쟁점세금계산서를 토지 관련 매입에 따른 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당함

○○세무서장이 2012.10.18. 청구법인에게 한 2012년 제1기 부가가치세 ○○○원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2011.8.1. 개업한 금형 제조업체로, 2011.11.16. 사업장이전 목적으로 ○○○의 임야 853㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ○○산업개발주식회사(이하 “○○산업개발”이라 한다)로부터 취득하면서, 건물을 지을 수 있도록 토목공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 함께 의뢰하였고 2012.1.31. 쟁점공사가 완료된 후 ○○산업개발로부터 공급가액 ○○○원의 매입세금계산서(1매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 이를 구축물 공사 관련 매입으로 보아 2012년 제1기 부가가치세 확정신고시 당해 매입세액 ○○○원을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여, 쟁점세금계산서를 부가가치세법제17조 제2항 제4호의 토지관련 매입에 따른 것으로 보아 매출세액에서 당해 매입세액을 공제하지 아니하고 2012.10.18. 청구법인에게 2012년 제1기 부가가치세

○○○원을 경정․고지하였다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.22. 이의신청을 거쳐 2013.3.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점공사에 대한 세부적인 계약서를 작성하지 않았으나, 토지매매계약서상에 특약사항으로 표기가 되어있고 사진, 설계도 등으로 볼 때 쟁점공사가 석축공사, 배관공사로 이루어졌음을 알 수 있으며, 이는 토지위에 정착한 토목설비로서 토지의 취득원가를 구성하는 비용이 아닌 별도의 감가상각의 대상이 되는 구축물 공사에 해당하므로 쟁점세금계산서 상의 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 공사계약서를 작성한 사실이 없고, 계약서 작성한 사실이 없고 계약서 작성일 이후 공사대금을 포함한 잔금을 5일 내에 지급한 것으로 보아 토목공사가 마무리 중인 토지를 계약한 것으로 보이며, 쟁점공사 대금을 포함한 토지대금 전액을 2011사업연도 결산서에 토지계정으로 계상한 점 등으로 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 매입하는 과정에서 공장부지 조성공사의 일환으로 쟁점공사를 한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서를 토지 관련 매입에 따른 것으로 보아 당해 매입세액을 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 토지 관련 매입에 따른 것으로 보아 당해 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(토자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (3) 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제․감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

② 제1항 본문에도 불구하고 주식회사의 외부감사에 관한 법률제13조 제1ㅎ아 제1호에 따른 회계처리기준(이하 “국제회계기준”이라 한다)을 적용하는 내국법인이 보유한 고정자산 중 유형고정자산과 대통령령으로 정하는 내용연수가 비한정인 무형고정자산의 감가상각비는 개별 자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 금액이 제1항에 따라 손금에 산입한 금액보다 큰 경우 그 차액의 범위에서 추가로 손금에 산입할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다. (4) 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산

• 가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 “건축물”이라 한다)
• 바. 기타 가목 내지 마목의 자산과 유사한 유형고정자산 (5) 법인세법 시행규칙 제15조 【내용연수와 상각율】③ 영 제28조 제1항 제2호에서 “기획재정부령이 정하는 기준내용연수” 및 “기획재정부령이 정하는 내용연수”라 함은 각각 별표 5 및 별표 6에 규정된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다. [별표 5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수 범위표(제15조 제3항 관련)

2. 구분 3과 구분 4를 적용함에 있어서 부속설비에는 당해 건물과 관련된 전기설비, 급배수ㆍ위생설비, 가스설비, 냉방ㆍ난방ㆍ통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 기타 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세심리자료 등에 따르면, 청구법인과 OOO 간에 쟁점공사와 관련된 별도의 계약서를 작성한 사실은 없으며, 청구법인이 OOO로부터 쟁점토지를 매입하면서 매매계약서상 특약사항에 토목공사를 표기하였고, 당해 매매계약서 내용은 아래와 같이 나타난다. (가) 매매계약서의 작성일은 2011.11.11.이고, 부동산의 표시는 OOO 임야 944㎡이며, 매매대금은 OOO원으로서, 2011.8.5. 계약금 OOO원, 2011.11.11. 중도금 OOO원, 2011.11.16. 잔금 OOO원을 지급하는 것으로 기재되어 있다. (나) 특약사항은 아래와 같다.

1. 청구법인으로 이전 등기토록 함.

2. OOO번지 임야 7,607㎡ 중 856.2㎡에 관한 기 부동산 매매계약 체결한 바 있으나(2011.8.4.) 이 부동산으로 대체하며 계약금 OOO원을 연계토록 함.

3. 계약일 현재 토목공사 진행 중에 있는 부동산으로서 매도인과 매수인 합의하여 이 계약 매매대금 중 토지의 가격 평당 금 OOO원, 토목공사비 평당 금 OOO원으로 정하여 계약함.

4. 근저당권 설정은 잔금을 지급받음과 동시에 매도인이 말소시킴.

5. 토목공사비 OOO원×286평=OOO원+토지잔금(OOO원) =잔액 OOO원

(2) 청구법인은 임야에 공장을 건축하기 위해서는 경사면에 석축을 쌓고 콘크리트를 부어서 평탄하게 만드는 작업이 필요하여 이러한 작업을 하였는바, 이는 부가가치세법 집행기준 17-0-9 제2항(토지 관련 매입세액으로 보지 않는 매입세액) 제3호의 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽, 석축, 하수도, 맨홀 등) 공사 관련 매입세액에 해당하여 쟁점공사 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 쟁점공사가 공장건물 신축을 위하여 임야에 대지조성공사를 한 경우로 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출이므로 쟁점공사 관련 매입세액은 토지관련 매입세액으로 매출세액에서 공제할 수 없다는 의견이다.

(3) 이의신청과정에서 OOO은 OOO일대의 임야를 매입하여 공장부지 조성 후 토지를 양도하는 산막공단택지개발 전문업체로, 쟁점공사는 흙을 들어내고 돌을 쌓고 우수(수도) 및 오수관로를 공장입구까지 연결하는 작업이었다고 진술하였 으며, 청구법인은 쟁점토지에 최고 2.5㎡ 높이의 자연석으로 쌓은 옹벽(석축) 사진과 옹벽, 석축, 오수정화조 등의 설계도를 제출하고 있다.

(4) 쟁점토지의 등기부 등본에는 청구법인이 쟁점토지를 2011.11.11. 거래대금 OOO원에 취득한 것으로 나타나고, 청구법인의 계정별원장 및 예금계좌에는 아래 <표1>과 같이 토지대금을 지급한 내역이 나타나며, 2011사업연도 결산서(대차대조표)상에 토지대금 OOO원과 쟁점공사비 OOO원 등을 포함한 OOO원이 토지계정으로 계상된 사실이 나타난다. <표1> 청구법인의 장부에 계상된 토지대금 지급내역 (OO: OO)

(5) 국세통합시스템(TIS)에 의하면, OOO은 2011년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 쟁점공사에 대한 하도급 공사원가를 매입세액 공제하지 아니한 것으로 나타난다.

(6) 쟁점토지 위 건물의 건축물대장에 따르면, 일반철골구조 공장건물(400㎡)이 2012.3.28. 착공하여 2012.7.31. 사용승인된 것으로 나타난다.

(7) 살피건대, 부가가치세법제17조 제2항 각호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액을 규정하고 있고, 제6호에서 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제6항 제3호에서 ‘대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’이라 함은 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용’으로 규정하고 있는 한편, 토지와 구분되는 건물ㆍ구축물 등 건설공사와 관련된 매입세액은 같은 법 제17조 제1항의 규정에 따라 매출세액에서 공제하여야 할 것인바, 구축물이란 토지 위에 정착 건설한 건물 이외의 토목설비ㆍ공작물 및 이들의 부속설비로서 교량, 샘, 상하수도, 용수설비, 도로, 터널, 지하도관, 정원 등을 포함하는 것으로 매입세액 공제대상인지 여부는 구체적인 공사내용별로 판단하여야 할 것이다(대법원 2004두13844 판결, 2006.7.28. 선고). 쟁점공사는 공사계약서를 별도로 작성하지 아니하였으나, 토지매매계약서에서 토지대금 OOO원 외에, 특약사항에 별도의 토목공사비 OOO원을 계상하여 계약하였고, 토지 등기부에도 토지의 매입가액인 OOO원만 나타나는 점, 처분청이 쟁점토지 매입대금과 쟁점공사비를 2011.11.16.에 지급하여 토목공사가 마무리중인 토지를 매입하였다고 하나, 이러한 사실만으로 쟁점공사가 토지의 조성공사라고 단정할 수 없고 쟁점공사는 세금계산서상 2012.1.31.에 완료된 것으로 나타나는 점, 청구법인의 2011사업연도 결산서상 쟁점공사를 구축물이 아닌 토지로 계상하고 있으나 쟁점공사를 하였던 OOO이 석축공사와 수도 및 오수관로 공사를 하였다고 진술하고 있고, 실제 설계도와 사진 등에서 최대 2.5m 높이의 석축공사와 수도 및 오수관로 공사를 한 것으로 나타나는 점 등을 종합하여 보면, 쟁점공사는 석축, 옹벽, 수도 및 오수관로 공사로서 토지와 별개인 감가상각대상자산인 구축물을 설치하기 위한 작업에 해당하는 것으로 보이므로, 처분청이 토지 관련 매입세액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.