고시원 용도로 건축된 고시원 면적부분에 대하여 부가세 매입세액을 불공제한 처분은 정담함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인과 청구인의 배우자 유OOO는 2011.1.26. ‘OOO’이라는 상호로 업종을 부동산업(건물신축판매)으로 사업자등록을 하고, 서울특별시 OOO 대지 297.5㎡(이하 “독산동 토지”라 한 다)의 지상에 철근콘크리크구조 근린생활시설을 신축(지상 7층, 연 면적 1,059.47㎡로 이하 “신축건물”이라 한다)하여 2011.10.20. 사용승 인을 득하고 2011.11.3. 각 1/2 지분으로 소유권보존등기를 하였다.
• 나. 청구인은 신축건물과 관련한 2011년 제1기 및 제2기 부가가 치세 과세표준과 세액 신고시, 신축건물 면적 중 고시원 건축면적(924㎡로 이하 “쟁점면적”이라 한다)에 해당하는 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다가, 2012.4.19. 신축건물이 건물신축판 매업의 재고자산이므로 쟁점면적에 대하여 매입세액을 공제하여야 한다는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 현장확인을 거쳐 쟁점면 적을 실제 주거용으로 사용하고 있어 면세대상인 것으로 보아 2012.5.29. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.24. 이의신청을 거쳐 2012.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구인은 2009년부터 건물 신축판매업은 운영하고 있으며 건물을 신축 판매한 내역은 아래 <표>와 같다. <청구인의 건물신축판매업 사업내역> 청구인은 고시원용 건물을 신축하여 판매하기 위하여 독산동 토지를 취득 하였는데 독산동 토지의 소재지는 토지거래계약허가 지역이어서 관 할 금 천구청으로부터 토지취득일로부터 4년간 공장용도 또는 고시원 용 도로 직접 운영하여야 한다는 조건의 허가를 받아 취득하였으므로 고시원 용 건물을 신축하여 토지 취득일로부터 4년간 고시원을 운영할 수 밖에 없었다. 하지만 청구인이 2009년부터 현재까지 부동산을 취 득하여 건 물신축판매업으로 사업자등록을 하고, 업무용 건물을 신축하여 판 매 하고 건물신축판매업으로 하여 건물양도에 대한 부가가치세를 신고 납 부하였으며, 독산동 토지를 취득하여 판매 목적으로 고시원용 건물 을 신축하여 매매제한 기간 동안 건물의 용도대로 일시적으로 임대를 하 고 있을 뿐이고, 구로동 소재 건물을 고시원 용도로 신축하여 매매 할 목적으로 현재 보유하고 있는 동안 일시적으로 건물의 용도대로 임대 를 놓고 있는 중이며, 구로동 소재 신축건물의 연접토지 2필지를 매입하 여 고시원용 건물을 신축하여 판매하기 위하여 부동산 중개사무소를 통하여 연접토지 소유자들과 협의 중에 있다. 위와 같이 청구인은 건물신축판매업을 주업으로 하여 계속적·반복적 으로 건물을 신축하여 매도하는 사업자이므로 쟁점면적의 임대는 일 시 적인 임대에 해당되며, 일시적인 임대기간 동안 독산동 토지 및 쟁 점 면 적은 건물신축판매업자의 재고자산에 해당되고, 독산동 토지 및 쟁 점면적을 매매할 때 건물에 대하여 부가가치세가 과세되므로 쟁점면적 신축에 따른 부가가치세 매입세액은 전액 공제되어야 마땅하다. 또한, 고시원은주택법에 의하여 건설하는 주택이 아님에도 불구하고, 실질과세의 규정에 의하여부가가치세법제12조 제1항 제12 호의 규 정을 적용하여 숙식을 하는 고시원 임대를 주택의 용도로 임 대하는 용역으로 보아 부가가치세를 면세하고 있지만, 고시원용 건물의 건설용역은주택법에 의한 국민주택의 건설용역이 아니므로 부가 가치 세가 과세되는 건설용역이며, 주택의 건설에 있어서도 국민주택 규 모 를 초과하는 건설용역은 부가가치세 과세대상이고, 국민주택 규모 를 초 과하는 주택을 지어 판매하는 경우의 건물에 대하여도 재화의 공급으로 부가가치세 과세대상이 되는 바, 이 건 고시원용 쟁점면적의 경우 주 거개념의 숙식을 할 수 있는 고시원을 임대하든, 숙식을 하지 않고 고시원 고유 목적대로 임대하든 독산동 토지와 쟁점면적을 양도하는 경 우 건물에 대한 부가가치세 대상이다. 그리고 청구인의 주업을 건 물 신축판매업으로 보지 않는다고 하더라도 고시원을 임차하는 자 가 숙 식을 하면서 이용할 수도 있고, 공부하는 공간으로 사용하면서 숙박만 하 거나, 숙박은 하지 않고 공부만하는 장소로 사용할 수도 있 는 것이므로 쟁점면적을 면세전용 건물로만 볼 수는 없는 것이다. 따라서 쟁점면적의 신축관련 부가가치세 매입세액은 전액 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 4년간 토지거래 허가 목적으로 이용(고시원 운영, 사실상 주거용 건물 임대)후 매매 예정이어서 일시적 임대로 보기 어려우며, 청구인의 주장대로 건물신축판매업에 해당한다고 하여도, 부가가가 치 세 과세 대상 여부는 공부상의 용도가 아니라 건축물의 실제 용도 를 기준으로 판단한다는 대법원 판례 등에 따라, 청구인의 사업목적이 건물신축판매업 혹은 고시원 운영업일지라도 고시원을 실제 주거용으 로 사용하고 있어 실제 용도는 주택에 해당하여 면세 관련 매입세액에 해당하므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 건축하여 운영하는 고시원에 대하여 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자 가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

제12조【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대 하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 부가가치세법 시행령 제1조 【재화의 범위】

① 부가가치세 법(이하 "법"이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ기계ㆍ건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다. 제2조【용역의 범위】

① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다.

6. 부동산업 및 임대업. 다만, 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전임대업을 제외한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 건설업과 부동산업 중 기획재정부령이 정하는 사업은 재화를 공급하는 사업으로 본다. (4) 부가가치세법 시행규칙 제2조 【사업의 범위】

② 영 제2조제2항에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 부동산의 매매(주거용 또는 비거주용 및 기타 건축물을 자영건설하여 분양ㆍ판매하는 경우 를 포함한다) 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거 나, 사업상의 목적으로 1과세기간중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 사업을 말한다.

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인이 독산동 토지 지번에서 사업자등록한 내역을 보면, 스 카이 고시원이라는 상호로 2011.1.26. 개업하였고, 주업태 및 주종목 을 부동산업/건물신축판매(토지보유 5년 미만)로, 부업태 및 부종목을 건 설업, 부동산업, 서비스업/주택신축판매(토지보유 5년 미만), 점포(자기땅), 고시원으로 등록한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 청구인의 경정청구에 대하여 현장 확인한 내용은 아 래와 같다. (가) 신축건물은 2011.1.26. 건축허가를 받아 2011.10.20. 사용승인 되었으며, 공사비 중 2011년 제1기～제2기의 공급가액 OOO원 에 대한 매입세액 OOO원을 주거용 임대목적으로 신축한 고시원(사 실상 원룸)에 대한 면세관련 매입세액으로 판단하여 매입세액 불공제하여 신고하였다가 2012.4.19. 주업종을 고시원 운영이 아닌 건물신축판매업으로 주장하며 추가 환급 경정청구를 하였다. (나) 청구인은 고시원 운영을 주업으로 하는 사업자가 아니고, 건물 신축판매업을 주업으로 하는 사업자로 건물이 신축완료되어 매매하려 고 하였으나, 독산동 토지에 대한 토지거래허가 내용은 4년간 근린생활시설(고시원) 및 공장시설로 직접 이용하는 조건으로 이를 위반시 이행강제금 부과대상이 되어 의무이용 기간이 종료될 때까지 일시적으로 고시원 및 근린생활시설을 임대 후, 4년후 매매할 계획이므로 고시원 건물을 건물신축판매업의 재고자산으로 보아 부가가치세 매입세액을 공제하여 환급하여 줄 것을 경정청구하였

• 다. (다) 신축건물은 토지거래 허가구역내에 소재하고 있는 바, 청구인은 2010.6.4. 근린생활시설(고시원) 운영을 목적으로 토지거래허가를 신청 하여 2010.6.10. 고시원 및 공장 직접 이용을 목적으로 토지거래 허 가를 받 았으며, 2011.1.26. 금천구청장으로부터 제2종 근린생활시설 (고시원)로 건축허가를 득하여 2011.10.20. 사용승인 받았으나 실제로 는 원룸형 주택을 신축하여 금천구청장(건축과-5557, 2012.3.30.)으로부터 무단용도변경으로 위반건축물 표기 통보받은 사실이 건축물 관리대장으로 확인된다. (라) 신축건물은 2층부터 7층까지 공부상 제2종근린생활시설(고시 원) 로 되어 있으나, 각 호마다 출입문이 별도로 되어 있는 6～7평 규 모의 원룸형 구조로 건물내부에는 책상, 옷장, 씽크대, 조리시설, 냉 장고, 에어컨, 화장실 등 독립된 주거시설을 갖추고 있는 원룸형 주 택으로 임차인 대부분이 주거용(주민등록전입신고)으로 사용하고 있다.

(3) 청구인이 독산동 토지 취득시 금천구청장에게 제출한 토지거래 계 약허가신청서에 첨부한 토지이용계획서 일부 내용에 의하면, “청구인 은 독산동 토지를 취득하여 근린생활시설(고시원) 운영, 1000㎡ 이내로 건 축하여 7층에 일부를 본인이 이용하고자 토지거래 허가를 득하고자 합니다”라고 기재한 것으로 나타난다.

(4) 2010.6.10. 금천구청장이 발부한 토지거래계약 허가증 및 토지거래계약 허가 통지서의 일부 내용에 의하면, 이용목적은 ‘근린생활시설(고시원) 및 공장직접 이용’이며, 허가대상 토지를 취득한 때에는 토지이용계획서상의 일정 등을 준수하여야 하며, 이용목적대로 이용하지 않을 시에는국토의 계획 및 이용에 관한 법률제124조의2 등의 규정에 의하여 불이익(강제이행금 등) 받게 되며, 취득 후 제출된 이용계획서에 따라 이용 개시일로부터 4년간 직접 이용목적대로 이용하여야 하는 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 청구인은 건물신축판매업을 주업으로 하고 계속적·반 복적으로 건물을 신축하여 매도하는 사업자로서 쟁점면적의 임대는 일시적인 임대에 해당되고, 일시적인 임대기간 동안 건물신축판매업 자의 재고자산에 해당되어 건물 신축에 따른 부가가치세 매입세액 전액이 공제되어야 한다고 주장하나, 국세기본법제14조 제2항이 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”고 하 여 실질과세의 원칙을 규정하고 있 음에 비추어 볼 때, 어떠한 건축물 의 용도가 부가가치세 면제대상인 국민주택에 해당하는지 여부는 건축허가에서 정한 용도나 공부상의 용도를 기준으로 할 것이 아니라 당해 건축물의 실제 용도를 기준으로 판단하여야 할 것인 바(대법원2010두9037, 2010.9.9. 참조), 청구인이 2010.6.4. 금천구청장에게 제출한 토지거래 허가신청서 및 토지이용계획서, 2010.6.10. 금천구청장이 발부한 토지거래계약 허가증 및 토지거래 계약 허가 통지서에 의하면, 청구인은 독산동 토지를 취득하여 근린생 활 시 설인 고시원을 개시일로부터 4년간 직접 이용목적대로 이용하여야 함 을 명시하고 있고, 청구인 또한 이에 따라 고시원운영업 및 임대업을 업종으로 사업자등록 신청하여 고시원을 운영하고 있고 그 기간이 4년 인 것으로 보아 건축신축판매업 재고자산의 일시적 임대로 보기는 어렵고, 제2종 근린생활시설(고시원)로 건축허가를 득하였으나 실제로는 원룸 형 주택으로 무단 용 도변경하여 주택으로 사용되는 쟁점면적은 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급에 해당되는 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점면적 부분에 대하여 매입세액을 공제하 여야 한다는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.