종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지 양도소득은 감면대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1988.3.24. 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 재건축사업에 제공하고 2002.12.13. OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2006.6.7. 양도(OOO원)하고 양도소득세(OOO원) 전액을 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 감면대상으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 OOO국세청장의 ‘특정감사 과제에 대한 자료처리’ 지시(2012.3.30.)에 의하여 종전주택에 대한 감면을 배제하고 가산세(OOO원)를 가산하여, 2012.4.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.10. 이의신청을 거쳐 2012.11.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 제99조의3 의 감면대상 소득은 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득을 의미하고, 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 세액 전액이 감면되는 것이므로, 종전주택의 보유기간에 해당하는 세액의 감면을 배제하고 과세한 처분은 부당하다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 은 신축주택의 감면에 대하여 취득후 5년 이내의 양도는 세액 전액을 감면하는 세액감면방식을 적용하고, 취득후 5년 경과 후의 양도는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득을 과세대상 소득에서 차감하는 소득감면방식을 적용하고 있는바, 쟁점신축주택은 취득일부터 5년 이내의 양도로서 세액감면방식을 적용하여야 함에도 소득감면방식을 적용하여 과세하는 것은 부당하므로 취소하여야 한다. (3) 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 감면규정은 신축주택 취득 후 5년 이내 양도의 경우 세액 전액이 감면대상이라는 것이 국세청의 일관된 해석이었음에도 2009.1.20. 종전주택에 대한 감면을 배제하는 새로운 해석(국세청 재산-227)을 하고 이미 발생한 양도소득에 대하여도 이를 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배되므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 규정하고 있는 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”은 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득이며, 구주택 취득일부터 신축주택 취득 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득에 해당하지 아니하므로 종전주택 보유기간의 소득에 대한 감면을 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 에 의하여 신축주택 취득후 5년 이내에 양도하는 경우에도 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 기준시가 기준으로 신축주택 취득후 5년간 발생한 양도소득금액을 산출하여 해당 세액을 감면하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

(3) 소급과세란 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하는 것을 말하며, ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르는 것을 말하는 것으로(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결), 조세특례제한법 제99조의3 관련 국세청 예규는 신축주택감면에 관한 새로운 해석이 아니라 조세특례제한법 제99조의3 조항이 신설된 2000.12.29. 이후 시행되던 법령을 계속해서 적용하도록 명확히 한 것으로서 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니므로, 과세관청이 납세자의 양도소득세 확정신고 후 신고에 오류가 있음을 사후에 발견하고 납세의무 성립일 당시의 조세법규에 근거하여 경정하는 것은 소급과세금지 의 원칙에 위반되지 아니한다.

• 가. 쟁점

① 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 감면 적용시 종전주택 보유기간에 대한 양도소득이 감면 대상인지 여부

② 신축주택 취득후 5년 이내의 양도임에도 5년 경과후의 양도에 대하여 적용하는 소득감면방식을 적용하는 것이 타당한지 여부

③ 종전주택 양도소득의 감면을 배제한 처분이 소급과세금지 원칙에 위배되는지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 제4항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하였고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 그 계산식은 다음과 같다. 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 ─────────────────────────── 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 (나) 처분청은 종전주택 취득시부터 신축주택 취득 전일까지의 양도소득은 감면대상이 아니라고 보았으나, 청구인은 신축주택 취득후 5년 이내 양도의 경우는 신축주택 취득 후 5년을 경과하여 양도하는 경우와 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득 전일까지 발생한 양도소득도 감면대상이라는 주장이다. (다) 위 사실관계 및 관계법령 등을 종합하여 살펴보면, 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우 감면대상은 그 양도소득세의 전액이고, 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 감면대상은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정되어 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 신축주택 취득자에 대한 감면대상으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면대상이 되는 “취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득”이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17., 같은 뜻임), 쟁점신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 신축주택 취득후 5년 이내 양도의 경우에는 종전주택 취득 이후 발생한 양도소득 전액을 감면하고, 신축주택 취득후 5년 경과 후의 양도에는 신축주택 취득시부터 5년간 발생한 양도소득을 감면한다고 주장하면서, 신축주택 취득후 5년 이내의 양도에 대하여 5년 경과후 양도에 적용되는 5년간 소득감면 방식을 적용하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 위 사실관계 및 관계법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구인은 신축주택 취득후 5년 이내 양도의 경우에는 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득 전액에 대한 세액을 감면대상으로 보아야 한다고 주장하나, 위 (1)(다)와 같이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 신축주택 감면규정은 신축주택 취득후 5년 이내 양도의 경우에도 신축주택 취득일 이후의 양도소득에 대하여만 세액 전액을 감면대상으로 한다는 규정이므로, 처분청이 쟁점신축주택 취득 전일까지의 양도소득을 감면소득에서 배제한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 국세기본법 제18조 제3항 은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 규정한 조세특례제한법 제99조의3 의 규정은 2000.12.29. 법률 제6297호로 신설되었고, 국세청장은 2009.1.20. 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 해석(재산세과-227)하였다. (다) 위 사실관계 및 관계법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구인은 새로운 예규를 생산하고 이를 종전에 발생한 양도소득에 적용하여 과세하는 것은 소급과세에 해당한다고 주장하나, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르는 것을 말하는 것으로서(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 참조), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있었다고 볼 수 없는바(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결, 참조), 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 위 예규는 신축주택 감면에 관한 새로운 해석이 아니라 조세특례제한법 제99조의3 의 조항이 신설된 2000.12.29. 이후 시행되던 법령을 계속해서 적용하도록 명확히 한 것으로서 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니므로 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배한 것으로 볼 수 없다고 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.