신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함

1. OOO세무서장이 2012.6.13. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO동 789-14 소재의 다세대주택 101호, 102호, 201호, 202호, 301호, 302호 및 401호의조세특례제한법제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 감면대상소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO동 789-14 소재의 단독주택(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)을 1982.5.3. 취득하여 보유하다가 재건축사업을 통해 2002.5.28. 이를 멸실하고, 같은 곳에 다세대주택(101호, 102호, 201호, 202호, 301호, 302호 및 401호 7채이며, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2002.12.31.(사용승인일) 취득한 후 2008.7.18.～2008.7.31. 양도하면서조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3을 적용, 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 양도소득금액을 감면대상소득금액으로 하여 양도소득세를 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 OOO지방국세청장의 특정감사지시에 따라 조특법 제99조의3의 감면규정을 적용함에 있어 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 2012.6.13. 청구인에게 당초 감면소득금액에서 이를 차감하여 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.17. 이의신청을 거쳐 2012.12.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3 제1항에서 감면대상 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정되어 있다. 조특법 제99조의3 제3항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제6항에 따라 감면시 제출하게 되어 있는 다음 <표1>의 세액감면신청서(별지 제37호 서식)를 보면, ⑦란 양도소득금액은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액을 기재한다고 되어 있고, ⑪란 5년 이내 발생한 양도소득금액은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 ⑦란 양도소득금액을 기재하며, 5년이 경과된 후에 양도한 경우에는 다음 <표2>의 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)에 의하여 계산한 금액을 기재한다고 규정되어 있는바, 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에는 양도소득금액 100%를 감면하도록 하고, 5년 이후에 양도하는 경우에는 전체 양도소득금액에 분모에는 양도당시 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을, 분자에는 신축주택의 취득일 이후 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 차감한 금액으로 하여 계산한 금액을 곱해 산출된 금액을 감면대상소득금액으로 하도록 되어 있다. <표1> 세액감면신청서(별지 제37호 서식) 감면액 계산 내역 감면받고자 하는 세액

⑦ 양도소득금액

⑧ 양도당시의기준시가

⑨ 취득당시의기준시가

⑩ 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

⑪ 5년 이내 발생한 양도소득금액

⑫ 감면비율

⑬ (⑪×⑫)감면대상양도소득금액

⑭ 감면받을 세액 <표2> 감면대상소득금액 계산산식(쟁점산식) 양도소득금액(⑦) × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시의기준시가 양도당시의 기준시가

• 취득당시의 기준시가 위와 같은 규정에도 불구하고 처분청은 법적 근거 없이 쟁점산식의 분모와 분자에 있는 취득당시의 기준시가를 적용하면서 분모에는 쟁점종전주택의 취득당시의 기준시가를, 분자에는 쟁점신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 청구인에게 부당한 처분을 하였다. 그동안 다수의 납세자들이 종전주택 취득일부터 발생한 양도소득금액을 감면대상소득금액으로 하여 신고하였고, 이에 대해 어떠한 경정도 있지 않아 이러한 감면대상소득금액 계산방법을 일반적인 해석으로 받아들였으나, 처분청은 관련 법령을 임의대로 확대해석하고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 관행, 해석을 무시하여국세기본법제18조에 규정된 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 원칙을 위반하였으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하고 있어 신축주택에 대해서만 감면할 뿐 종전주택에 대한 감면은 되지 않는 것으로 명시되어 있고, 같은 법 시행령 제40조에 규정된 감면소득계산 구조를 보면, 종전주택 및 신축주택에 대한 전체 양도소득금액에 대해 양도당시의 기준시가 및 취득당시의 기준시가 등을 산정하여 차감하도록 되어 있어 분모와 분자의 기준시가를 동일한 기준시가로 적용하였을 경우 전체 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액이 되어 종전주택 및 신축주택의 양도소득금액 전부가 감면되므로 관련 법령에 규정하고 있는 신축주택에 대한 감면의 원칙에 반함을 알 수 있다. 따라서, 분모에서 규정하고 있는 취득당시의 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 산정하여 적용하는 것이 타당하고, 관련 예규(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-123, 2011.2.10., 심사-0307, 2012.3.30. 등)에서도 동일하게 해석하고 있으므로, 분모의 취득당시의 기준시가를 청구인이 최초 신고시 산정한 쟁점종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면세액을 계산한 처분은 정당하므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득한 후 5년 후 양도한 경우, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 따른 세액감면대상인지 여부

② 조특법 제99조의3에 따라 신축주택을 취득일부터 5년후 양도하는 경우 감면소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여야 하는지 여부

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점신축주택 및 쟁점종전주택의 등기부등본, 청구인의 양도소득세 신고서 등에 따르면, 청구인은 1982.5.3. 쟁점종전주택을 취득하였다가 2002.5.28. 멸실후 재건축사업을 통해 쟁점신축주택을 2002.12.31.(사용승인일) 취득하였고, 2008.7.18.～2008.7.31. OOO원에 양도하였으며, 감면소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 하여 2008.9.1. 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고납부한 것으로 나타난다.

(2) 조특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에서 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 자기가 건설한 신축주택으로서 그 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정되어 있으며, 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 해당 양도소득금액(감면소득금액)을 계산하도록 규정하고 있다. ｛ 양도소득금액 ×([취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])/([양도당시의 기준시가] - [취득당시의 기준시가]) ｝

(3) 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에는 단독주택을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지라고 기재되어 있다.

(4) 청구인의 쟁점신축주택의 양도소득세 과세표준 신고서, 처분청의 이 건 양도소득세 경정결의서 및 이 건 관련 이의신청결정서 등에 따르면, 청구인은 쟁점신축주택을 양도한 후 양도소득세를 신고하면서 감면소득금액 계산시 쟁점산식의 분자 및 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 모두 ‘쟁점신축주택의 취득당시 기준시가’로 적용한 반면, 처분청은 이 건 양도소득세 경정시 쟁점산식의 분자 및 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 각각 ‘쟁점신축주택의 취득당시 기준시가’ 및 ‘쟁점종전주택의 취득당시 기준시가’로 적용한 것으로 나타난다.

(5) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 처분청이 조특법 제99조의3을 임의대로 확대해석하여 양도소득세 감면세액을 추징한 것은국세기본법상 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 원칙에 위배된 것이라고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 종전 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8. 등)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 세법해석의 기준, 소급과세금지의 원칙 또는 신의성실의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없으므로(조심 2012서4696, 2012.12.28. 외 다수 참조), 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 기간(쟁점종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 기간)을 감면배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(6) 쟁점②와 관련하여 직권으로 심리하기로 한다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 외 다수), 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데 조특법 제99조의3은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조의3에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서3421, 2012.12.31., 조심 2012서4812, 2012.12.31., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임). (나) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 쟁점신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액(감면대상소득금액)을 양도소득금액(양도소득세 과세대상소득금액)에서 직접 차감하여 과세표준을 산정한 후 이에 세율을 곱하는 방법으로 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다