종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상이 아님.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO아파트 301동 101호(이하 “쟁점 종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축사업을 통하여 2001.12.1. 동소 91-5 OOO아파트 102동 401호(이하 “쟁점 신축주택”이라 한다)를 분양받아 취득하였으며, 이후 청구인은 2007.1.18. 쟁점 신축주택을 OOO원에 양도하고 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 규정을 적용하여 2007.4.2. 산출세액 OOO원을 100% 감면세액으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 자기가 건설한 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않는 것으로 판단하여 2012.6.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013.1.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 재건축의 경우 쟁점 종전주택 취득일부터 쟁점 신축주택취득일 까지의 기간에 대한 양도차익에 대하여도 감면비율에 상당하는 금액이 감면되어야 한다. (2) 청구인은 1세대1주택을 소유하였으므로 비과세를 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법상 종전주택의 취득일로부터 신 축주택 의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 과세관청이 종전주택 의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 양도소득 감면대상에 포함된다는 공적인 견해표명 및 행정처분이 있지 아니하였으므로 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당되지 않는다.

(2) 쟁점 신축주택은 서울특별시 소재 주택으로 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】제1항의 거주기간 2년 이상의 요건에 미비함으로 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점 신축주택 감면소득 계산 시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액을 감면대상에서 제외한 처분의 당부

② 쟁점 신축주택에 대한 양도소득세를 계산함에 있어 1세대1주택 비과세규정을 적용하여야 하는지 당부

• 나. 관련 법령 [붙임]
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 심리자료에는 다음 과 같은 사실들이 나타난다. (가) 쟁점 신축주택 양도와 관련하여 부동산 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하여 확인되는 내용은 다음 표와 같다. (나) 처분청에서는 이 건 양도소득세 감면세액을 계산하면서 쟁점 종전주택 취득일로부터 쟁점 신축주택 사용승인일까지의 양도소득금액에 대하여 신축주택 감면을 부인하였고, 양도소득세 납부불성실가산세 OOO원을 포함하여 OOO원을 고지하고 농어촌특별세 OOO원을 환급하였다. (다) 청구인의 양도소득세 신고서에 의하면 2007.4.2. 신고당시 1세대 1주택 비과세 신고는 하지 아니하였으며, 주민등록 등·초본에 의하면 쟁점 신축주택의 전입일은 2005.4.7.이며 전출일은 2007.3.1.인 것으로 나타난다.

(2) 쟁점①에 대하여 살피건대, 조세특례제한법제99조의3 제1항에는 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다라고 규정되어 있고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것인 바(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 등 다수가 같은 뜻), 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조에 의한 계산산식을 적용함에 있어 분모의 취득당시 기준시가를 분자의 취득당시 기준시가와 동일하게 해석하여 적용하여야 한다는 주장이나, 조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액 인 점, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은 조세특레제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수 같은 뜻)인 점 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이므로 이 건 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인의 쟁점 신축주택 전입일은 2005.4.7.이고 전출일은 2007.3.1.으로 확인되어 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】제1항의 거주기간 2년 이상의 요건에 미비하므로 비과세를 배제하고 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [붙임] 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】①거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

② 법 제43조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 구조조정 대상 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 법 제43조제3항의 규정에 의한 구조조정대상부동산은 제2항의 규정에 의하여 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장이 제37조제17항의 규정에 의한 세액감면신청서 및 부채상환명세서에 의하여 이를 확인한다. 제99조의 3 【신축주택일 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합 등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택 취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 조합원"이란 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. (3) 소득세법 제89조【비과세양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제114조 【양도소득세과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】 ②납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정 신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다. (4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (5) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.