종전주택 및 부수토지 일부를 양도하고 그 대가로 재건축 청산금을 수령한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.10.29. 서울특별시 OOO 51.64㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2004.8.23. 재건축으로 취득한 OOO 전용면적 114.51㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.2.28. 신OOO와 김OOO에게 OOO원에 양도하고 2006.4.28. 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다. 이 후 청구인은 아파트 재건축조합 조합원의 주택이 신축주택취득기간 경과 후 사용승인되더라도 동 기간 내에 재건축조합과 일반분양자간에 계약체결 및 납부가 이루어진 경우 감면주택에 해당된다는 취 지로 2008.7.8. 경정청구를 하여 양도소득세 OOO을 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구인의 경정청구 내용 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 신축주택 감면대상기간에 해당하지 않는 부분까지 포함하여 경정청구된 것을 확인하고, 감면금액을 재산정하여 2012.5.15. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.13. 이의신청을 거쳐 2012.12.10.심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법제100조 제3항 및 같은 법 시행령 제166조 제5항에서는 조합원이 취득한 신축주택 또는 조합원이 취득한 조합입주권을 양도하는 경우 양도차익은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도일 또는 조합입주권의 양도일까지 기간동안에 발생한 양도차익으로 하는 것으로 규정하고 있음에도, 조합원이 신축주택을 양도함으로써 발생하는 소득을 신축주택의 사용승인일부터 신축주택의 양도일까지의 기간동안 발생한 소득으로 재계산한 것은 부당하고,조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정이 신설된 이후 국세청 예규(재산-227, 2009.1.20.)가 생산되기 전까지 10년 이상의 기간동안 계속하여 조합원이 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 100을 감면받아왔고 처분청도 납세자의 그 감면을 수용하여 왔으므로 처분청의 새로운 해석에 따라 청구인에게 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득에 대하여 감면을 배제하여 경정한 처분은국세기본법제18조의 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함된다고 보기 어렵고, 처분청이 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 소득을 감면소득으로 본다’고 명확히 규정한 적은 없으므로 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌거나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부 및 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되는 지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2. 자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 법 규정상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 과세특례대상에 포함되지 아니하며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려워 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다면서, 국세청 기준시가 자료, 종전주택 및 신축주택 등기부등본, 신축주택 부동산매매계약서 사본 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 과세특례대상에 포함되지 아니한 것으로 본 것이 부당하며, 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된 것이라고 주장하면서, 이의신청결정서, 집합건축물대장 등을 제출하였다.

(3) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 종전주택을 1999.10.29. 취득하여 보유하다가 재건축으로 인하여 2004.8.23. 신축주택을 취득한 후, 신축주택 취득일로부터 약 1년 6개월 경과한 2006.2.28. 양도한 사실이 나타난다.

(4) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻임). 또한, 소급 과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위반하였다고 보기 어렵다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.