신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감한다

OOO세무서장이 2012.5.9. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과 처분은, 청구인이 OOO 120동 1005호를 취득(사용승인)한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1994.1.11. OOO 000-000소재 토지 및 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 주택개량재개발사업을 통해 1999.4.23. OOO 120동 1005호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인)한 후 2006.6.9. 타인에게 신축주택을 양도하고, 양도소득금액을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원 중 OOO원이조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조 제1항에 따라 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여는 위 규정에 따른 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1994.1.11.)부터 신축주택 취득일 전일(1999.4.22.) 까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면 적용을 배제하여 2012.5.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.7. 이의신청을 거쳐 2012.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 감면대상 양도소득의 범위 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도할 때 감면되는 양도소득금액에 포함시켜야 한다.

(2) 신의성실원칙 및 소급과세원칙 위배 이 건 과세처분은 국세청 종전 예규(재산-227, 2009.1.20.)에 반하여 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위배한 과세처분이다.

(3) 감면세액 산정방식 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결의 취지에 따라 신축주택의 취득일로부터 5년 경과 후 양도시 과세대상 소득금액에서 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 직접 차감하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 감면대상 양도소득의 범위 조세특례제한법제99조는 주택건설시장 활성화를 위하여 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대하여 양도소득세를 감면하여 주는 규정이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하다.

(2) 신의성실원칙 및 소급과세원칙 위배 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않으므로 신의성실원칙이나 소급과세금지원칙에 위배되지 않는다.

(3) 감면세액 산정방식 이 건 감면세액은 “산출세액 × {(감면대상 양도소득금액 - 양도소득기본공제)/양도소득 과세표준}” 산식을 활용하여 산출세액 중 감면되는 양도소득금액의 비율만큼을 감면세액으로 산정하였다.

• 가. 쟁 점

① 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 양도소득세 감면 적용대상인지 여부

② 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 과세하는 것이 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부

③ 신축주택의 취득일로부터 5년 경과 후 양도시 감면세액 산정 방식

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 청구인 제출의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서, 처분청 제출의 양도소득세 결정결의서 및 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서, 등기부등본, 매매계약서, 임시사용승인서, 기준시가 조회자료 등에 따르면, 청구인은 1994.1.11. 종전주택을 취득하여 보유하다가 이를 멸실한 후 주택개량재개발사업을 통해 1999.4.23. 신축주택을 취득(사용승인)하여 2006.6.9. 타인에게 신축주택을 양도하였고, 종전주택과 신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표1>과 같으며, 청구인 신고 및 처분청 경정 결정시 신축주택의 양도소득금액, 양도소득세 과세표준, 그 산출세액 등은 아래 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOO OO (OO: O) O OOOOOOOO: OOOO OOOO OOOOO OOOOOOOO OOO OOOO OO OOOOO OOOOO OOO OOOOOO, OOOO OOOO OOOOO OOOO OOOOO OOO OO OOO OO OOOOO OO OO O OOOO OO OOOOO OOOOO OOO OO (나) 청구인의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서 등에 따르면 청구인은 이 건 양도소득세 신고시 <표3>과 같이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 소득도 감면소득으로 포함하여 계산하여 감면되는 양도소득금액을 OOO원으로 산정하고, 그 산출세액 OOO원 중 감면세액을 OOO원으로 산정하였다. OOOOOOOOOO OOOO OOO OOOOOO O OOOO (다) 처분청의 양도소득세 결정결의서, 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서 등에 따르면, 처분청은 이 건 양도소득세 경정시 <표4>와 같이 계산하여 신축주택 양도로 인한 양도소득 OOO원 중 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 소득에 대하여만 감면대상으로 인정하고, 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 소득은 감면대상에서 배제하여 감면대상 양도소득금액을 OOO원으로 산정하고, 그 산출세액 OOO원 중 적정 감면세액을 OOO원으로 산정하였다. OOOOOOOOOO OOOO OOO OOOOOO O OOOO

(2) 먼저, 쟁점①에 관하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며,조세특례제한법제99조의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조 제1항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 해당 양도소득금액(감면소득금액)을 계산하도록 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (나) 조세특례제한법제99조에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정은 “신축주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따르면 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 동 신축주택을 양도하는 경우의 양도소득금액 산정시 분자와 분모 모두에 “취득당시의 기준시가”를 공제하도록 규정하고 있으나, 이는 같은 법 제99조 및 같은 법 시행령 제99조의 입법취지를 감안하여, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하다고 판단된다(서울행정법원 2011구단27363(2012.3.9.), 조심 2012중964(2012.4.17.)외 다수 같은 뜻).

(3) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살펴본다. 청구인은 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액 전액을 감면대상으로 인정하여 오다가 새로운 해석(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의하여 과세하는 것은 국세기본법제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 규정에 위반다고 주장하나, 국세기본법제18조의 소급과세금지의 원칙상 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 경우를 의미하는 것으로, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결참조)인데, 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점으로 보아 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다.

(3) 마지막으로, 쟁점③에 관하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제99조제1항 은 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다. (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법제99조 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻). (다) 이 건 양도소득세 과세처분에서 처분청은 감면세액을 산정하면서 “산출세액×(감면대상 양도소득금액-기본공제)/과세표준”의 산식을 사용하여 감면세액을 산정하였으나, 이 건 양도소득세 과세처분은 양도소득세 과세대상 소득금액에서 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.