쟁점사업부의 양도와 관련하여 부가가치세 과세표준을 기업가치평가금액으로 하여 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2013.7.15. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO가 지분을 100% 소유하고 있는 외국인투자 법인으로 화학제품의 생산 및 판매 등을 목적으로 1988년에 설립되었고, 청구법인이 영위하던 OOO 사업(이하 “쟁점사업부문”이라 한다)을 분리하여 매각할 목적으로 2008.9.29. OOO만원의 자본금을 투자하여 OOO를 설립하였고, 2010.12.28. OOO원의 유상증자를 하였으며, 2011.1.1. OOO에 쟁점사업부의 개별자산을 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하면서상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 상 감정평가, 공시지가 및 장부가액으로 평가한 뒤 그 합계액에서 승계하는 부채가액을 차감한 OOO원(이하 “신고가액”이라 한다)을 양도대금으로 하고, 자산 중 부가가치세 과세대상을 과세표준으로 하여 부가가치세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인의 쟁점거래와 관련하여부가가치세법제13조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제50조 제1항 제1호 규정에 따라 청구법인이 2011.10.1. OOO 주식을 양도하기 위한 과정에서 산출한 기업가치평가액 OOO, 이하 “쟁점기업가치평가액”이라 한다]을 부가가치세 과세표준으로 하여 청구법인이 거래당시 부가가치세 과세표준 OOO만원 상당을 과소신고․납부한 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2013.7.15. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)부가가치세법(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제6조 제6항 제2호의 ｢사업의 포괄적 양도｣에 해당되지 아니하는 사업부 양도거래에 있어서 부가가치세 과세표준은 과세대상 재화(부가가치세법제1조 제1항 및 제2항에서 규정하는 재화)의 합계액으로 하는 것인 바, (가) 청구법인과 OOO은 상증법 규정에 따라 쟁점사업부의 개별 자산‧부채의 가액을 산정하고 총자산가액OOO에서 총부채가액OOO을 차감한 가액OOO을 쟁점사업부 양수도가액으로 하였으며, 양수도 대상자산 중 부가가치세 과세대상 자산 가액의 합계액OOO을 공급가액으로 하여 세금계산서를 수수하였다.

○○○

(2) 사인 간 거래에 있어 거래방식의 선택은 ‘사적자치의 원칙’에 따라 전적으로 당사자의 의사에 의하여 결정되는 것이고, 세법 또한 당사자가 선택한 거래방식에 기초하여 적용되어야 하는 것이므로, 세법상 부인(의제) 근거 없이 당사자가 선택한 법률관계를 부인하는 것은 부당하다. 대법원도 동일한 경제적 목적을 달성하기 위한 여러 가지의 법률관계 중 당사자가 제반사정을 고려하여 스스로 선택하여 형성한 법률관계는 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 하며, 그 선택한 방식이 가장행위에 해당되지 아니하는 이상 법률상의 구체적 근거가 없이는 이를 부인할 수 없다고 일관되게 판시하고 있다(1991.5.14.선고 90누3027 판결, 1998.5.26.선고 97누1723 판결 등). (가) OOO와 OOO가 합작법인인 OOO을 통해 청구법인으로부터 쟁점사업부를 인수하는 방식은 직접 인수하는 방식과 한국자회사의 지분을 인수하는 방식이 있으며, 이 중 거래당사자들은 후자의 방식을 선택하였다. (나) 따라서, 처분청이 법률상의 구체적인 근거도 없이 거래당사자들이 선택한 거래방식을 부인하고 임의로 다른 거래방식으로 재구성하여 세법을 적용한 이 건 과세처분은 부당하다.

(3) 설령, 처분청 의견과 같이 쟁점거래의 실질이 청구법인과 OOO간의 거래와 동일하다고 봄이 타당하다고 하더라도, 2011.1.1. 쟁점거래 당시에는 9개월 후인 2011.10.1. 이루어진 청구법인과 OOO간의 거래가액을 알 수 없으므로, 동 거래가액을 기준으로 쟁점거래의 대가를 수취하고 세금계산서를 교부하는 것은 불가능하다. 또한, OOO의 OOO지분 양수대가는 2차례의 조정을 거쳐 OOO로 확정되었음에도 불구하고, 처분청은 조정 전 가액인 OOO을 기준으로 과세표준을 산정하는 오류를 범하였다. (가) 청구법인과 OOO간의 쟁점사업부 양수도 계약은 2010.11.4.자로 체결되었으며, 동 계약서상 거래가액은 2011.1.1.을 기준일로 하여 상증법 규정에 따라 평가한 가액으로 계약 당시에는 제3자간에 이루어진 매매사례가액 등이 없어 위 상증법상 평가액 외에는 쟁점거래의 시가로 볼 수 있는 가격이 존재하지 않았다. (나) 청구법인과 OOO간의 OOO지분 양수도에 관한 최초의 계약은 2011.9.26. 체결되었으며, 2차례의 조정을 거쳐 2012.12.18. 거래가액이 확정되었는바, 최종 확정된 거래가액은 DCF평가액에 2011.9.30. OOO의 순부채(또는 순운전자본)을 반영하여 조정된 가액이다. 따라서, 2011.1.1. 쟁점거래 당시에는 청구법인과 OOO간에 2011.9.26. 체결된 계약에 따른 OOO지분 양수도가액을 기준으로 하여 대가를 수취하고 세금계산서를 교부하는 것은 불가능하였다. 또한, 처분청이 청구법인과 OOO간의 거래가액을 OOO로 보고 과세표준을 산정한 것에는 사실관계를 오인한 잘못이 있다.

○○○

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점사업부의 양도가액은 청구법인과 OOO이 결정할 문제가 아니라 OOO와 OOO가 결정하는 것이므로 이를 근거로 하여 과세한 처분은 정당하다. (가) 청구법인의 쟁점사업부 대가는 OOO에서 받은 가액을 포함하는 것으로 쟁점사업부가 OOO로 양도되고 OOO 주식이 OOO로 이전된 것은 OOO와 OOO가 사업부를 동등하게 지분을 50%씩 보유하기로 하는 합의에 따른 결정에 따라 청구법인은 쟁점사업부를 OOO에 양도하고 주식 전부를 매각하는 일련의 과정을 통해서 쟁점기업가치평가액을 대가로 받았다. (나) 청구법인은 쟁점기업가치평가액이 세법에 근거하지 않은 기업가치 평가금액으로 주장하나, 이 금액은 쟁점사업부양도로 청구법인이 금전으로 받은 대가로서,부가가치세법제13조 제1항 제1호의 규정에서 부가가치세의 과세표준은 재화 또는 용역을 공급하고 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가이므로 청구법인이 OOO에서 받은 대가를 과세표준으로 보아야 한다.

(2) 청구법인은 쟁점사업부양도를 특수관계자 사이의 개별 자산의 양도로 보아야 한다고 주장하나, 이는 명백히 OOO와의 사업부의 양도로 청구법인은 2010.12.31. 기준으로 OOO와 OOO가 각각 출자한 OOO 사업부의 가치를 확정하기 위하여 다국적기업에 신인도가 높은 회계법인 OOO사를 선택하고, 쟁점사업부도 OOO이 2010.12.31. 기준으로 OOO(양수한 2개 사업부)의 기업가치를 OOO로 산출하여 쟁점사업부의 가치를 평가․확정하였다. (가) 기업가치 평가서에 기업가치는 OOO만이나 평가일 현재 OOO의 부채가 OOO만이므로 이를 차감한 OOO만이 지분가치라고 부기하고 있고, 이는 OOO에 대한 지분을 50%씩 동등하게 보유하고자 OOO와 OOO가 출자하는 사업부의 가치 차이로 OOO가 OOO에게 OOO을 보상해 준 금액 중 쟁점사업부에 대한 청구법인의 몫인 것이고, OOO에서 산출한 금액대로 청구법인은 OOO와 계약하고 지급받았으며, 매도가능증권 처분이익 OOO만원을 계상한 것은 주식양도차익이 아니라 쟁점사업부 양도에 대한 대가인 것이고, OOO 주식양도 당시와 쟁점사업부 양도당시의 사업환경과 여건 등이 같은 상황이므로 매도가능증권 처분이익이 발생할 여지가 없다. (나) 청구법인이 쟁점사업부를 양도하고 받을 금액은 OOO이 평가한 쟁점사업부의 가치 OOO이나, 청구법인이 받은 금액은 2011.1.1. OOO에 개별자산을 평가하여 양도하고 받은 OOO과 2011.10.1. OOO의 주식 100%를 OOO에 양도하고 받은 OOO을 합하여 총 OOO만원이다. 따라서 청구법인은 쟁점사업부의 평가금액 OOO를 초과하는 금액에 대하여 반환해야 하는 의무가 발생하는데, 이는 OOO이 청구법인으로부터 자산을 양수받기 위하여 OOO에서 2011년 OOO만원을 차입하여 청구법인에게 지급하였기 때문이다OOO. (다) OOO는 OOO에서 쟁점사업부 인수하는 것으로 청구법인과 OOO의 자산양수도 거래로 발생한 자산/부채를 상계하여야 공정한 가치를 평가할 수 있기 때문이며, 쟁점사업부의 평가금액 OOO에는 OOO의 차입금이 제거된 상태에서 평가된 것이다. 청구법인은 OOO와 2011.9.26. OOO주식 양도계약이 OOO만으로 체결되었으나, 2012.12. 2차례의 조정을 거쳐 OOO만으로 가액이 변경되었다고 주장하나, 조정금액은 청구법인과 OOO 간의 자산양수도로 인해 OOO의 채무를 OOO에 인계하는 과정에서 발생하는 것으로 기업가치는 변동이 없다. (라) 청구법인은 조사청의 조사 시 OOO지분 양도계약서상의 거래가격이 조정을 거쳤다고 주장하나, 그 계약금액이 변동된 계약서 및 근거서류를 전혀 제시하지 않았으며, 추가 항변 시 조정계약서만 제시할 뿐 변동근거 및 내역을 제시하지 않고 있는 것은 쟁점사업부의 양도대가에 변동이 없기 때문이다.

• 가. 쟁 점 특수관계자 간의 쟁점사업부의 양도와 관련하여 양도되는 자산을 개별적으로 평가한 후 그 합계액을 과세표준으로 해야 하는지, 사업부자체의 양도로서 기업가치평가 금액을 과세표준으로 해야 하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 (2010.12.27., 법률 제10409호로 개정된 것) 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 용역의 시가

5. 폐업하는 경우: 재고재화의 시가 (2) 부가가치세법 시행령 (2010.12.30., 대통령령 제22578호로 개정된 것) 제50조 【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각 호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다.)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 (3) 부가가치세법 시행령 (2010.12.30., 대통령령 제22578호로 개정된 것) 제52조【부당대가 및 에누리 등의 범위】

① 법 제13조 제1항 제3호 및 제4호에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가로 한다. (4) 법인세법 시행령 (2010.12.30., 대통령령 제22577호로 개정된 것) 제89조 【시가의 범위 등】

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 앞서 본 쟁점거래를 시가가 불분명한 거래에 적용되는 상증법상 보충적 평가방법을 준용하여 산정한 가액을 쟁점사업부의 시가로 보고 승계하는 부채가액을 차감한 OOO만원을 쟁점거래의 양도대금으로 결정하였다며, 양도사업부문의 양도내역, 양도 시 세금계산서, 감정평가보고서(감정평가요약표), 사업부양도계약서, DCF법에 따른 평가보고서, OOO의 조기환급 부가가치세신고서 (2011년 1월분), 청구법인의 부가가치세 예정신고서 및 매출세금계산서 합계표(2011년 제1기 예정) 등을 제출하였다. (가) 청구법인(매도인)과 OOO 사이의 쟁점사업부 양도계약서(2010.11.4.)의 주요내용은 아래와 같다.

○○○ 한편, 이 건 심리 과정 중 청구법인은 청구법인과 OOO사이에 아래와 같이 2차에 걸쳐 조정계약이 있었다고 주장하였다.

○○○

(2) 조사청은 청구법인이 자회사인 OOO에 자산매각방식으로 쟁점사업부를 개별 평가하여 합산한 금액을 부가가치세 신고․납부하였으나, 쟁점사업부양도로 인하여 청구법인이 실제로 지급받은 대가를 과세표준으로 하여 부가가치세를 재계산한 것이라며, 법인사업자 조사종결조사보고서, OOO 주주관계도, OOO 평가보고서, 이메일자료, 재무제표에 대한 주석(2011.12.31.) 등을 자료로 제출하였다. (가) OOO 주주 관계도는 아래 그림과 같다.

○○○ (나) 조사청의 법인사업자 조사종결조사보고서(2013.6.)를 보면, 100% 자회사인 OOO에 자산매각방법으로 OOO의 자산을 개별 평가하여 합산한 금액을 부가가치세 신고․납부하였으나, 쟁점사업부 양도로 인하여 청구법인이 실제 받은 대가OOO를 과세표준으로 하여 부가가치세를 재계산한바, 사업부양도로 부가가치세 과소신고OOO되었고, 그 밖에 이전가격 OOO만원(배당), 지급수수료 손금불산입 OOO원(배당), 종업원 급여 OOO만원(상여) 등을 적출하였다고 기재되어 있다. (다) OOO 평가보고서의 주요내용은 아래와 같다.

○○○ (라) 이메일 자료를 보면, 2012.7.5. 청구법인 재무팀 김OOO이 OOO에게 OOO의 가치에 대해 문의하자 OOO는 OOO 평가보고서 5쪽에 기재된 OOO만이라고 답변한 것으로 나타난다. (마) 재무제표에 대한 주석(2011.12.31. 현재, dart.fss.or.kr)을 보면, 단기차입금(11)의 차입처는 OOO으로, 이자율은 5.19%로, OOO만원 상당액을 차입하였고, 보고기간 후 사건은 OOO의 단기차입금 OOO을 전액 상환하였으며, 그 재원은 2012.2.13. 유상증자 OOO, 2012.2.14. 특수관계자 차입OOO로부터 OOO, 2012.2.15. OOO을 차입하여 상환한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인과 매수자OOO의 매도 및 양도계약서OOO의 주요내용은 아래와 같다.

○○○

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점거래는부가가치세법제6조 제6항 제2호의 사업의 양도에 해당되지 아니하는 특수관계자와의 사업부 양도거래이므로 부가가치세 과세표준은 과세대상 재화로서 같은 법 제1조 제1항 및 제2항에서 규정하는 재화의 합계액으로 하는 것이 타당해 보이는 점, 청구법인과 OOO 사이의 쟁점사업부 양도계약서 상 거래가액이 OOO원으로 기재되어 있는 점, 2011.1.1. 쟁점거래 당시에는 2011.10.1. 이루어진 청구법인과 OOO간의 거래가액을 알 수 없으므로, 동 거래가액을 기준으로 쟁점거래의 대가를 수취하고 세금계산서를 교부하는 것은 불가능한 것으로 보이는 점, 쟁점거래는 부가가치세법 시행령제50조 제1항에 따른 법인세법 시행령제89조 제1항에 따른 시가가 불분명한 경우이므로 같은 조 제2항 각 호의 규정을 순차로 적용하여야 하는 바 상증법상 평가규정에 따른 가액이 적정하다고 보이는 점, 쟁점사업부에 대한 자산이전거래에 대하여 건물 기계장치 등의 자산 외의 누락분에 대한 처분청의 아무런 제시가 없음에도 시기적으로 9개월 후에 이루어진 주식거래를 원용하여 이를 시가로 보아 과세한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거래의 가액을 쟁점기업가치평가액으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.