신축주택을 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감함

OOO세무서장이 2012.7.4. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 서울특별시 OOO 다가구주택의 양도소득 중조세특례제한법제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세특례대상 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1974.8.5. 서울특별시 OOO 토지(165㎡, 이하 “종전토지”라 한다)를 취득하고, 2001.9.23. 그 지상에 다가구주택(362.86㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축한 후, 2010.5.28. 서울특별시 주택재개발사업에 의해 쟁점주택이 수용되자 감면소득금액으로 조세특례제한법제99조의3(신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면)의 감면금액 OOO원과 조세특례제한법제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)의 감면금액 OOO원을 합한 OOO원을, 감면세액으로 OOO원을 각 산정하여 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 종전토지의 취득일로부터 쟁점주택 취득일까지의 양도소득금액은 신축주택에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 신축주택에 대한 양도소득세 감면소득금액을 OOO원으로 하고, 공익사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면과 함께 감면세액을 OOO원으로 산정하여 2012.7.4. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.1. 이의신청을 거쳐 2013.1.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3(신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면)의 OOO은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 전액 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 소득에 대해서는 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득금액에서 제외한다고 OOO하고 있어 5년이 지난 후 양도하는 경우 신축 후 5년 이전의 양도소득금액에 해당하는 세액을 감면하는 것이 관련 법령에 대한 자연스러운 해석으로 이해된다. 조세특례제한법 시행령제99조의3에서 준용한 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분자에서의 취득당시의 기준시가는 건물신축 당시의 건물과 토지의 기준시가의 합계액으로 산정하는 것은 별개로 하더라도 분모의 기준시가는 건물과 토지의 각각의 취득 당시 기준시가의 합계액으로 하여 감면대상 소득금액을 산정함이 타당하고, OOO이나 서식등에 아무런 근거가 없음에도 분모는 토지의 취득당시의 기준시가, 분자는 건물의 취득당시 기준시가로 해석하는 것은 납세자의 예측가능성을 침해하고, 조세법률주의를 위배하는 것이다. 신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면OOO의 취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하기 위해 도입된 조항이라는 측면에서 주택신축일 이전의 기간에 대해 감면을 배제하는 것은 세법의 지나친 과잉해석으로 입법취지와도 맞지 아니한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 말하는 것으로, 국세청의 해석 내용을 보더라도 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 OOO하고 있지 아니하였고, 법문의 내용을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인해서 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택의 보유로 인하여 발생된 소득까지 감면한다는 것은 아니므로 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도한 청구인의 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 보는 것이 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면소득금액 계산방법
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 양도소득세 감면검토조서에 의하면, 처분청은 청구인이 종전토지를 의제취득일 이전에 취득하여 2001.9.23. 그 지상에 다가구주택을 신축하였고, 2010.5.28. 서울특별시에 수용되었는바, 종전토지의 취득일부터 쟁점주택 취득일의 전일까지의 양도소득금액에 대해 신축주택에 대한 양도소득세 감면을 배제하고, 감면배제한 기간에 대해서만 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것으로 검토한 사실이 나타난다. 청구인의 양도소득세 감면에 대한 처분청의 산정내역은 다음과 같다. OOOOOOOO OOOOO OO OOOOOOOO

(2) 처분청이 제출한 양도소득세 예정신고서에 의하면, 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 분자와 분모에서의 취득당시의 기준시가를 쟁점주택의 최초고시일의 고시가액을 사용승인일 기준으로 환산한 기준시가로 하여 감면소득금액을 다음과 같이 산정한 사실이 나타난다. OOOOOOO OOO OOOOO OO OOOOOOOO

(3) 서울특별시는 OOO 주택재개발정비사업과 관련하여 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 쟁점주택을 수용하였고, 청구인에게 토지 OOO원, 건물 OOO원을 각 보상한 것으로 확인된다.

(4) 청구인이 제출한 계약서에 의하면, 청구인은 건축업자인 최OOO과 2001.5.29. 쟁점주택 신축에 관련하여 공사기간을 착공일로부터 4개월, 총 공사비를 OOO원으로 하여 공사계약을 체결한 사실이 나타나고, 쟁점주택의 건축물관리대장에는 청구인은 2001.9.23. 쟁점주택의 소유주로 등록된 사실이 나타난다. 한편 종전토지의 등기부등본에 의하면, 청구인은 1974.8.5. 매매를 원인으로 종전토지의 소유권을 취득하여 2010.5.28. 수용을 원인으로 종전토지의 소유권을 OOO에 이전한 사실이 확인된다.

(5) 조세특례제한법제99조의3 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제99조제3항 제2호는 주택건설사업자를 제외한 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다는 취지로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 “법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 감면대상 양도소득금액을 산정하도록 규정하고 있다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴보면, 조세특례제한법제99조의3 제1항은 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만 감면대상인 것이 명확하므로 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면등의 대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이고, 이러한 명문의 규정내용상 위 조세특례제한법제99조의3의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식을 적용함에 있어서도 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전토지의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다 할 것이다(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수 같은 뜻임). 다만, 처분청은 신축주택에 대한 양도소득세 감면소득금액을 산정한후 이를 기초로 감면세액을 계산하여 산출세액에서 공제하는 방식으로 조세특례를 적용하였으나, 조세특례제한법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조세특례제한법제99조의3은 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조세특례제한법제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법제99조의3에서 규정한 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 쟁점주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 참조). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.