9.26. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)에 대하여 임시사용승인을 얻어 보유하다 이를 2007.3.8. OOO원에 양도하고, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 OOO원 전액을 감면소득으로, OOO원을 감면세액으로 하여 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면소득을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 재계산하여 2012.7.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정,고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.2. 이의신청을 거쳐 2013.1.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인주장 처분청은 소득세법상의 취득시기에 근거하여 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일전까지’의 양도차익에 대한 감면신청을 인정하지 아니하였으나, 건물과 토지를 구분하는 소득세법과는 달리 조특법 제99조의3에서 신축주택의 의미는 건물에 토지(건물연면적 2배 이내)를 포함하는 것으로 보아야 하고, 또한 그 취득시기도 소득세법과 달리 건물과 토지 모두 ‘사용검사필증교부일’로 보아야 할 것이다. 이에 따라 자기가 건설한 주택의 토지와 건물의 취득시기는 모두 사용승인일 등이 되므로, ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 기간’과 ‘종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액’은 조특법상 규정에서는 원천적으로 존재하지 않는다. 따라서, 조특법상 규정을 해석함에 있어, 자기가 건설한 신축주택의 양도로 인하여 양도일 현재 발생한 소득은 당연히 사용승인일 이후에 모두 발생한 것이 되는 것이지, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도일까지의 발생소득으로 볼 수 없는바, 조특법상으로 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일전까지’의 양도소득금액은 원천적으로 존재할 수 없는 것으로서, 결국 신축주택 취득일부터 5년이내 양도시 양도일 현재 전체 소득금액에 대하여 100% 감면을 하여야 한다. 처분청의 해석과 같이 소득세법상 취득시기(원조합원의 경우 환지전 토지 및 건물의 취득시기를 기준)로 조특법 제99조의3을 해석하면, ① 감면대상으로 인정되지 아니하는 경우가 발생하거나, ② 5년 이내 양도와 5년 경과후 양도의 감면방식이 다른 이유를 설명하지 못하거나, ③ 위임입법의 허용한계를 벗어나거나 ④ 과세요건 명확주의에 어긋나거나 ⑤ 조세평등주의에 어긋나는 문제점이 있으나, 조특법상 취득시기로 조특법 제99조의3을 해석할 경우 이러한 문제점이 없다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것(재산-227, 2009.1.20. 외 다수)이고, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 동법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는바, 이는 동법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하므로(부동산거래관리과-127, 2011. 2.10.), 관련 청구주장을 받아들이기 어렵다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임) 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 신축주택 취득전 양도소득에 대한 세액감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2. 자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 등 제출된 증빙에 의하면, 청구인은 1989.5.2. 종전주택을 취득하였고, 1999.3.13. 관리계획인가에 따라 재개발되어 2002.9.26. 쟁점신축주택의 임시사용승인을 얻었으며, 쟁점신축주택의 임시사용승인일로부터 5년이 경과하지 아니한 2007.3.8. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점신축주택의 양도에 대하여, 쟁점신축주택 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여, 쟁점신축주택의 양도소득금액 OOO원 전액을 감면소득으로 하고, 감면세액을 OOO원으로 하여 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 종전주택 취득시부터 쟁점신축주택 취득시까지의 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인한바, 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 조특법 시행령 제99조 제1항 및 제40조 제1항에 따라 양도소득금액 OOO원에, 분모에는 쟁점신축주택 양도당시 기준시가(OOO원)에서 종전주택 취득당시 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을, 분자에는 쟁점신축주택 양도당시 기준시가(OOO원)에서 쟁점신축주택 취득당시 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 곱하여 감면대상소득을 OOO원으로 산정하고, 이에 따른 감면세액을 OOO원으로 재계산하여, 이 건 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 청구인은 조특법 제99조의3의 해석상 신축주택의 건물 및 토지(건물연면적 2배 이내)를 ‘사용검사필증교부일’에 취득한다고 보아야 하고, 이에 따라 ‘종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액’은 조특법상으로 원천적으로 존재하지 않으므로, 양도당시까지의 전체 양도소득금액을 감면하여야 한다고 주장하나, 조특법 제99조의3은 신축주택의 양도에 대한 양도소득의 면제요건 및 범위, 감면방법을 규정하고 있을 뿐, 감면대상인 신축주택의 취득시기를 사용승인일 또는 사용검사필증교부일로 본다는 점을 별도로 규정한 것으로 보기 어렵고, 양도대상 감면소득을 산정하기 위한 조특법 시행령 제99조의3 제1항 및 제40조 제1항의 산식에서는 양도소득금액에 관하여 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득 금액으로 규정하고 있어, 조특법 시행령 제99조의3 제1항 및 제40조 제1항의 산식 중 ‘양도소득 금액’은 ‘종전주택 취득일부터 신축주택 양도일’까지의 양도소득으로 볼 것인 점, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는바, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점(조심 2012서2444, 2012.7.18. 참고) 등을 고려하면, 처분청이 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 양도일까지의 양도소득 중 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득은 이를 감면대상이 아닌 것으로 본 것은 타당하다고 보이므로, 청구주장은 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.