신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

OOO세무서장이 2012.7.11. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 서울특별시 OOO를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1990.12.24. 취득한 서울특별시 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재건축됨에 따라 2004.8.30. 취득하게 된 서울특별시 OOO OOO OOO OOO OO OOOOO OOO-OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2009.9.17. 양도하고 2010.4.29. 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을OOO원으로 하여 양도차익을 계산한 후조세특례제한법제99조의 3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액을 감면 신청하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의 3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세 감면금액은 신축전의 양도차익에 대하여는 적용되지 아니한다고 보아 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 감면금액을 산정하고 2012.7.11. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.14. 이의신청을 거쳐 2012.12.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 제1항에 신축주택 취득일로 한다는 명문규정이 없으므로 종전주택의 취득일을 신축주택의 취득일로 봄이 타당하며, 동 조항을 적용함에 있어 신축주택 취득 전 양도소득에 대한 양도차익은 감면하지 않는다는 규정이 없으며, 과세관청도 이를 용인하여 오다가 새로운 국세청예규에 따라 감면을 배제하는 것은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 반하는 위법․부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 조합원의 경우 사용승인 또는 사용검사일을 신축주택 취득일로 한다는 명문규정이 없으므로 종전주택의 취득일을 신축주택의 취득일로 보아야 한다고 주장하나, 신축주택의 사용승인일인 2004.8.30. 을 취득시기로 봄이 타당하며,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고,조세특례제한법제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체 문언을 고려할 때, 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인은 1990.12.24. 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축을 통하여 2004.8.30. 취득한 신축주택을 2009.9.17. 오OOO 외 1인에게 양도하고, 2010.4.29. 양도가액은 OOO원으로, 취득가액은 OOO원으로 하여 양도차익을 계산한 후조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액 감면을 신청하였고, 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 따라 청구인의 감면신청 세액 OOO원 중 OOO원을 부인하고 2012.7.11. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 사실이 확인된다. (2) 청구인은조세특례제한법제99조의3 규정을 들어 청구인의 경우와 같이 5년 이내 양도하는 경우 발생하는 소득에 대한 양도소득세 전액을 감면하여야 하며, 이 경우 양도소득세란 전체 양도소득금액에 대한 양도소득을 의미하는 것이지 신축주택 취득일 이후의 양도소득금액에 대한 양도소득세를 의미하는 것은 아니며, 당해 조항을 적용함에 있어 신축주택 취득 전 양도소득에 대한 양도차익은 감면하지 않는다는 규정이 없고, 과세관청도 이를 용인하여 오다가 새로운 국세청예규에 따라 감면을 배제하는 것은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 반하는 위법․부당한 처분이므로 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 100% 감면한다는 법문에 따라 과세처분을 취소하여야 한다고 주장한다. (3) 처분청은 신축주택의 양도소득금액을 전액 감면하여야 한다는 청구인의 주장에 대하여,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며,조세특례제한법제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때, 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다는 의견이다. (4) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해 석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하 도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때,조세특례제한법제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하 여야 할 것이다 (대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면 대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.