무허가주택 철거 후 나대지인 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1988.6.27. OOO 대지 169㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2012.4.20. 주식회사 OOO에 양도하고, 2012.6.30. 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 무허가 주택의 부속토지인 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 2012.11.20. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.1.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 무허가주택의 부수토지로, 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제9호 “건축물”이 멸실․철거되거나 무너진 토지는 당해 “건축물”이 멸실․철거되거나 무너진 날부터 2년 기간 동안은 비사업용 토지에 해당하지 아니한다는 규정에 따라 사업용 토지로 보유한 기간의 만료일을 2006.3.31이 아닌 2008.3.31.로 보아야 하며, 이 경우 사업용 토지의 보유기간은 총 보유기간의 80%이상이고, 지방세법과 국세청예규에서도 무허가주택을 주택으로 보므로 일반 무허가 건물과는 구별하여 세법을 적용하여야 함에도 무허가주택의 철거에 대하여 위 규정의 건축물의 철거에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것은 자의적인 해석으로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 무허가주택은소득세법제104조의3 제1항 제5호에서 규정하는 주택의 범위에는 포함되나, 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제9호의 규정은 적용되지 아니하며,소득세법제104조의3 제1항 및 소득세법 시행령제168조의6 제1호는 비사업용 토지의 기간기준에 포함되는 기간 동안 농지, 임야 및 목장농지 외의 토지가 종합합산과세대상으로 구분되어 재산세가 과세되는 경우에는 비사업용 토지에 해당되는 것인바, 쟁점토지의 무허가 주택이 멸실된 이후 쟁점토지에 대해 종합합산과세대상으로 2006년 귀속 재산세가 부과된 점으로 보아 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당되고, 무허가건물의 부속토지는 별도합산과세대상 토지에서 제외되는 종합합산과세대상 토지로서 비사업용토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 무허가주택 철거후 나대지인 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점토지에 대한 2006년 9월 재산세(토지) 정기분 과세내역서에 의하여 쟁점토지가 종합합산과세대상 토지로 재산세가 과세되어 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하였다. 한편, 2012.9.28. OOO이 처분청에 회신한 공문(재산세 과세자료 회신)에는 과세물건지는 무허가주택이고, 재산세 과세내역은 1997～2004년: 재산세(건축물), 2001～2004년: 소액징수면제, 2005년: 재산세 (주택), 2006～2011년: 재산세(토지)로 기재되어 있고, 2012.7.30. 무허가건물 확인원 발급요청에 대한 회신 공문에는 ‘주택과-17249(2012.6.28.), 실태조사에 의거 기 철거되었음이 확인되어 기존 무허가대장 직권멸실조치’라고 기재되어 있다.

(2) 청구인은 국세청이 1세대 1주택 비과세 관련하여 무허가주택도 주택에서 제외하지 않는 것으로 해석하고 있고, 지방세법상 무허가 주택의 부속토지인 경우 건축물의 부속토지와 달리 종합합산과세대상에서 제외하고 있으므로 이 건 무허가 주택에 대하여는 일반무허가 건물과는 달리 해석하여야 하는바, 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제9호서 “건축물”이 멸실․철거되거나 무너진 토지는 당해 “건축물”이 멸실․철거되거나 무너진 날부터 2년 기간 동안은 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 규정함에 따라 쟁점토지의 경우 사업용 토지로 보유한 기간의 만료일을 2006.3.31이 아닌 2008.3.31.로 보면 사업용 토지의 보유기간은 총 보유기간의 80% 이상이 되어소득세법제104조의3 제1항 및 소득세법 시행령제168조의6 제1호에 의하여 사업용 토지에 해당한다고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 이 건 무허가주택에 대하여도 주택의 부수토지로 보아 법령을 적용 및 해석하여야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점토지는 무허가주택이 철거된 후 2012.4.20. 나대지 상태로 양도된 것으로 양도당시 주택인 경우와는 구별된다고 하겠다. 또한, 청구인은 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제9호에 따라 비사업용 토지의 유예기간 2년을 적용하여 사업용 토지로 보유한 기간의 만료일을 2006.3.31이 아닌 2008.3.31.로 보는 경우 쟁점토지는 사업용 토지에 해당한다고 주장하고 있으나, 쟁점토지상의 무허가 주택이 철거된 날이 정확히 언제인지가 증빙자료 등에 의하여 확인되지 아니하므로 청구인의 위 만료일은 그 근거가 없는 것으로 이를 인정하기 어렵고, 그렇다면, 사업용 토지의 보유기간이 총 보유기간의 80% 이상이 된다는 청구인의 주장도 이를 받아들이기 어렵다고 하겠다.

(4) 따라서,소득세법제104조의3 제1항 및 소득세법 시행령제168조의6 제1호에 따라 비사업용 토지의 기간기준에 포함되는 기간 동안 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지가 종합합산과세대상으로 구분되어 재산세가 과세되는 경우에는 비사업용 토지에 해당되는 것인 바, 종합합산과세대상으로 재산세가 과세된 쟁점토지에 대하여 처분청이 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중3380, 2012.10.22. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.