신축주택 취득 5년 경과 후 양도시 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함

OOO세무서장이 2012.7.9. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOOOO OOO OOO OOO-O OOOOO OOOO O OOOO의 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 신축주택의 양도에 따른 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.4.1. OOO 대지 233.9㎡를 구입하여 다세대주택을 신축하고 2002.9.7. 동 다세대주택의 사용승인을 받아 완공한 후, 2007.1.10. 501호(이하 “5년 이내 양도주택”이라 한다)를 OOO원에, 2007.10.31. 202호를 OOO원에, 2007.11.2. 302호(위 202호를 합하여 이하 “5년 이후 양도주택”이라 하고, 5년 이내 양도주택 및 5년 이후 양도주택을 합하여 이하 “신축주택”이라 한다)를 OOO원에 양도하여 발생한 양도소득에 대하여 양 도소득세 OOO원을 감면신청하여 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전토지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보아 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따른 감면세액을 계산하여 2012.7.9. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.28. 이의신청을 거쳐 2013.1.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구 처분청은 이 건 과세처분을 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지 발생한 소득은 감면대상이 아니라는 전제하에 신축주택의 양도로 인한 감면소득을 산정하기 위하여 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용하였으나, 동 시행령 제40조 제1항은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과하여 신축주택을 양도하였을 경우 감면되는 5년간의 양도소득과 감면되지 않는 5년 경과 후의 양도소득을 안분하기 위한 규정인 것이 그 문언상 명백함에도 불구하고 5년 이내 양도한 주택에 대하여 적용하는 것은 명백한 위법이며,조세특례제한법제99조의3에서 ‘신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다’ 는 규정에 따라 토지취득일부터 신축주택 양도일까지 양도소득 전액에 해당하는 양도소득세를 감면하여야 한다. 특히 이 건 토지는 자기가 건설한 주택의 경우 2001.5.23부터 2003.6.30까지 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택은 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다는 조세제한특례법 제99조의3(2001.8.14개정) 시행일 이후에 구입하였고(2002.4.1), 토지 구입후 즉시 주택신축공사를 시작하여 5개월만에 준공하였다. 따라서 법 시행일 이전에 구주택이나 토지를 구입하여 보유하다가 주택을 신축한 경우와는 달리 구주택이나 토지만 보유한 기간에 양도소득이 발생할 여지가 없다. 또한 건축기간중(5개월간) 토지의 기준시가 상승액도 OOO원에 불과한데도 불구하고 전체양도소득 OOO원중 OOO원(54.9%)만 감면소득에 해당한다는 처분청의 주장은 터무니없는 계산방식이므로 취득일로부터 5년 이내 양도한 주택은 전액 감면하는 것이 타당하다.

(2) 예비적 청구 설령, 주택신축 전 양도소득이 감면대상이 아니라고 하더라도 처분청이 5년 이후 양도하는 경우, 5년 이내 발생한 양도소득과 5년 이후 발생한 양도소득을 구분하는 규정인 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용하는 것은 아래와 같은 잘못이 있다. 우선 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식의 분자와 분모에 명문으로 “취득 당시의 기준시가”가 규정돼 있는데, 처분청이 위 규정을 적용함에 있어 분자에 있는 “취득당시의 기준시가”를 ‘이 건 신축주택의 취득당시 기준시가’로, 분모에 있는 “취득당시의 기준시가”를 ‘이 건 토지의 취득당시 기준시가’로 각 대입하는 것은 자의적인 해석으로 보인다. 처분청은 재건축아파트의 경우 위 규정을 준용함에 따른 정당한 해석이라 주장하나, 처분청과 같이 계산할 경우 청구인이 보유했던 이 건 토지와 재건축 후 취득한 이 건 신축주택을 마치 동일한 부동산인 것처럼 같은 선상에 놓고 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범할 뿐 아니라 위 방식에 따른 과세표준의 배분방식은 적어도 분모에 청구인이 이 건 신축주택 취득을 위해 지출한 추가분담금(내지 추가분담금을 기준시가로 환산한 금액)이 감안(차감)되지 않았으므로 분모금액이 과대 산정되었고 그 결과 감면되는 양도소득금액이 과소 산정된 위법은 피할 수 없다(서울행법 2011구단23767, 2012.10.17. 같은 뜻임). 따라서 토지취득일부터 주택취득일까지의 토지가격 상승분에 대한 양도소득을 감면소득에서 제외한다고 하여도 실질적인 기준시가 상승분에 비례하여 아래 청구주장과 같이 재계산 되어야 한다. 토지취득일 주택준공일 양도일 (2002.4.1) (2002.9.7) (2007.1.10) 기준시가(토지) 57,290,000 59,986,000 기준시가(토+건) 141,959,861 282,000,000 기준시가증가액(청구인주장) 2,696,000 (1) 140,040,139 (처분청의견) 84,305,861 (2) 140,040,139 (1) 59,986,000 - 57,290,000 = 2,696,000 (2) 141,959,861 - 57,290,000 = 84,305,861 감면소득계산(처분청의견) 258,559,267 ×140,040,139/(84,305,861+140,040,139) = 141,959,861원 감면소득계산(청구인주장) 258,559,267 ×140,040,139/(2,696,000+140,040,139) = 253,675,560원 ※ 토지. 건물의 취득시기, 양도가액, 양도시기, 취득시 기준기가, 준공시의 기준시가, 5년 시점의 기준시가, 양도시의 기준시가, 산출세액 계산 등은 처분청과 이견이 없으므로 관련증빙은 생략함

• 나. 처분청 의견 주택을 취득할 목적으로 나대지만 취득한 경우, 토지의 기준시가 상승분에 대한 감면소득금액을 계산하는 별도의 예외 규정이 없고, 신축주택 감면대상은 신축주택 취득일부터 5년이내 양도한 때까지 발생한 소득에 한정되어 있으므로 조세특례제한법 시행령제99조3 제2항 및 제40조 제1항의 규정을 엄격히 해석하여 신축주택의 취득으로 인하여 발생되는 소득에 대해서만 감면하는 것으로 하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

① (주위적 청구) 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세 전액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적청구) 신축주택 양도에 대하여 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식을 적용하여 과세한 처분의 당부

③ (직권심리) 처분청의 신축주택에 대한 양도소득세 산출방법이 정당한지 여부

• 나. 관계법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2001.8.14. 법률 제6501호로 개정된 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. ┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 양도소득금액 × ───────────────────── ┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 신축주택감면세액 검토서 등 심리자료에 의하면, 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식을 적용함에 있어 분자에 있는 “취득당시의 기준시가”를 ‘이 건 신축주택의 취득당시 기준시가’로, 분모에 있는 “취득당시의 기준시가”를 ‘이 건 토지 취득당시 기준시가’로 하여 감면대상소득을 계산한 후, 청구인이 감면신청한 세액 OO,OOO,OOO원 중에서 OOO원만 감면대상세액으로 보아 이 건 경정고지한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점① 및 쟁점②에 대하여 본다. 조세특례제한법제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면세액을 계산함에 있어 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 감면소득에 해당하지 아니하며, 감면세액은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 따라 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 방법에 의하도록 되어 있고, 토지만 취득한 경우에 토지의 기준시가 상승분에 대한 감면소득금액을 계산하는 별도의 예외 규정이 없으므로 토지취득일부터 신축주택 양 도일까지 양도소득 전액에 해당하는 양도소득세를 감면하여야 한다는 주위적청구 및 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 규정에 따라 감면소득을 계산한 것이 부당하다는 예비적청구 모두 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 신축주택 중에서 5년 이후 양도한 주택(302호 및 202호)의 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 신축주택의 양도에 따른 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.