신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (쟁점2 관련)

[참조결정] 조심2012서4640 / 조심2010부0415

[주 문] OOO세무서장이 2012.6.21. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세OO,OOO,OOOO의 부과처분은 서울특별시 OOO OOOOOO OOOOOO OOOO OOOOO의 양도소득세 과세대상소득금액에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2000.4.7. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 재건축으로 2005.1.28. 같은 동 670 OOO 전용면적 161.47㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후, 2010.12.20. 한OOO 및 김OOO에게 OOO원에 양도하고, 2011.2.28. 양도소득세 예정신고를 하면서조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용하여 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 이후 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 상당하는 산출세액을 감면세액으로 하여 신고하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보고, 감면금액을 재산정하여 2012.6.21. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.16. 이의신청을 거쳐 2012.12.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제99조의3의 취지는 동 규정에 따라 취득한 신축주택의 양도시에는 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 과세하지 아니하는 혜택을 주어 건설경기 및 경제를 활성화하기 위한 것으로서, 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제40조의 산식에 위임되어 있으며, 처분청의 기존 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 세법 규정 및 취지에 맞게 분모 및 분자의 기준시가를 재건축주택의 사용검사필증교부일로 하여 합리성이 있었으나, 본 예규를 변경함으로써 재건축 주택의 경우 사업계획승인일 이후부터 준공시점까지 발생한 양도차익은 과세대상이지만, 주택건설업자로부터 일반분양 받은 경우에는 당첨일부터 준공시점까지 발생한 양도차익은 과세대상에서 제외되는 모순이 발생한다. 또한, 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분모 및 분자 모두 동일하게 ‘취득당시의 기준시가’로 규정되어 있고, 같은 법 시행규칙 별지 제37호 서식에도 취득당시 기준시가 항목이 ‘⑨취득당시 기준시가’ 하나 뿐이다. 따라서, 조문상 특별히 언급이 없는데도 동일한 조문을 놓고 분모와 분자의 적용 내용을 달리 해석하는 것은 조세법률주의에 위배되며,국세기본법제19조의 세무공무원의 재량의 한계를 벗어난 처분으로서 납세자의 재산권을 침해한 부당한 처분이다. (2)조세특례제한법제99조의3 제1항은 거주자가 같은 항 제1호또는 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하고, 5년이지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고있는바,이 건은 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한경우에 해당하므로 대법원 판례와 같이 세액감면 방식이 아닌 소득금액 공제방식으로 재계산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없다. (2)소득세법제90조(양도소득세액의 감면) 규정에 의하면, 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득 과세표준에 제104조에 따른세율을 적용하여 계산한 금액에 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록규정되어 있으므로 이에 근거하여양도소득금액에서 기본공제를 차감한 후세율을 적용하여 산출세액을 구한 후조세특례제한법에서 규정한 감면율(100%)을 적용하여 감면세액을 차감한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부 및 이 건 양도소득세 부과처분이 조세법률주의에 위배되는 지 여부

② 신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면세액의 산출은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당되지 아니하고,소득세법등에 근거하여 양도소득금액에서 기본공제를 차감한 후 세율을 적용하여 산출세액을 구하고조세특례제한법에서 규정한 감면율을 적용하여 감면세액을 차감한 당초 처분이 정당하다면서, 양도소득세경정결의서, 신축주택 감면세액계산 적정여부 검토서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식 중 분모와 분자에 동일하게 ‘취득당시의 기준시가’로 규정되어 있음에도 이를 달리 해석하는 것은 조세법률주의에 위배되고, 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한 이 건은 대법원 판례와 같이 소득금액 공제방식으로 재계산하여야 한다고 주장하면서, 양도소득세 예정신고서,대법원 판결문(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결) 등을 제출하였다.

(3) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 종전주택을 2000.4.7. 취득하여 보유하다가 재건축으로 인하여 2005.1.28. 신축주택을 취득한 후, 신축주택 취득일로부터 약 5년 11개월이 경과한 2010.12.20. 양도한 사실이 나타난다.

(4) 쟁점①에 대해 살펴보면,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 과세특례대상 양도소득금액을 ‘그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것인바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면대상이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻임).

(5) 쟁점②에 대해 살펴보면,조세특례제한법제99조의3 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고 있는바, 신축주택 취득일부터 5년 11개월이 경과한 후 양도한 이 건의 경우 감면을 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 참조)는 청구인의 주장은 관련 법령에 부합하는 것으로 판단된다(조심 2012서4640, 2013.1.7. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.