종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면배제대상임.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1990.5.31. 서울특별시 강남구 도곡동 56 주공아파트 OOO동 OOOO호 (이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 주택재건축으로 서울특별시 강남구 도곡동 OO-O 도곡동OOOOO아파트 OOO동 OOOO 호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일: 2001.12.1.)하였으며, 2006.3.16. 쟁점신축주택을 14억6,500만원에 양도한 다음 2006.5.31. 양도소득세 예정신고 시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부가 감면소득에 해당하는 것으로 하여 산출세액 전부를 감면세액으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 보아, 감면되는 양도소득금액 및 그 감면세액을 재계산하여 2012.4.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 273,661,674원(납부불성실가산세 95,089,619원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.17. 이의신청을 거쳐 2012.11.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점신축주택의 양도에 따른 관련 세금을 세무사를 통하여 자진 신고하고 납부하였고, 처분청으로부터 수정요구에 대하여 추가로 납부까지 완료하였으며, 처분청에서 이에 대해 충분히 논의하여 감면이 완료된 사안에 대하여, 7년이 지난 현 시점에서 신고내용에 오류가 있다 하여 가산세를 포함하여 이 건 과세처분함은 부당하고, 당초 조특법 제99조의 3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 입법 취지에 반하는 것으로 처분청의 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축․재개발 포함)의 경우, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 종전주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/ (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득 당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 주택재건축사업 또는 주택개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당하다. 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고‧납부의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고(대법원 2005두3714, 2006.10.26.), 세법상의 신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로 청구인이 납부하지 아니한 세액에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득한 후 이를 양도한 경우에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보아 이를 감면배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취 득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 (3) 소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정 등)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 2006.5.1. 청구인은 양도소득세 과세표준 예정신고시에 쟁점신축주택을 소득세법상 비과세되는 1세대 1주택의 고가주택 및 조특법상 신축주택감면에 해당한다 하여 양도소득금액(455,845,041원)에 대한 2006년 귀속 양도소득세(양도소득세 0원, 농어촌특별세 30,300,840원 납부)를 예정신고하였으나, 처분청은 2006.8.1. 청구인이 쟁점신축주택 양도 당시 다주택자라 하여 상기 예정신고에 대하여 소득세법상 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하고 조특법상 신축주택감면만을 적용해서 양도소득금액 전액을 양도소득세 감면소득금액으로 보아 경정하면서 추가로 농어촌특별세 22,761,671원을 추가 경정․고지하였으며, 청구인은 2007.12.31. 쟁점신축주택의 양도소득금액의 과소신고부분에 대하여 수정신고하면서 추가로 농어촌특별세 12,658,230원을 납부하였고, 2012.4.7. 처분청에서 이 건 과세처분한 것으로 나타난다.

(2) 살피건대, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 그 제1항에서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 쟁점신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 쟁점종전주택 취득시부터 쟁점신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다고 할 것(조심2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻임)이어서 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정 상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것으로, 이 건 과세와 관련하여 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.