조특령 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산정한 것은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.5.25. 취득한 서울특별시 OOO(이하 “구주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2005.3.2. 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였고, 이를 다시 2009.8.31. OOO원에 양도하고 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따라 산출세액 OOO원이 전액 감면되는 것으로 하여 2009.10.31. 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3의 규정에 의한 감면대상이 아닌 것으로 보아 2012.7.1. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.24. 이의신청을 거쳐 2013.1.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3 제1항은 종전주택의 재건축사업으로 취득한 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우, 양도로 발생한 소득에 대한 양도소득세 전부를 감면하도록 규정하고 있고, 국세청 발간 2004년 양도소득세 해석편람, 2005.1.28. 게시된 양도소득세 절세시리즈, 2009년 재산세 직무교육 교재, 2010년 양도소득세 실무해설 등에도 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도한 경우에는 양도소득세 산출세액의 100%를 감면된다고 설명되어 있는바, 신축주택 취득후 5년 이내 양도분에 대해 양도소득세 감면을 부인하는 것은 과세요건 법정주의 및 명확주의, 소급과세금지 원칙, 신의성실의 원칙에 위배되므로 법문을 그대로 해석하여 양도소득세 산출세액 전액을 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 조특법 시행규칙 별지 제37호의 작성요령이 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도한 경우에만 조특법 시행령 제40조 제1항 소정의 산식에 의하여 감면 양도소득금액을 산정하도록 하고 있으므로 취득한 날로부터 5년 이내 양도한 청구인의 경우에는 100% 감면대상이라고 주장하나, 조특법 제99조의 3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 말하는 것으로, 국세청의 해석 내용을 보면 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 명시되어 있지 아니하고, 법문의 내용도 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인해서 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지, 종전주택의 보유로 인하여 발생된 소득까지 감면한다는 것은 아니므로 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 감면대상 양도소득금액을 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 보아 경정한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득자의 양도소득세 감면 범위
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 신축주택의 양도에 대한 2009.10.31. 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세 산출세액 OOO원 전액이 감면대상 양도소득세액에 해당하는 것으로 하여(감면율 100%) 감면신청하였다.

(2) 처분청의 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 검토서에 의하면, 처분청은 신축주택의 전체 양도소득금액에 신축주택 양도일까지의 기준시가에서 신축주택 취득일 당시의 기준시가가 신축주택 양도 당시 기준시가에서 구주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 감면대상 양도소득금액으로 보아 양도소득세 과세표준에서 당해 감면대상 양도소득금액이 차지하는 비율에 양도소득세 산출세액을 곱하여 감면세액으로 산정한 사실이 나타난다.

(3) 신축주택의 아파트매매계약서에는 청구인이 2009.6.13. 신축주택을 매수인 이OOO, 박OOO와 OOO원에 양도하기로 계약한 사실이 나타나고, 신축주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 2005.3.2. 신축주택에 대해 소유권보존등기하였고, 2009.6.13. 매매를 원인으로 2009.8.31. 신축주택의 소유권을 이OOO, 박OOO에게 이전한 것으로 확인된다.

(4) 청구인이 제출한 구주택에 대한 매매계약서에 의하면, 매수인 청구인과 매도인 이OOO은 1999.4.7. 구주택을 매매대금 OOO원(잔금 청산일 1999.5.25.)에 매매하기로 약정한 사실이 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득시기까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.