수기작성된 세금계산서를 부인하고, 전자세금계산서를 공급시기 이후에 발급받았다 하여 매입세액을 불공제한 것은 부당함

OOO세무서장이 2012.9.19. 청구인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2011.6.15. 화물운송 주선업 등을 하는 OOO주식회사로부터 화물자동차(0.0톤 000트럭으로서 이하 “쟁점차량”이라 한다)를 취득하고 그 매입가액 OOO원에 해당하는 세금계산서 1매(수기분으로서 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 2011년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점차량과 관련된 매입세액을 매출세액에서 차감하여 처분청에 신고하였다.
• 나. 그 후 처분청은 OOO주식회사가 쟁점차량을 청구인에게 공급하면서 발행한 전자세금계산서가 쟁점차량의 공급일이 속하는 과세기간이 경과한 2011.7.23.에 발급된 사실을 확인하고 청구인이 신고한 세금계산서상의 매입세액을 2011년 제1기 매출세액에서 불공제한 후, 산출한 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 2012.9.19. 청구인에게 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점차량을 2011.6.15. OOO주식회사로부터 공급받고 과세기간 내에 쟁점세금계산서를 정상적으로 수취하고, 2011년 제1기 부가가치세 신고 당시 매입처별 세금계산서 합계표에 전자세금계산서 외의 발급분으로 하여 신고를 하였으나, OOO주식회사가 전자세금계산서를 발급하여야 한다고 하여 과세기간이 경과한 2011.7.23. 다시 쟁점세금계산서를 발급받은 것인바, 처분청이 쟁점차량 구입 시기와 전자세금계산서 발급시기의 과세기간이 불일치한다고 하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점차량의 경우 공급시기는 2011.6.15. 임에도 전자세금계산서는 2011.7.23. 발급 및 전송된 사실이 2011년 제1기 전자세금계산서 발급 내역서에서 확인되고 있고, 쟁점차량의 공급자인 OOO주식회사도 쟁점차량의 공급에 대하여 전자세금계산서 지연발급 가산세를 납부하였으며, OOO주식회사는 청구인을 제외한 대부분의 지입차량 사업자에게는 공급일이 속하는 과세기간에 정상적인 전자세금계산서를 발행한 것으로 확인되는바, 처분청이 쟁점차량과 관련된 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 수기작성된 쟁점세금계산서를 부인하고, 전자세금계산서의 발급시기와 쟁점차량의 공급시기의 과세기간이 다른 것으로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분이 적법한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 2011.6.10. 영업용 화물자동차 운수업(지입)을 목적사업으로 하는 OOO을 설립하고 2011.6.13. OOO주식회사와 청구인이 취득할 예정인 쟁점차량에 대하여 아래와 같이 위․수탁 관리계약서를 체결하였다. 청구인은 2011.6.14. 업태를 운수업으로 하고, 종목을 용달 및 개별 화물자동차 운수업으로 하여 사업자등록OOO을 한 후, 다음날인 2011.6.15. OOO주식회사로부터 쟁점차량을 OOO원(공급가액)에 취득하고 쟁점세금계산서 1매를 교부받았다. 한편 청구인은 쟁점세금계산서를 전자세금계산서 외의 발급분으로 하여매입처별 세금계산서 합계표(갑)를 작성하고, 그 매입세액 O,OOO,OOO원을 매출세액에서 공제하여 2011년 제1기 부가가치세를 신고하였다. (나) 처분청은 전자세금계산서 의무발급 대상자인 OOO주식회사는 쟁점차량의 공급에 대한 전자세금계산서를 2011.7.23.에 발급하였음에도 청구인이 쟁점세금계산서에 근거하여 2011년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점차량에 대한 매입세액 환급을 신청하였으므로 쟁점세금계산서는 공급시기 경과 후 발급받은 세금계산서로 보아 그 매입세액을 매출세액에서 불공제한 후 부가가치세를 산출하여 청구인에게 과세하였고, OOOO주식회사에 대하여도 쟁점차량 공급가액의 1%에 해당하는 부가가치세 불성실가산세를 과세하였다. (다) OOO주식회사가 2013.3.4. 우리 원에 제출한확인서에는 청구인이 쟁점차량 출고 당시 사업자등록이 되어 있지 않아서 쟁점세금계산서를 우선 발급 한 후, 과세기간이 경과한 후 전자세금계산서를 소급하여 발행한 것으로서 여기에 고의나 매출 누락의 의도는 없었다고 기재되어 있다.

(2) 쟁점에 대하여 살펴본다. (가)부가가치세법(2010.12.27. 법률 제10409호로 개정된 것, 이하 같다) 제9조 제1항 제1호에서 재화의 공급시기는 재화가 인도되는 때라고 규정하고 있고, 제16조 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 경우에는 그 공급시기에 세금계산서를 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 법인사업자는 제1항에도 불구하고 전자세금계산서를 발급하여야 한다고 규정하고 있다. 한편부가가치세법제17조 제1항에서 부가가치세 납부세액을 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제2호에서 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항이 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되 그 단서에서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령제60조 제2항 본문 및 제5호에서 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우의 매입세액은 공제대상이 되는 매입세액에 해당된다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구인이 쟁점차량과 관련한 전자세금계산서를 2011.7.23. 발급받았음에도 전자세금계산서 외의 세금계산서인 쟁점세금계산서를 근거로 2011년 제1기에 쟁점차량을 공급받은 것으로 하여 부가가치세 신고를 하였으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다는 의견이나, 청구인은 OOO주식회사로부터 쟁점차량을 2011.6.15. 매입한 후 같은 날 쟁점세금계산서를 수취하고 당해 과세기간의 부가가치세를 신고하면서 전자세금계산서 외 발급분으로 신고하였으므로 쟁점차량의 공급시기와 세금계산서의 발급시기가 다르다고 볼 수 없는 점, 공급자인 OOO주식회사는 전자세금계산서 의무 발급 대상자이나 청구인은 OOO주식회사로부터 쟁점세금계산서를 발급받아 신고한 이상 청구인에게 그 귀책이 있다고 보기 어려운 점, 부가가치세법 시행령제60조 제2항 본문 및 제5호에서 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우의 매입세액은 공제대상이 되는 매입세액에 해당된다고 규정하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점차량을 2011.6.15. OOO주식회사로부터 매입한 후 쟁점세금계산서를 발급받아 그 공급시기를 2011년 제1기로 하여 부가가치세를 신고한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.