신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도하는 경우의 감면소득은 소득금액 차감 방식으로 산정해야 한다

OOO세무서장이 2012.7.6. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 청구인이 OOOOO OO OOO OOO OO OOO OOOO OOOOO를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정 하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.2.28. OOO에 소재하는 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 이를 재건축 하여 1999.12.22. OOO (이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.
• 나. 청구인은 2007.3.6. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 양도 소득금액을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원 중 OOO원이조세특례제한법(2006.12.30 법률 제8146호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조 제1항에 의하여 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 다. 그 후 처분청은 양도소득세 감면 소득은 쟁점주택을 취득한 후 5년 내 발생한 양도차익이므로 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식의 분모에서 취득당시의 기준시가는 쟁점주택의 취득(신축)당시 기준시가가 아니라 종전주택의 취득당시 기준시가라고 보아 양도소득세를 재산정하여 산출한 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세 포함)을 2012.7.6. 청구인에게 경정 고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.24. 이의신청을 거쳐 2012.12.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2007.3.6. 양도한 쟁점주택에 대하여 과세관청의 기존예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 양도소득세를 적법하게 신고 납부하였음에도 처분청이 쟁점주택에 변경된 예규를 적용하여 양도소득세를 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다.

(2) 설령 처분청의 주장과 같이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가로 보아야 한다고 하더라도조세특례제한법제99조 제1항 에서 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도 소득세 과세대상금액에서 차감하도록 규정하고 있으므로,소득세법 제90조의 규정에 따라 감면세액을 안분할 것이 아니라 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득금액에서 감면대상 금액을 차감하여 과세표준을 산정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조는 신축한 쟁점주택을 취득 후 양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해주는 조항 일뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상 으로 하는 것은 아니므로 처분청이 청구인에 대하여 양도소득세를 경정 고지한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 (1) 조세특례제한법 및 국세청 예규에 따라 산출한 양도소득세를 성실히 납부하였음에도 과세관청이 예규를 변경하여 양도소득세를 추징 하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

(2) 쟁점주택의 양도소득세 계산 시조세특례제한법제99조의 규정에 따라 계산한 감면대상 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 직접 차감 하여 과세표준과 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 종전주택과 쟁점주택의 기준시가 내역은 아래와 같다. (OO: O) (나) 쟁점주택의 양도소득금액은 OOO원이고, 양도소득세 과세표준은 OOO원이며, 그 산출세액은 OOO원이라는 점은 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (다) 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 쟁점주택의 신축 당시 기준시가인 OOO,OOO,OOO원으로 보고 양도소득 중 감면소득의 비율을 92.24%로 보아 양도소득세 감면 소득을 OOO원으로 산출한 후,소득세법제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 산출하였다. (라) 반면 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 쟁점주택의 신축 당시의 기준시가인 OOO,OOO,OOO원 이 아니라 종전주택의 취득 당시의 기준시가인 OO,OOO,OOO 원 으로 보고 양도소득금액 중 감면소득의 비율을 56.44%로 보아 양도소득세 감면 소득을 OO,OOO,OOO원 으로 산출한 후,소득세법 제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 OO,OOO,OOO원으로 산출 하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가)국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 청구인은조세특례제한법제99조의3과 과세관청의 예규에 따라 양도소득세 납세의무를 이행하였음에도 처분청이 예규를 변경하여 양도 소득세를 추징하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 과세관청의 종전 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)에서 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않은 점, 종전 예규만으로 과세관청이 청구인에게 신뢰 대상이 될 만한 공적인 견해 표명을 하였다고 보기도 어렵고 청구인이 과세관청의 세법해석을 신뢰하고 양도소득세를 신고하였다는 사실만 으로 청구인에게 양도소득세 과소 납부의 귀책이 없다고 볼 수 없는 점, 조세특례제한법제99조의3의 입법 취지가 신규주택의 수요를 촉진 하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후 양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는 조항 일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면 대상으로 하는 것은 아닌 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이국세기 본법제18조 제3항을 위배하여 양도소득세를 소급 과세하였다고 보기는 어렵다고 할 것인바, 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가)조세특례제한법제99조 제1항 본문 및 제1호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도 함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당 하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과 한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정 하고 있으므로 청구인이 1999.12.22. 취득하여 5년이 경과한 2007.3.6.양도한 쟁점주택의 경우에는 위 조항의 후단을 적용하여 양도소득세 과세표준과 세액을 산출하여야 할 것이다. (나) 한편, 2010.5.14. 법률 제10285호로 신설된 조세특례제한법 제98조의5 는 2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양 주택으 로서 2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득 하는 주택에 대하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 후단이 적용되는 경우 양도소득세 계산시 양도소득금액에서 감면율에 따라 계산한 감면소득금액을 직접 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 취지의 보도자료를 배포(2010.4.22.)하였다. (다) 처분청은소득세법제90조에서 양도소득금액에 소득세법 또는소득세법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 따른 산출세액에 당해 감면소득금액에서 양도 소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 처분청의 양도소득세 계산 방법은 정당하다는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하 도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법제99조 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하 여야 할 것이다 (대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻). (라) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면 대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.