종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1994.5.26. 취득한 OOO 1682 소재 OOO아파트 4동 103호(이하 “종전주택”이라 함)를 재건축한 OOO 1682외 1필지 소재 OOO아파트 109동 203호(사용승인일 2003.5.10.)이하 “신축주택”이라 함)을 2007.1.27. 양도한 후, 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 이에 대한 양도소득세 전부가 감면세액이라고 보고 2007년 귀속 양도소득세 산출세액 OOO원 전부를 감면세액으로 하여 2007.1.30. 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 의 양도소득세 감면대상이 아니라고 보고 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 감면소득금액 계산식 중 분모의 취득당시 기준시가에 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 2012.9.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.8. 이의신청을 거쳐 2013.1.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 수년간 유지하던 법규에 대한 해석을 2010년에 변경하여 종전주택 보유로 인한 양도소득금액에 대하여 양도소득세 감면을 부인함은 신의성실의 원칙에 위배되며, 종전주택 보유로 인한 양도소득금액을 양도소득세 감면대상에서 제외한다고 하더라도 처분청이 적용한 양도소득 계산방법은 부당하므로 양도소득 전체를 감면대상으로 보는 방법, 전체 양도소득 중 관리처분인가전 양도소득을 차감한 소득을 감면대상으로 보는 방법, 청산금납부분에 대한 양도소득을 감면대상으로 보는 방법, 취득당시 실지거래가액이 양도당시 실지거래가액에서 차지하는 비율에 의하여 취득당시 기준시가를 환산하여 적용하는 방법 중 가장 합리적인 방법으로 양도소득세 감면대상 양도소득을 계산하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 기획재정부 예규, 국세청 발간책자 등에서 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 양도소득세 감면대상금액으로 본다는 취지로 과세관청의 공적인 견해를 표명한 바 없으며, 조세특례제한법 제99조의3 을 적용함에 있어 양도소득세 감면 대상 양도소득은 신축주택취득일부터 5년 이내의 양도소득에 한정되고, 자기가 건설한 신축주택의 경우 사용검사필증교부일이 취득일이 되는 것이므로 조세특례제한법 제99조의3 및 동법 시행령 제99조의3 제2항에 동법 시행령 제40조 제1항에서 정한 산식에 의하여 재건축사업으로 종전주택을 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득을 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보고 이를 「조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식으로 계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 양도소득세 경정결의서(양도소득세 결정결의 검토표 포함) 및 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 종전주택을 취득한 후 이를 재건축하여 취득한 신축주택을 양도하였고, 그에 따라 발생한 양도소득 전액에 대하여 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다. (나) 이에 대하여 처분청은 아래 산식과 같이 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 또는 나대지 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 산출하였다.

(2) 살피건대, 처분청은 청구인의 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였는바, 이는 다음과 같은 이유로 타당하고 위 시행령 조항을 적용할 수 없다거나 신의성실원칙 등을 위배한 처분이라는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다고 판단된다. (가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하고, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만이 그 대상이라고 할 것이다. (나) 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 신축주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(나)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (다) 한편,국세기본법15조는 국세공무원이 직무를 수행할 때 신의에 따라 신의에 따라 성실하게 하여야 함을 규정하고 있고, 같은 법 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(청구인은 서일46014-10612, 2002.5.8. 등을 제시하였다)이 신축주택 취득 이전에 발생한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 세법의 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다거나 그러한 신뢰에 반하여 이 건 과세를 하였다고 볼 수는 없다 할 것이다(조심 2012서3605, 2012.10.11. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.