지주회사의 주식을 공익법인에 출연한 경우, 과세이연 받은 양도소득세를 납부하여야 함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사인 OOO(현 주식회사 OOO, 이하 “OOO”라 한다)를 설립하기 위하여 2001.7.2. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 주식 OOO와 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 주식 OOO주(주당 OOO원)를 OOO에 출자하고 그 대가로 OOO 주식 OOO를 교부받고서 조세특례제한법 제38조의2 제1항, 제2항에 따라 아래 [표]와 같이 현물출자로 얻은 양도차익에 대한 양도소득세를 과세이연받은 후, OOO OOOOOO O OOOOO OOOOO 2009.5.8. 위 OOO 주식 중 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 세계청소년문화재단(당시 세계배드민턴재단)에 기부하고 동 기부가 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 에 따라 증여세가 과세되지 아니하는 공익법인에 대한 출연이라고 보고 증여세를 납부하지 아니하는 한편 쟁점주식 관련 양도소득세 과세이연(과세이연금액 OOO도 유지되는 것으로 보아 양도소득세도 납부하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 지주회사 설립을 위해 현물출자한 자가 현물출자로 얻은 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세이연받았다가 지주회사 주식을 공익법인에 출연한 경우도 조세특례제한법 제38조의2 제3항 제2호 에서 과세이연받은 양도소득세 납부대상으로 정한 ‘지주회사 주식을 증여한 경우’에 해당한다고 보아 2009.5.8. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제38조의2는 거주자가 지주회사에 주식을 현물출자한 경우 동 주식의 현물출자로 얻은 양도차익에 대한 양도소득세 등의 과세이연을 허용함으로써 지주회사 설립을 촉진하기 위한 규정이고, 동조 제3항은 지주회사 설립으로 양도소득세를 과세이연받은 후 자식 등에게 부를 이전하기 위한 목적으로 지주회사 주식을 증여한 경우에는 기업구조조정 촉진 등 목적과 무관하게 세부담이 이연되므로 이를 막고자 과세이연상당액에 대하여 양도소득세를 납부하도록 한 규정이므로, 동 조항에서 과세이연을 허용하지 않는 ‘지주회사 주식을 증여한 경우’의 ‘증여’에는 지주회사 주식의 증여가 공익목적 출연에 해당하는 등으로 과세대상에서 제외되는 증여(상속세 및 증여세법 제48조 제1항 은 공익법인에 대한 주식 출연을 장려하기 위하여 공익목적 출연재산에 대하여 증여세를 과세하지 않는 것으로 정하고 있다)는 제외하는 것으로 합목적적으로 해석하여 거주자가 지주회사 주식을 공익목적으로 출연하더라도 지주회사 설립시 받은 과세이연을 유지함으로써 출연자로 하여금 지주회사 설립 및 공익목적 출연으로 인한 세부담을 받지 않게 하는 것이 지주회사 전환 장려 및 공익법인 주식출연 장려라는 위 규정의 입법목적에 모두 부합한다. 또한, 만약 거주자가 지주회사 주식으로 전환하지 않고 기존 주식을 그대로 보유하고 있다가 그 주식을 공익법인에 증여하였다면 세부담을 지지 아니었을 것이고, 지주회사 설립을 위하여 주식을 현물출자한 경우 그 주주는 지주회사를 통하여 기존의 회사에 대한 지배권을 그대로 유지하여 실질적으로는 출자하기 전 기존 주식을 증여한 것과 다르지 않으므로 지주회사 주식으로 전환한 후 지주회사 주식을 출연한 경우도 기존의 주식을 출연한 경우와 같이 이에 대하여 세부담이 없도록 하는 것이 형평에 부합한다. 뿐만 아니라, 현물출자로 인수한 지주회사 주식을 증여하더라도 증여자는 현물출자로 인한 양도차익 상당의 이익을 얻은바 없음에도 지주회사 주식을 증여하였다는 이유만으로 증여자에게 양도소득세를 부과하는 불합리함(조세특례제한법 시행령 제35의3 제1항 에 의하면 과세이연을 유지하더라도 수증자가 지주회사 주식을 처분할 때 과세이연액에 대한 세부담을 하게 된다)을 개선하기 위하여 2010.12.27. 조세특례제한법 개정시 과세이연 중단 사유에서 ‘지주회사 주식의 증여’를 삭제하였는바, 이는 확인적 규정이므로 법 개정전 현물출자로 설립한 지주회사 주식(쟁점주식)의 증여에 대하여도 그대로 적용됨이 타당하다. 위와 같이 청구인은 지주회사 전환 및 공익법인에의 증여 과정에서 전혀 얻은 이익이 없고, 지주회사의 주식을 공익적인 목적으로 공익법인에게 출연하였을 뿐인데 부를 무상이전하는 증여와 동일하게 현물출자로 인하여 양도차익을 얻은 것처럼 취급되어 양도소득세를 과세당하는 것은 부당하며, 청구인은 그동안 많은 주식을 OOO문화재단, 세계청소년문화재단, 봉암학원 등 공익법인에게 기부한 바 있고 앞으로도 기부를 계속할 예정이었으나 이와 같은 과세가 계속된다면 앞으로는 공익법인에 기부하는 것이 사실상 어려워졌고, 이는 사회 전체적으로도 기부문화 발전을 저해하는 요인이 될 것이므로 이 사건 처분은 매우 부당하여 조세심판절차에서 구제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 것인바, 조세특례제한법 제38조의2 제3항 제2호 가 거주자가 주식을 지주회사에 현물출자하여 과세이연을 받는 중 지주회사의 주식을 ‘증여’한 경우는 과세이연받은 양도소득세를 납부하도록 규정하면서 그 예외를 두고 있지 아니하므로 공익법인에게 증여한 경우도 마찬가지로 과세이연액 중 증여한 주식 상당액에 대하여 양도소득세를 납부하여야 한다고 해석함이 타당하다.

• 가. 쟁 점 거주자가 지주회사 설립을 위해 현물출자한 주식의 양도차익에 대한 양도소득세를 과세이연 받은 후 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 공익법인에 출연한 경우, 과세이연 받은 양도소득세를 납부하여야 하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 제38조의2 제1항 은 “내국인이 주식을 현물출자하여 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 지주회사를 새로이 설립하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인이 그 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “내국인이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다.”고 규정한 다음 제2호에서 과세이연 중단사유로 “양도소득세의 과세를 이연받은 거주자가 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우”를 들고 있다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결 등 참조). 따라서 비록 공익목적 출연에 해당하는 증여에 대한 세부담을 줄여주기 위하여 상속세 및 증여세법에서 이에 대하여 증여세를 과세하지 아니하는 것으로 정하고 있다 하더라도, 조세특례제한법제38조의2 제3항에서 거주자가 주식의 현물출자로 지주회사를 설립함에 따라 받은 양도소득세 과세이연의 중단사유로 과세이연받은 거주자가 ‘지주회사의 주식을 증여한 경우’를 들면서 그 예외를 두고 있지 아니한 이상, 조세감면 특혜규정에 관한 엄격해석의 원칙에 비추어 공익목적 출연의 경우라 하여 이를 과세이연받은 양도소득세 납부 대상 ‘지주회사의 주식을 증여한 경우’에 해당하지 아니하는 것으로 해석할 수는 없다.

(3) 따라서 거주자가 지주회사 설립을 위해 현물출자한 주식의 양도차익에 대한 양도소득세를 과세이연 받은 후 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 공익법인에 출연한 경우, 과세이연 받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 보고 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.