신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용은 타당함

OOO세무서장이 2012.5.11. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은, 과다납부한 농어촌특별세액을 기납부세액으로 하여 납부불성실가산세를 감액․경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2012.10.31. OOO 주택 246.99㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 종전주택을 멸실하고 2003.4.24. 다세대주택 10세대를 취득(사용승인)하여 그 중 1세대(501호)는 청구인이 거주하고 나머지 9세대(이하 “신축주택”이라 한다)는 2007년 7월부터 같은 해 11월까지의 기간에 양도한 후조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 규정에 따라 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면대상소득에 해당하는 것으로 보아 2007.11.30. 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하는 양도소득세 예정신고를 하고, 감면세액의 20%인 OOO원을 농어촌특별세로 납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면대상소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(2002.10.31.)부터 신축주택취득일 전일(2003.4.23.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면적용을 배제하고 2012.5.11. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하고, 농어촌특별세 OOO원을 환급결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.29. 이의신청을 거쳐 2012.12.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법령 및 같은 법 시행규칙에서 규정하고 있는 세액감면신청서에 따라 신축주택에 대한 감면대상소득을 산정하고 적법하게 양도소득세 감면신청을 하였음에도 이를 부인하고 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있는 바, 신축주택 취득 이후 5년 이내 소득에 대해서만 면제하는 것으로 세법을 적용하는 것은 적법하고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 감면소득 산식은 결국 자산을 양도함으로 인하여 발생한 양도소득금액 중에서 일정 기간인 감면기간에 대하여 감면한다는 의미이며, 분모의 산식에서 의미하고 있는 기간은 양도자산의 전체기간을 의미하므로 취득당시란 종전주택의 취득당시로 해석하는 것이 타당하며, 같은 법 시행규칙에서 정하고 있는 세액감면신청서의 내용 또한 감면취지에 부합하고 있어 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 따라 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여 과세특례 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 청구주장에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법(2010.1.11. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항에서 거주자가 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2009.7.22. 대통령령 제21634호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 되어 있다. (나) 청구인은 양도한 신축주택은 신축주택 취득일(2003.4.24.)로부터 5년 이내에 양도한 주택(양도일 2007년 11월)으로서 조세특례제한법령 및 같은 법 시행규칙에서 규정하고 있는 세액감면신청서에 따라 신축주택에 대한 감면대상소득(OOO원)을 산정하고 적법하게 양도소득세 감면신청을 하였다고 주장하고 있다. (다) 처분청은 조세특례제한법 시행령(2009.7.22. 대통령령 제21634호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식을 적용함에 있어서 감면소득 산식은 결국 자산을 양도함으로 인하여 발생한 양도소득금액 중에서 일정 기간인 감면기간에 대하여 감면한다는 의미이며, 분모의 산식에서 의미하고 있는 기간은 양도자산의 전체기간을 의미하므로 취득당시란 종전주택의 취득당시를 의미하는 것으로서 분자의 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 OOO원과 신축주택 취득당시의 기준시가 OOO원, 분모의 양도당시의 기준시가 OOO원과 종전주택 취득당시의 기준시가 OOO 원을 산식에 대입하면 그 감면대상소득은 OOO원이라는 주장이

• 다. (라) 살피건대,조세특례제한법제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면대상소득에 해당하지 아니하고, 이 때, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하며(서울행정법원 2011구단27363, 2012. 3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임), 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 것으로 규정하고 있는 바, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도한 청구인의 경우, 처분청이소득세법제90조에서 규정하고 있는 세액감면방식으로 양도소득금액을 산정한 것은 적법하다 할 것이다(조심 2012서5116, 2013.1.31. 외 다수 같은 뜻). (마) 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 다만, 이 건과 관련하여 처분청은 종전주택 취득일(2002.10.31.)부터 신축주택취득일 전일(2003.4.23.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여 감면적용을 배제하면서 청구인이 양도소득세 신고시 기 납부한 농어촌특별세 OOO원 중 OOO원을 환급결정한 것으로 양도소득세 결정결의서 등 심리자료에 나타나고 있는데, 농어촌특별세법제5조 제1항 및 제7조 제1항에서조세특례제한법에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고․납부하는 때에 함께 신고․납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인이 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고․납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액․경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1077, 201.5.11. 외 다수 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한