「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 계산식이 적정함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.7.6. OOO의 대지 및 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 종전주택을 멸실하고, 2001.11.13. 동 장소에 다세대주택(이하 “신축주택”이라 한다)을 신축하여 주택임대사업을 영위하다가 2010.10.27. 신축주택 중 501호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도한 후, 2010.12.31.조세특례제한법제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 해당 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은조세특례제한법제99조의3에 의한 감면대상소득이 아닌 것으로 보아 2012.8.24. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.24. 이의신청을 거쳐 2012.12.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청이 감면소득계산시 적용한 계산식은 “전체기간동안의 양도소득금액×(신축주택준공후 5년째 기준시가-준공일기준시가)/(양도시기준시가-종전주택취득시기준시가)”으로서 금액산출의 기준을 달리하는 여러 형태의 기준시가가 혼재되어 안분계산(양도시 기준시가와 신축주택준공후 5년째 기준시가는 개별주택가격이고 종전주택취득시 기준시가는 과세시가표준액으로 계산하여 분모는 상대적으로 높게 산정된 개별주택공시가격에서 낮게 산정된 과세시가표준액을 차감하여 더 많은 양도차익을 적용함으로써 결과적으로 감면소득을 축소함)을 왜곡하고 있는바, 관련 산식의 산출요소를 모두 과세시가표준액으로 적용하는 것이 합당할 것이다.

(2) 재개발재건축아파트는 관리처분계획인가에 의거 종전주택의 평가와 청산 등의 절차가 진행되고 종전주택도 국세청이 고시한 아파트기준시가가 매년 고시되어 존재하므로 관련 산식에 의거 합리적인 계산이 가능하지만, 일반 단독주택의 경우 개별주택공시가격이 2005년 이후부터 고시되었기 때문에 동일한 기준에 의거 감면소득계산이 불가능함하며, 상가건물이나 상가주택을 매입하여 멸실 후 다세대주택을 신축양도하여 감면소득을 계산할 경우 종전주택취득후 신축주택취득전일까지 기간동안의 감면소득을 처분청의 방법으로 계산하여야 하는지, 건물은 멸실되었으므로 신축이후만 계산하여야 하는지 알 수 없다.

(3) 처분청은 종전주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지의 양도소득에 존재하지도 않는 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득전일까지의 양도소득을 그것도 기준을 달리하는 계산요소를 산식에 대입하여 감면소득을 축소하고 있으므로 부당하다.

• 나. 처분청 의견 감면소득금액 계산시 양도시 기준시가와 신축주택 준공 후 5년째 기준시가는 개별주택공시가격이고, 준공일 기준시가는 최초개별주택공시가격을 기준으로 환산한 가액이며, 종전주택 취득시 기준시가는 개별 건물에 대한 건물 기준시가의 당해 건물의 구조․용도․위치․신축연도 등을 기준으로 한 건물기준시가 산정방법에 의하여 계산가액을 적용하여 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 규정을 준용하여 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 과다감면 양도소득금액에 대하여 양도소득세를 추가경정하였으므로,조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례에 의거 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 과다감면 양도소득금액에 대해 양도소득세 과세한 처분청 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 계산식이 적정한지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택 매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택 취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 양도소득금액 이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 ] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 시행령 제166조 [양도차익의 산정 등] ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[ 관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.7.6. 종전주택을 취득하였고, 2001.11.13. 신축주택을 완공하여 사용승인받았으며, 신축주택을 2010.10.27. 양도한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 나타난다.

(2) 청구인과 처분청 간에 종전주택과 신축주택의 취득시기와 양도시기에는 다툼이 없고, 각 기준시가(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가: OOO원, 신축주택 취득당시의 기준시가: OOO원, 양도당시의 기준시가: OOO원, 종전주택 취득당시 기준시가: OOO원)에 대하여도 다툼이 없으나, 감면소득 계산식에 대하여는 아래 <표>와 같이 상이하게 주장하고 있다. <표> 청구인의 신고시, 처분청 경정시 및 심판청구시 계산식 <청구인 신고시> 양도소득금액 × OOO 신축주택취득후 5년 기준시가OOO- 신축주택 취득당시 기준시가OOO = 감면소득금액 OOO 양도당시 기준시가OOO - 신축주택 취득당시 기준시가OOO <처분청 경정시> 양도소득금액 × OOO 신축주택취득후 5년 기준시가OOO- 신축주택 취득당시 기준시가OOO = 감면소득금액 OOO 양도당시 기준시가OOO

• 종전주택 취득당시 기준시가OOO <심판청구시> 양도소득금액 × OOO 신축주택취득후 5년 과세시가표준액OOO-신축주택 취득당시 과세시가표준액가OOO = 감면소득금액 OOO 양도당시 과세시가표준액OOO -종전주택 취득당시 과세시가표준액OOO

(3) 청구인은 처분청이 관련법령에 의하여 적용한 산식이 각 기간별 양도차익 산출요소로 적용된 기준시가가 동일한 기준으로 산출된 금액이 아니어서 감면소득금액 산정이 현저히 왜곡되었고 비록 세법에서 정한 방법이기는 하나 여러가지 형태의 기준시가가 혼재되어 있어 안분계산을 왜곡시키고 있는바, 취득가액을 산정하는 계산요소 중 동질성을 유지할 수 있는 것은 과세시가표준액에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 합리적이라는 주장이다.

(4) 살피건대, 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면 요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 세액 계산이 복잡하다 하여 관련법령에 규정하고 있지 아니한 방법에 의하여 양도차익을 산정할 수 없다 할 것인바(대법원 2005다 19163, 2006.5.25., 참조), 쟁점주택에 대한 감면소득금액 계산시 세액계산이 복잡하다거나 기준시가의 산정이 동일한 기준에 의하지 아니하여 불합리하다 하여 청구주장과 같이 세법에서 정하지 아니한 산식이나 계산방법에 의할 수는 없다 할 것이므로, 처분청이 관련 법령에 따라 쟁점주택의 감면소득금액을 계산하여 과세한 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2013서47, 2013.9.4. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.