처분청이 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되지 않음.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1995.3.22. OOO 266 대 28㎡ 및 무허가건물 27.73㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 종전주택에 대한 재개발사업에 따라 2002.9.26.(사용승인일) 같은 동 OOO 519-1302(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2007.4.16. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도하고, 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득시까지에 대하여도조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 특례규정(이하 “쟁점특례규정”이라 한다) 을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면소득은 쟁점신축 주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도소득만 해당된다고 보아, 2012.6.14. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO 원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.11.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점특례규정의 본문의 문언대로 해석하여 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 100% 감면하여야 한다. 청구인은 국세청 종전예규OOO에 따라 양도소득세를 성실히 신고하였음에도, 처분청이 종전예규와 상이한 새로운 예규OOO에 따라 양도소득세를 과세한 것은 신의성실의 원칙 및국세기본법제18조의 세법 해석의 기준 및 소급과세 금지의 원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 쟁점특례규정 적용시 종전부동산의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상이 아니다.

• 가. 쟁점 청구인은조세특례제한법제99조의3 및 국세청 예규에 따라 성실히 양도소득세를 납부하였음에도 과세관청이 종전 예규를 변경하여 양도소득세를 추징하는 것은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된 것이라는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1995.3.22. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 재개발되어 2002.9.26. 취득(사용승인일)하였으며, 2007.4.16. 쟁점신축주택을 양도하였다. (나) 쟁점신축주택은 쟁점특례규정의 신축주택취득기간(2001.5.23. ～ 2003.6.30.) 내인 사용승인되었다. (다) 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득금액은 157,910,220원이며, 종전주택과 쟁점신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다. OOOOOOOOO OOOO OO (OO: O) (다) 처분청은 쟁점산식의 분모인 “취득당시 기준시가”를 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 쟁점특례규정의 감면소득금액을 계산하였다.

(2) 청구인은 처분청이 종전예규OOO와 상이한 새로운 예규OOO에 따라 양도소득세를 과세한 것은 소급과세 금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되고 주장하고 있는바, 동 예규의 내용은 다음과 같다. (가) 국세청 OOO에는 “쟁점특례규정을 적용함에 있어 ‘당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’이라 함은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, ‘취득당시’ 또는 ‘취득일’이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인 중 빠른 날로 하는 것입니다”라고 되어 있다. (나) 국세청 OOO에는 “귀 질의의 경우, 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지입니다”라고 되어 있다. (3)조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에는 거주자가 같은 항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조에는 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 과세관청이 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 일반적으로 해석하다가, 이에 반하는 과세처분을 하여 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되었다고 주장하나, 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않았고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기도 어려우며, 쟁점특례규정의 입법 취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니라고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.