종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움
종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움
심판청구를 기각한다.
(1) 청구인은 2006.11.29. 양도소득세를 예정신고·납부하였고, 이 건의 과세표준 신고기한은 사실상 양도소득세를 납부 완료한 2006.11.29. 이어서 2011.11.29. 국세부과제척기간이 만료되었으므로 2012.4.25. 과세한 이 건 처분은 국세부과제척기간 및 소멸시효가 도과된 이후의 처분으로 위법·부당하다.
(2) 국세심판원의 결정(국심 OOO, 2007.3.26., 고가주택으로 잘못 판단하여 감면 배제한 것은 부당하므로 청구인에게 고지결정한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 감면하라)은 ‘확정력’과 ‘기판력’이라는 법적 효과를 발생시키므로 종전주택에 대한 양도소득세 감면 배제를 이유로 이 건 양도소득세를 다시 과세한 처분은 조세법률주의에 위배된다. (3)소득세법제97조에 의하여 적법하고 합리적인 계산방법인 매매사례가 방법이 있음에도 불구하고, 법적 근거도 없을뿐더러 복잡하고 오차가 많은 조세특례제한법 시행령제40조 산식을 준용하여 취 득가액을 산정하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
(4) 재건축주택의 청산금에 대한 장기보유특별공제액의 기간을 신축주택 준공일이 아닌 관리처분계획인가일부터 적용하여야 한다. (5)조세특례제한법제99조의3에 의한 5년간 세액감면에서 “신축주택을 취득한 날”을 “사용검사일”로 보는 것은 조세공평주의 원칙에 위배되며, 청구인은 세법에 규정된 의무를 위반한 사실이 없으므로 가산세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 청구인은 이 건의 과세표준 신고기한이 사실상 양도소득세를 납부 완료한 2006.11.29.이어서 이 건 과세처분은 부과제척기간이 도과된 후의 처분이라고 주장하고 있으나,국세기본법제26조의2 제1항 제3호에 국세부과의 제척기간은 ‘해당국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 명시되어 있고, 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 의하면 “중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.”라고 규정되어 있는 바, 이 건의 국세부과제척기간의 기산일은 과세표준 신고기한의 다음날인 2007.6.1.이고, 2012.5.31.까지가 국세부과제척기간에 해당되므로 처분청이 2012.4.25. 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다. (2)소득세법제114조 제3항은 “납세지 관할세무서장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 경정한다.”고 규정되어 있고, 대법원 판례(1998.2.27. 선고 OOO 판결)에 “행정심판법제37조에서 정하고 있는 행정심판청구에 대한 재결이 행정청과 그 밖의 관계 행정청을 기속하는 효력은 당해 처분에 관하여 재결주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에만 미치고 이와 직접 관계가 없는 다른 처분에 대하여는 미치지 아니한다”고 판시하고 있는 바, 당초 2006년 청구인에게 과세한 양도소득세는 고가주택여부가 쟁점으로 2007년 국세심판원의 심리결과 고가주택에 해당하지 않는다고 결정되어 취소했던 사항으로 그 결정은 당연히 불가변력과 기속력이 있으나 불복진행중인 이 건 처분은 당초 신고내용에 오류가 있어 신축주택 취득일전 소득금액에 대해 감면배제하고 고지한 새로운 처분으로서 2007년 국세심판원의 결정을 배척한 처분이 아니다. (3)조세특례제한법제99조의3의 감면대상은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세이고, 신축주택취득일은 사용검사승인일로서 사업계획승인일 이후 양도소득금액을 감면대상으로 한다면 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점 이후부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과를 초래하며, 일반분양자는 신축주택으로 전환되기 전의 구주택을 소유한 적이 없어 형평을 고려하는 것은 타당하지 않으므로, 처분청이 종 전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.
(4) 재건축주택에 대한 실지거래가액에 의한 양도차익 산정방법은 소득세법 시행령제166조가 2007.2.28. 개정되면서 개정일 이후 양도분부터 적용하도록 규정하고 있어 2006년에 양도한 청구인의 경우에는 소득세법 시행령제166조 제5항의 규정을 적용할 수 없고, 이 건 장기보유특별공제는 당초 청구인이 신고한 공제금액 그대로 처분청이 결정하였다.
(5) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 바, 조세특례제한법제99조의3 및 동법 시행령 제99조의3의 규정에 의하면 감면을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 동법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’라고 명시되어 있어 처분청이 이를 근거로 취득가액을 산정하여 양도소득세 및 가산세를 과세한 처분은 정당하다.
① 국세부과제척기간 도과 여부
② 이 건 처분이 당초 국세심판원 결정과 배치되는 처분인지 여부
③ 청구인이 신고당시 계산한 감면대상 양도소득의 적정 여부
④ 장기보유특별공제 적정 여부
⑤ 가산세를 과세한 처분의 당부
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경 우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (4) 국세기본법 시행령 제12조의3【국세 부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
(1) 청구인은 1999.2.27. 매매로 취득한 종전주택이 재건축됨에 따라, 신축주택을 2003.5.10. 준공(사용승인일)하여 보유하다가 2006.6.20. 양도한 후 이에 대한 양도소득세를조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조를 적용하여 2006.8.11. 양도소득세를 100% 감면하여 신고하였다.
(2) 처분청은 신축주택의 양도가액이 OOO원 이상으로 고가주택에 해당되어 신축주택에 대한 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 2006.11.6. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2006.11.14. 심판청구를 제기하였으며, 국세심판원은 2007.3.26. 양도소득세 부과처분을 취소하라는 심판결정을 하였음이 국세심판결정서 등에 의해 확인된다.
(3) 처분청의 신축주택 감면세액 검토서 등에 의하면, 처분청은조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보아 쟁점세액을 당초 감면세액에서 차감하여 이 건 경정고지한 것으로 나타난다. (4) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 이 건 과세처분은 국세부과제척기간이 도과된 후의 처분이어서 부당하다고 주장하나,국세기본법제26조의2 제1항 제3호에 국세부과의 제척기간은 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 의하면 “중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.”라고 규정되어 있는 바, 2006년 귀속 양도소득세인 이 건의 국세부과제척기간 기산일은 과세표준 신고기한의 다음날인 2007.6.1.이고 이로부터 5년간인 2012.5.31.까지가 국세부과제척기간에 해당되므로 2012.4.25. 청구인에게 부과한 이 건 양도소득세가 국세부과제척기간이 도과된 후의 처분이어서 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(5) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 이 건 처분이 2007.3.26. 국세심판원의 결정(국심 OOO)에 배치된다고 주장하나,소득세법제114조 제3항은 “납세지 관할세무서장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 경정한다.”고 규정되어 있고, 대법원(1998.2.27. 선고 OOO 판결)은 “행정심판법제37조에서 정하고 있는 행정심판청구에 대한 재결이 행정청과 그 밖의 관계 행정청을 기속하는 효력은 당해 처분에 관하여 재결주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에만 미치고 이와 직접 관계가 없는 다른 처분에 대하여는 미치지 아니한다”고 판시하고 있는 바, 당초 2006년 청구인에게 과세한 양도소득세는 고가주택여부가 쟁점으로서 이에 대하여 국세심판원이 심리한 결과 고가주택에 해당하지 않는다고 판단하여 고가주택 관련 처분을 취소했던 결정이고, 이 건 처분은 신축주택 취득일전 양도소득세의 신고 내용에 오류가 있어 동 기간에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 고지한 새로운 처분이므로 이 건 처분이 2007.3.26. 국세심판원의 결정(국심 OOO)에 배치된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(6) 쟁점③에 대하여 본다. 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조 산식을 준용하여 취득가액을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득 일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제 한법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정되어 있으므로 조세특례제한법 시행령제40조 산식을 준용하여 취득가액을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(7) 쟁점④에 대하여 본다. 청구인은 재건축주택의 청산금에 대한 장기보유특별공제액의 기간을 신축주택 준공일이 아닌 관리처분계획인가일부터 적용하여야 한다고 주장하나, 재건축주택에 대한 실지거래가액에 의한 양도차익의 산정방법은 소득세법 시행령제166조가 2007.2.28. 개정되면서 개정일 이후 양도분부터 적용하도록 규정하고 있어 2006년에 신축주택을 양도한 청구인의 경우에는 개정된 소득세법 시행령제166조 제5항의 규정을 적용할 수 없으므로 재건축주택의 청산금에 대한 장기보유특별공제액의 기간을 신축주택 준공일이 아닌 관리처분계획인가일부터 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(8) 쟁점⑤에 대하여 본다. 청구인은 이 건 가산세 처분이 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 바,조세특례제한법제99조의3 및 동법 시행령 제99조의3의 규정에 의하면 감면을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 동법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정되어 있어 처분청이 이를 근거로 취득가액을 산정하여 양도소득세 및 가산세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.