신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위는 신축주택취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액임

OOO세무서장이 2012.6.15. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO의 양도소득세 과세대상소득금액에서조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액인 OOO원을 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다

• 가. 청구인은 1993.10.27. OOO 주택(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 주택재개발사업으로 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일: 1998.11.7.)하였으며, 2007.2.28. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도한 다음 양도소득세 신고 시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)에 따른 쟁점신축주택에 대한 “신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”의 계산을 위한 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하면서 분자 및 분모에 사용되는 취득 당시의 기준시가를 모두 “쟁점신축주택의 취득 당시 기준시가”로 보아 OOO원을 감면세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하면서 분모에 사용되는 취득 당시의 기준시가는 “쟁점신축주택의 취득 당시 기준시가”가 아닌 “쟁점종전주택의 취득 당시 기준시가”라고 하여 이에 따라 감면세액을 재계산하여 2012.6.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.31. 이의신청을 거쳐 2012.12.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 조특법 제99조에 따른 감면소득은 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 “취득 당시 기준시가”를 분자와 분모 공히 쟁점신축주택 취득 당시 기준시가를 적용하였고, 처분청에서는 분모의 취득 당시 기준시가를 쟁점종전주택의 취득 당시의 기준시가로 해석하여 이 건 과세처분하였으나, 조특법 시행령 제99조 제1항이 “구주택”의 취득에 대한 개념이 전혀 없이 구조조정대상부동산의 취득개념만 있는 조특법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 한 것이 적절하지 아니하였더라도, 이를 준용하도록 한 이상 조세법규는 엄격하게 해석하고 적용하여야 할 것이고, 상기 산식을 규정한 관련법령에서 취득 당시의 기준시가를 분자와 분모를 다르게 해석하거나 적용할 여지가 없으므로 이 건의 경우 취득 당시의 기준시가는 분자와 분모 모두 쟁점신축주택의 취득 당시 기준시가이어야 할 것이다. 또한, 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서도 취득 당시 또는 취득일이란 자기가 건설한 주택에 있어서는 사용검사필증 교부일, 사실상 사용일, 임시사용승인일 중 빠른 날로 한다고 함으로서 이 건 취득 당시의 기준시가를 분자와 분모가 다른 것으로 해석하지 아니하고 있다.

(2) 이 건 과세처분은 국세기본법제18조의 세법해석의 기준과 소급과세의 금지를 위배한 부당한 처분으로, 국세청은 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)로 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조 규정에 따른 감면소득에 해당되지 아니한다고 해석함으로서 2005.11.8. 상기 국세청 예규와는 달리 산식을 적용하는 결과를 가져왔다. 청구인은 2007.2.28. 쟁점주택을 양도하고 2007.4.30. 양도소득세 예정신고와 2008.5.31. 확정신고를 이행하였고 처분청에서도 이에 대하여 아무런 조치를 취하지 아니하여 사실상 청구인의 신고를 인정한 것임에도 처분청에서는 청구인의 신고이후인 2009.1.20.의 새로운 예규를 근거로 이 건 과세처분을 하는 것은 국세기본법제18조를 명백히 위배한 처분이다.

(3) 처분청은 이 건 양도소득세 감면세액을 계산하면서 소득세법제90조를 근거로 계산하였으나, 조특법 제99조 제1항을 보면, “～취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감”하도록 규정하고 있는바, 청구인의 경우 5년이 지난 후에 양도하였으므로 양도소득금액에서 감면소득금액을 뺀 금액에서 기본공제를 한 금액을 과세표준으로 하여 세액을 계산하여야 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 조특법 제99조는 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 조항으로 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해주는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니며, 조특법 제99조 및 동법 시행령 제40조 1항의 산식에 따라 신축주택에서 발생한 감면소득금액을 계산할 때 감면대상자산 전체에서 발생한 양도소득금액 중 신축주택 취득 후 5년 이내 발생한 양도소 득금액을 산출하여야 하므로 분모는 양도 자산 전체의 기준시가 변동내용이 반영 되어야 하고 분자는 신축주택 취득 후 양도시까지의 기준시가 변동내용이 반영되어야 함에 따라 분모의 “취득 당시의 기준시가”는 양도주택의 최초 취득 당시의 기준시가로 해석함이 타당한 것이며, 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 신축주택 취득 당시의 기준시가로 해석한다면 양도 자산에서 발생한 전체 양도소득금액을 온전히 신축주택 취득 후의 양도소득금액으로 산정하는 오류가 발생한다.

• 가. 쟁 점

① 조특법 제99조 규정에 따른 신축주택의 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득금액(감면소득금액) 계산시 적용하는 조특법 시행령 제40조의 산식 중 분모 및 분자에 사용되는 “취득 당시 기준시가”가 신축주택의 취득 당시 기준시가로 하여야 한다는 청구주장의 당부

② 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면소득금액이 된다고 해석하고 있음에도 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 근거하여 이 건 과세함은국세기본법제18조를 위배한 처분이라는 청구주장의 당부

③ 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 양도소득세 과세표준 및 세액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득 세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (3) 조세특례제한법 시행령 제99조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (4) 조세특례제한법 시행령제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등)

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취 득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 (5) 국세기본법 제18조 (세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정 하고 있는 조항은 제1항 부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다. (6) 소득세법 제90조 (양도소득세액의 감면) 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. (7) 소득세법 제95조 (양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 조특법 시행령 제99조 제1항은 조특법 제99조에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 명시하고 있는바, 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득 당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘쟁점신축주택의 취득 당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘쟁점종전주택의 취득 당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻)이므로 분자 및 분모에 적용되는 기준시가를 “쟁점신축주택의 취득 당시 기준시가”로 하여야 한다는 청주주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 조특법 제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다. 청구인은 신축주택의 양도일 이후에 생산된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의한 부과처분이 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 반하는 등 처분청의 과세처분은 부당하다는 주장이나, 과세관청의 종전해석(국세청 서면4팀-2109, 2005.11.8.)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 처분청이 소급금지 과세원칙 및 신의성실원칙을 위배하였다고 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 할 것이다(조심2012서, 2012.2.23. 등 다수 같은 뜻).

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점신축주택을 1998.11.7. 취득하여 5년이 경과한 2007.2.28. 양도하였고, 처분청은 쟁점신축주택 사용승인일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만을 감면소득금액으로 계산OOO하여 동 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득세과세표준에서 차지하는 비율을 양도소득세 과세표준에 따른 산출세액에 곱하여 계산한 금액을 감면세액으로 계산하여 이 건 부과처분하였음이 처분청의 심리자료에 의해 확인되고 있다. 그런데, 조특법 제99조 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으므로, 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도한 이 건의 감면방식은 감면소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방식으로 하여야 할 것이다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 참고). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 소득금액 OOO원을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.