고유목적사업준비금을 준비금 적립 없이 경정청구로 손금산입 할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008.3.1.～2009.2.28.사업연도 법인세 신고시 누락한 OO도 OOO 등 토지 수용보상금 OOO원에 대하여 2011.4.29. 수정신고를 하면서 법인세 OOO원을 납부하였다가, 2011.5.31. 동 사업연도에 대한 고유목적사업준비금 OOO원(이하 “쟁점준비금”이라 한다)을 추가 손금산입하여 위 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2011.6.30. 위 법인세를 환급하였다.
• 나. 국세청장은 각 사업연도 소득금액 계산에 있어 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소계상한 경우에는 그 이후 경정청구 등에 의하여 손금산입할 수 없다 하여 처분청이 환급결정한 법인세를 추징하도록 감사관실을 통하여 처분지시하였고, 처분청은 동 감사처분 지시에 따라 2012.9.6. 청구법인에게 2008.3.1.～2009.2.28.사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지 하였다가 이 중 OOO원을 2012.12.17. 처분청이 직권으로 감액경정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은사립학교법및주식회사의 외부감사에 관한 법률제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인으로법인세법제61조 제1항에 의하면 청구법인과 같이 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우에는 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 규정하고 있는 바, 관련 규정 문언상 고유목적사업준비금을 소급하여 설정한 경우 이를 손금에서 제외한다는 근거가 없으므로 쟁점준비금을 손금에서 제외하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 주식회사의 외부감사에 관한 법률제3조에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서법인세법제61조 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 세무조정계산서 등에 손금으로 계상하지 아니한 경우에는 당해 사업연도의 손금으로 인정할 수 없고 그 이후 경정 등의 청구에 의하여 손금에 산입할 수도 없으므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점 비영리내국법인이 당초 법인세 신고시 계상하지 아니한 고유목적사업준비금을 경정청구를 통하여 손금산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제29조 【 고유목적사업준비금의 손금산입 】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익

2. 소득세법 제17조 제1항 제1호·제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) (2) 법인세법 제61조 【준비금의 손금 계상 특례】

① 내국법인이조세특례제한법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나주식회사의 외부감사에 관한 법률제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (3) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지법인세법제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1.사립학교법에 따른 학교법인, 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단 및평생교육법에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는민법제32조에 따른 비영리법인

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 법인세 경정결의서 등 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) (주)OOO는 2008.12.24. 청구법인 소유의 OO도 OOO등 7필지 토지를 수용하고 토지보상금을 공탁하였고, 청구법인은 2010.7.30. 동 토지보상금을 수령하였다. (나) 청구법인은 2008.3.1.～2009.2.28.사업연도 법인세 신고시 토지 수용에 따른 토지처분이익 OOO원에 대하여 신고누락하였다가, 2011.4.29. 동 처분이익을 2008.3.1.～2009.2.28.사업연도분 귀속으로 하여 법인세 OOO원을 수정신고․납부하였다. (다) 청구법인은 2011.5.31. 고유목적사업준비금 OOO원(쟁점준비금)을 추가로 손금산입하여 수정신고․납부한 위 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2011.6.30. 동 경정청구를 받아들여 환급결정하였다가 국세청 감사지적에 따라 쟁점준비금을 손금에서 제외하여 2012.9.6. 청구법인에게 이 건 법인세를 경정․고지하였다.

(2) 살피건대, 법인세법제29조에 의하면 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있는 한편, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 과세당국은 그 잔액에 대하여 법인세를 추징할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 같은법 제61조 제1항에서 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 이를 당해 사업연도의 손금에 계상한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 당초 법인세 신고시 세무조정계산서 등에 쟁점준비금을 계상하지 아니한 이상 사후 경정청구 등을 통하여 소급하여 손금으로 인정하기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점준비금을 손금산입 대상에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.