청구인이 쟁점농지를 8년 자경감면을 적용하기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 외 17필지 답, 전 합계 7,150㎡를 2009.8.18. 양도한 후, 2010년 5월 위 토지의 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 양도차익을 산정하고, 8년 이상 자경한 농지에 해당된다 하여 해당 양도소득세를 감면신청하였다.
• 나. 처분청은 위 토지 중 같은 리 348 답 678㎡, 같은 리 384 답 56㎡, 같은 리 385 답 555㎡, 같은 리 387 전 876㎡ 4필지 합계 2,165㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 취득하였으나 대금청산일이 불분명하여 아래 <표1>과 같이 등기접수일을 취득시기로 보고, 청구인이 OOO에 거주한 기간(2000.5.8.～2010.7.10.)을 제외하면 쟁점토지의 양도일까지 8년 이상 자경요건을 충족하지 못한다고 보아 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면신청을 부인하여 2013.2.8. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. <표1> 쟁점토지 취득시기
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.5.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1980년경 매입한 쟁점토지를 2009.8.18. 양도하고 8 년 이상 자경한 농지에 해당한다고 보아 양도소득세 감면신청을 하였

• 다. (2) 대법원은 특별조치법에 따라 마쳐진 등기는 실체적 권리관계에 부합하는 등기로 추정되고 특별조치법 소정의 보증서나 확인서가 허위 또는 위조된 것이라거나 그 밖의 사유로 적법하게 등기된 것이 아니라는 입증이 없는 한 그 소유권이전보전등기나 소유권이전등기의 추정력은 번복되지 아니한다고 판결하고 있으며(대법원 2001.11.22. 선고 2000다71388 판결), 조세심판원도 특별조치법에 의한 소유권이전등기시 제출된 보증서 등에 의하여 청구인이 의제취득일 이전부터 매수하여 소유한 사실이 인정되므로 처분청이 의제취득일을 취득시기로 하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 결정하였는바(조심 2013구557, 2013.4.11.), 청구인의 쟁점토지에 대한 취득일은 대법원판결 등에 의하여 등기부상 등기원인일자인 1981.1.10.로 간주하는 것이 당연할 뿐만 아니라 OOO가 발행한 쟁점토지에 대한 종합토지세 납세고지서 등으로 동 사실이 확인되므로 쟁점토지 중 OOO 토지는 1981.1.10., 같은 리 387토지는 1980.12.20., 같은 리 384 및 385 토지는 1985.12.31. 각 소유권을 취득하였다고 하는 법률상 추정력과 OOO가 발행한 1991.10.30.인 종합토지세 납세고지서 영수증 등에 의하여 쟁점토지 취득일이 늦어도 1991.10.30. 이전이라는 사실이 입증되고 있으므로 이를 간과하고 과세한 처분청 처분은 취소되어야 한다.

(3) 청구인이 제시한 종합토지세 납세고지서는 공문서이기 때문에 위조 등의 사유가 없는 한 절대적 증거능력이 있고, 동 종합토지세 납세고지일인 1991.10.5. 이전에 청구인이 쟁점토지를 소유하고 있었다는 사실이 증명되었다고 볼 수 있음에도 양도소득세 과세요건에 대한 입증책임이 있는 과세관청이 아무런 증거를 제시하지 아니한 채 과세한 것으로 부당하며, 과세관청이 청구인이 제출한 종합토지세 납세고지서 및 영수증은 토지소유자가 아니라도 토지 관리자가 납부하는 경우도 있어 등기원인일에 취득하였다는 자료로 보기에는 미흡하다고 하나 이는 종합토지세는 토지소유자가 아닌 토지 관리자에게 납부고지를 하는 경우도 있다는 의미로 해석할 수밖에 없어 이는 조세법률주의를 통하여 실현하고자 하는 법적 안정성과 예측가능성을 위배한 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지를 등기부상의 등기원인일 및 1985.12.31. 이전에 취득하였다고 주장하고 있으나, 특별조치법에 따라 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 및 양도시기를 판정함에 있어서소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 따라야 하는 것이므로(부동산거래관리과-121, 2011.2.10.), 청구인이 쟁점토지 취득 관련 매매계약서나 대금청산에 관한 증빙자료를 통하여 대금청산일이 확인될 경우 그 청산일이 취득일이 될 것이나, 청구인이 취득일이라고 주장하는 등기원인일은 그에 대한 관련 증빙이 없어 대금청산일이 불분명한 경우이므로 등기접수일을 취득시기로 보아야 한다.

(2) 위와 같이 쟁점토지의 취득일을 등기접수일로 보고, 쟁점토지의 등기접수일로부터 OOO으로 출국하기 전 청구인의 쟁점토지 경작기간이 8년 자경 감면요건을 충족하지 못하고 있으므로 과세요건 사실에 대한 입증없이 양도소득세를 부과하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(3) 청구인은 OOO군수가 발행한 납부기한이 1991.10.30.인 종합토지세 납세고지서 및 영수증을 들어 고지서 고지일인 1991.10.5. 이전에 쟁점토지를 소유하고 있었다는 사실이 증명되었고, 종합토지세의 경우 소유자가 아닌 관리자 등에게 세금을 부과하는 경우는 절대로 있을 수 없으므로 등기부등본의 등기원인일에 대한 움직일 수 없는 보완서류라고 주장하나, 청구인에게 부과된 종합토지세는 1990년부터 2004년까지 시행되다 2005년 1월지방세법이 개정되면서 폐지된 것으로 고지서가 발부될 당시의지방세법을 살펴보면,지방세법제234조의9 제3항에 “종합토지세 과세기준일 현재 소유권의 귀속이 분명하지 아니하여 사실상의 소유자를 확인할 수 없는 경우에는 그 사용자가 종합토지세를 납부할 의무가 있다”고 되어 있어 소유자가 아닌 자에게 종합토지세를 부과하는 일은 절대로 있을 수 없다는 청구주장은 사실이 아닌 것으로 판단된다.

(4) OOO군청이 고지서 발부와 관련된 근거자료(재산세 과세대장 등)를 보존기한 경과로 확인이 불가하다고 하므로, 위의 종합토지세 부과사실 만으로는 쟁점토지를 등기접수일 이전부터 소유하고 있었다거나, 더불어 청구주장처럼 등기원인일에 취득하였다는 입증으로 판단하기에는 미흡하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 취득일을 등기접수일로 보고, 8년 이상 자경농지 감면요건에 부합하지 않은 것으로 보아 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(3) 부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(1993.12.10. 법률 제4586호로 제정된 것) 제1조 [목적] 이 법은부동산등기법에 따라 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행 당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부의 기재가 실제 권리 관계와 일치하지 아니하 는 부동산을 용이한 절차에 따라 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 제3조 [적용범위] 이 법은 제2조 제1호에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다. (4) 조세특례제한법 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청 경정내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청 경정내역 (OO: O)

(2) 쟁점토지 등기부등본에 나타나고 있는 내용은 다음과 같다.

(3) 처분청의 현장확인 보고서에는 양도토지 중 OOO는 위성촬영사진상 농지여부가 불분명하여 현장확인한바, 계곡사이에 들깨를 심은 밭으로 확인되고, 그 외 12필지는 농지로 나타나며(배추 및 단감나무, 밤나무 등이 식재되어 있음), 현장에서 전 이장 한OOO과 우OOO을 만나 문의한바, 청구인이 2000년 초까지는 OOO에서 10년 이상 축사를 하면서 농사일을 한 사실, 2000년경 소값 파동으로 부도가 발생하여 OOO으로 이주한 사실을 진술하였고, 출입국관리사무소 OOO지소에 확인한바, 청구인이 2000.5.8. OOO으로 출국하여 2010.7.10. 귀국한 것으로 확인되므로 양도토지 중 1992.5.8. 이후 취득한 쟁점토지는 8년 이상 자경 요건을 충족하지 못한다는 내용이 나타난다.

(4) 청구인은 8년 이상 자경한 쟁점토지를 양도하였다고 주장하면서 쟁점토지가 포함된 1991.10.31. 납부기한의 종합토지세 납세고지서 및 1991.10.30. 납부한 영수증을 제시하고 있다.

(5) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 특별조치법 제1조 및 제3조에 의하면 특별조치법은 1985.12.31. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산을 대상으로 하여 간이한 절차에 의하여 등기부를 정리할 수 있도록 한 간이절차법에 불과하므로 특별조치법에 의한 소유권 이전등기가 있었다 하더라도 동법에 의하여 소유권 이전등기가 된 법률행위는 언제나 1985.12.31. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니고(대법원 83누283, 1993.12.13. 참조), 자산의 양도차익을 계산함에 있어 당해 자산의 취득 및 양도시기는소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에서 당해 자산의 대금을 청산한 날로 규정되어 있고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일로 규정되어 있으며, 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 취득시기 및 양도시기에 대하여 달리 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로, 특별조치법에 의하여 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라야 할 것이다(조심 2012광100, 2012.3.20. 외 다수, 같은 뜻임). 이 건의 경우 청구인이 종합토지세 납세고지서 및 납부영수증을 제시하고 있으나, 매매계약서나 대금지급 증빙을 제시하고 있지 아니하여 그 잔금청산일이 불분명한 것으로 보이므로 쟁점토지의 취득시기는 등기접수일로 보아야 할 것인 점, 청구인이 2000.5.8. OOO으로 출국하여 2010.7.10. 귀국한 것으로 조사된 점 등을 볼 때, 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.