조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점 등을 볼 때, 감면대상소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점 등을 볼 때, 감면대상소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
OOO세무서장이 2012.7.5. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO호를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 청구인은 2009년 11월 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 취득당시 또는 취득일은 신축주택 준공일(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)이라고 하여 그에 따라 양도소득세 신고를 하였는바, 처분청이 2011년 변경된 해석에 의하여 양도소득세를 경정함은국세기본법제15조 및 제18조의 세법적용의 해석 및 신의성실의 원칙, 소급금지 과세원칙에 반하는 납세자의 권익을 부당히 침해한 처분이므로 취소되어야 한다(주위적 청구).
(2) 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후에 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다(대법원 2010두3725, 2012.6.28., 예비적 청구).
(3) 신축주택에 있어서 청산금을 납부한 경우 종전주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 건물분의 신축주택 취득당시 기준시가를 더한 값을 분모의 취득당시 기준시가로 보아 5년간 발생한 양도소득을 계산하여야 한다(예비적 청구).
(4) 처분청의 해석에 의하여 양도소득세를 신고납부한 후 과세관청이 조세감면방식에 과한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 정함으로써 추가로 양도소득세를 증액결정한 경우 청구인에게 납부의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 부당한 처분이다.
(1) 2005년 예규에서조세특례제한법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 취득당시 또는 취득일이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 답변한 것은 단순히 신축주택의 취득당시와 취득일에 대한 답변일 뿐이지, 산식의 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 동일하게 보아 감면대상소득을 계산해도 된다는 답변이 아니고, 재개발 조합원 등 종전주택 보유자가 재건축을 하고 양도한 경우 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 감면소득금액을 계산함에 있어 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 기준시가로 보아 감면소득금액을 계산하여야 함에도 불구하고 청구인이 분모․분자의 취득당시 기준시가 모두를 신축주택의 취득당시 기준 시가로 해석하여 감면신고한 것은 청구인이 법률해석 및 적용을 잘못한 것이다. (2)조세특례제한법제99조의3 제1항의 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”라는 규정의 의미는 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 해당하는 양도소득세를 100% 감면한다는 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항과 같은 법 시행령 제40조 제1항에 의한 감면소득의 계산산식은 “양도소득금액×【(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가-(신축주택취득당시의기준시가)】/【(양도당시기준시가)-(종전주택 취득당시기준시가)】”이며, 감면세액 계산식은 “산출세액×(감면대상양도소득금액-기본공제)/과세표준”으로 계산하여야 할 것인바, 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다. (3)조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에서 감면대상소득 범위에 대하여 “신축주택 취득일부터” 라고 명시하고 있고, 또한 청산금을 납부한 신축주택의 경우 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이므로 종전주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 건물분의 신축주택 취득당시 기준시가를 더한 값을 분모의 취득당시 기준시가로 하여야 한다는 청구인의 주장도 이유없다 할 것이다.
(4) 종전해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정한 경우가 아니라 청 구인이 법률의 해석 및 적용을 잘못한 사항에 대하여 증액결정한 것이므로 증액부분에 관한 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다)
② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.
[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[ 관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다) (4) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 청구인은 1994.9.6. 종전주택을 취득하였고, 2003.1.13. 신축주택을 취득(사용승인일은 2001.6.21.)하였으며, 신축주택을 2009.11.26. 양도한 사실이 심리자료에 나타난다.
(2) 청구인과 처분청 간에 종전주택과 신축주택의 취득시기와 양도시기에는 다툼이 없고, 각 기준시가(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가: OOO원, 신축주택 취득당시의 기준시가: OOO원, 양도당시의 기준시가: OOO원, 종전주택 취득당시 기준시가: OOO원)에 대하여도 다툼이 없으나, 감면소득 계산식에 대하여는 아래 <표>와 같이 상이하게 주장한다. OOOOOOOOO OOO OOO O OOO OOO OOO OOOOOO
(3) 살피건대, 청구인은 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 취득당시 또는 취득일은 신축주택 준공일이라고 하여 그에 따라 양도소득세 신고를 하였는데, 2011년에 변경된 해석에 의하여 양도소득세를 다시 경정함은 신의성실의 원칙 및 소급금지 과세원칙에 반하고, 신축주택에 있어서 청산금을 납부한 경우 종전주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 건물분의 신축주택 취득당시 기준시가를 더한 값을 분모의 취득당시 기준시가로 보아 5년간 발생한 양도소득을 계산하여야 하며, 처분청의 해석에 의하여 양도소득세를 신고납부한 후 과세관청이 조세감면방식에 과한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 정함으로써 추가로 양도소득세를 증액결정한 경우 청구인에게 납부의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 부당한 처분이라고 주장하나, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어렵고, 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에서 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 해석하고 있는 등 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012서5202, 2013.2.18., 같은 뜻임). 또한, 같은 법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이며(조심 2010중2363, 2011.4.19. 외 다수, 같은 뜻임), 관련 규정에 달리 청산금 취득부분에 대한 취득당시 기준시가를 합산하는 규정이 없으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2012서5202, 2013.2.18., 같은 뜻임). 다만,조세특례제한법제99조의3 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있어 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도한 이 건의 경우의 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 참조)는 청구주장은 관련 법령에 부합하는 것으로 판단된다(조심 2012서4640, 2013.1.7. 외 다수, 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.