조특법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산정한 것이 적법한지 여부

[참조결정] 조심2012서0212

[주 문] OOO세무서장이 2012.5.10. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인의 양도차익을 산정함에 있어서 소득세법 시행령제166조 제1항 제1호의 규정에 따라 청구인이 납부한 청산금을 반영하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1985.1.1. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 보유하던 중 주택재건축사업에 의하여 2002.3.27.(사용승인일) 서울특별시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하여 이를 2006.6.30. OOO원에 양도하고 2007.5.31. 양도소득세 신고시 양도소득금액을 실지거래가액으로 산정한 후, 조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 쟁점종전주택의 양도소득을 포함한 양도소득금액 전액을 감면하는 것으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정이 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대해서만 양도소득세를 감면하고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2012.5.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2012.8.6. 이의신청을 거쳐 2012.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점신축주택은 건물과 그 부속토지로 구성되어 있고, 소득세법 제100조 제2항은 토지와 건물을 동시에 양도한 경우, 토지와 건물의 양도차익을 각각 구분하여 계산하도록 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항은 소득세법제95조 제1항에 의해 계산된 양도자산별 양도소득금액을 보유기간에 따라 감면분과 비감면분으로 안분하도록 규정하고 있는바, 청구인은 토지의 경우, 환지처분에 의해 취득하였으므로 토지의 취득일은 쟁점종전주택의 취득일이 되어 토지의 총보유기간 동안 발생한 양도소득금액을 쟁점종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 신축일까지의 양도소득금액과 쟁점신축주택 신축일부터 양도일까지의 양도소득금액으로 구분할 수 있어 이 중 쟁점신축주택 신축일부터 양도일까지의 양도소득금액은 5년 이내에 발생된 것이므로 감면대상에 해당한다 할 것이고, 건물의 경우에는 쟁점신축주택의 건물의 총보유기간(신축일 ～ 양도일)동안 발생한 양도소득금액은 모두 건물신축일로부터 5년 이내 발생된 것으로 전액 감면대상에 해당하는데도 처분청이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 아무른 법적근거없이 쟁점신축주택의 양도소득금액을 토지분과 건물분으로 구분하지 아니하고, 양도소득금액을 일괄 합산하여 전액 감면대상인 건물분 양도소득금액 중 일부분을 쟁점신축주택이 존재하지도 않았던 쟁점종전주택 취득일(토지 취득일)부터 쟁점신축주택 신축일까지의 기간에 과세대상 양도소득금액으로 안분하였으므로 소득세법제100조 제2항의 규정에 반하여 조세법률주의 및 실질과세원칙을 위배한 위법한 처분으로 당연 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있는바, 건물신축을 위한 토지 취득일 또는 사업계획승인일 이후 양도소득금액을 감면대상으로 한다면, 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과가 초래되고, 동 규정은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우, 감면대상 양도소득금액을 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 하도록 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동규정의 과세특례대상에 포함되지 않으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액 상당액은 감면대상 양도소득금액에 해당한다고 보기 어려우며, 동 규정의 전체문언을 감안할 때, 감면대상 양도소득은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 발생하는 소득으로 한정하는 것이지, 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없고, 납세의무자가 “신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액을 감면”한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자들도 있어 이들과의 과세형평에 비추어 볼때에도 처분청의 당초 처분은 정당하다.(조심 2012서0212, 2012.02.23.외 다수 같은 뜻)

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 신축주택에 대한 양도소득세 감면소득금액 계산방법
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 쟁점종전주택 등기부등본에 의하면, 청구인은 쟁점종전주택(70.34㎡)을 1978.12.10. 매매를 원인으로 1978.12.30. 소유권을 취득한 후, 1999.6.25. 신탁을 원인으로 OOO아파트재건축주택조합으로 소유권 이전한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점신축주택의 부동산등기부등본 및 매매계약서에 의하면, 쟁점신축주택(125.37㎡)은 2002.5.24. 소유권 보존으로 청구인에게 소유권 이전되었고, 2006.6.6. 매매를 원인으로 2006.6.30. 거래가액 OOO원에 유OOO, 김OOO에게 소유권을 이전된 사실이 확인된다.

(3) 청구인은 신축주택의 양도에 대해 양도가액을 OOO원으로 하고, 취득가액을 기준시가에 의해 환산한 OOO원, 기타필요경비를 OOO원, 장기보유특별공제 OOO원, 양도소득금액 OOO원으로 산정한 후, 양도소득기본공제 OOO원을 차감하고, 다른 양도자산의 과세표준과 합산한 과세표준에 세율을 적용하여 산출세액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고한 사실이 청구인의 양도소득세 신고서에 나타난다.

(4) 처분청이 제출한 신축주택감면세액계산 적정여부 검토서에 의하면, 처분청은 위 청구인의 양도소득세 신고내역에 대해 감면소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 산정하였는바 그 계산내역은 다음과 같다. 감면소득금액 OOO =

(5) 이에 반해, 처분청의 이의신청결정서에 나타나는 청구인의 양도소득세 감면세액 계산내역은 다음과 같다. 감면소득금액 OOO원 =

(6) 청구인은 쟁점신축주택의 양도소득세에 대한 감면세액을 계산함에 있어서 쟁점신축주택을 토지와 건물로 구분하여 토지의 취득일을 쟁점종전주택의 취득일로 보아 토지분의 양도소득금액 중 쟁점신축주택 신축일부터 양도일까지의 양도소득금액이 감면대상에 해당하고, 건물분의 양도소득금액 전액이 감면대상에 해당한다고 주장하며, 이에 따라 계산할 경우 감면대상 양도소득금액은 건물분 OOO원, 토지분 OOO원 합계 OOO이고, 따라서 감면세액은 산출세액을 전체 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액이 차지하는 비율을 곱한 금액인 OOO원이라는 주장이다. (7)청구인의 양도소득세 신고서에 첨부된 자료에 의하면, 쟁점종전주택재건축사업과 관련하여 동 사업의 관리처분계획인가일은 1999.5.20., 쟁점신축주택 분양가액은 OOO원, 쟁점종전주택 평가액은 OOO원, 청구인의 청산금납부액은 OOO원, 쟁점신축주택 사용승인일은 2002.3.27.로 나타난다.

(8) 조세특례제한법」제99조 제1항은주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 주택을 취득하는 경우 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다는 취지로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조 제1항은 “당해 신축주택의 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 감면대상 양도소득금액을 산정하도록 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)

(9) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점신축주택의 양도소득세에 대한 감면세액을 계산함에 있어서 쟁점신축주택을 토지와 건물로 구분하고, 토지의 취득일을 쟁점종전주택의 취득일로 보아 토지분의 양도소득금액 중 쟁점신축주택 신축일부터 양도일까지의 양도소득금액과 건물분의 양도소득금액 전액이 감면대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점신축주택과 같은 공동주택의 경우, 토지와 건물을 일괄 양도하는 것으로 그 양도소득금액을 산정함에 있어서도 토지과 건물을 따로 구분하지 아니하는 것이므로 토지와 건물로 구분하여 감면대상양도소득금액 및 감면세액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 따라서 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있어서 쟁점신축주택의 토지와 건물을 구분하지 아니하고 양도소득금액을 산정하고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 소득세법 시행령제166조 제1항 제1호는 청산금을 납부한 주택재개발사업의 조합원의 양도차익은 양도가액에서 납부한 청산금을 차감하여 산정하도록 규정하고 있는바, 청구인 및 처분청이 양도소득세 신고시 및 이 건 양도소득세 경정시 산정한 양도차익을 살펴보면, 그 산정과정에 청구인이 납부한 청산금을 반영하지 아니한 것으로 보이므로 이를 반영하여 과세표준과 세액 그리고 감면세액을 재계산하는 것이 타당한 것으로 보인다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.