청구법인은 선원대리점계약을 체결하였고, 계약내용에 따라 선원급여 등 항목별로 청구하여 대금을 지급받았고, 선원급여지급명세서를 작성 및 소득세 등 원천징수하여 신고납부하였으며, 선원의 급여를 개인별 계좌로 입금한 것으로 나타나는바, 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 과세표준으로 봄이 타당함
청구법인은 선원대리점계약을 체결하였고, 계약내용에 따라 선원급여 등 항목별로 청구하여 대금을 지급받았고, 선원급여지급명세서를 작성 및 소득세 등 원천징수하여 신고납부하였으며, 선원의 급여를 개인별 계좌로 입금한 것으로 나타나는바, 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 과세표준으로 봄이 타당함
OOO세무서장이 2012.9.10. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제1기분 OOO원 및 2008년 제2기분 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 OOO에 선원공급용역을 제공하고 받은 OOO원 및 OOO원을 부가가치세 영세율 과세대상으로 보아 각 과세기간의 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 쟁점금액은 청구법인이 OOO에 제공한 선박관리수수료 OOO원(이하 “쟁점선박관리수수료”라 한다)과 선원에 대한 급여 등 OOOO,OOOO원(이하 “쟁점급여”라 한다)으로 구성되어 있는바, 그 중 쟁점급여는 용역제공의 대가가 아니라 OOO과 선원 간에 체결된 근로계약(청구법인은 OOO의 요구에 의해 선원을 국내 및 외국에서 모집하여 관련규정에 적합한 인력이면 선주측 면접관이 응모자 중에서 숙련도나 승선에 필요한 능력 등을 검증하고 선원으로 채용하겠다고 연락이 오면 선원으로 근무하도록 대행업무를 수행)에 따른 급여를 청구법인이 대신 수령하여 지급한 것으로서 실질적인 선박관리용역의 대가로 볼 수 없어 부가가치세 과세대상이 아님에도 청구법인이 부가가치세 과세대상으로 착오하여 세금계산서를 발급한 것이므로 과세표준에서 제외하여야 한다.
(2) (예비적 청구) 쟁점급여를 부가가치세 과세대상 용역의 대가라고 보더라도 관련 선박은 해운법에 따라 사업면허를 받은 외국항행사업자가 외국에서만 운항하는 외항선박에 해당하므로 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제3호 에 따라 영세율을 적용하여야 한다. 또한, 처분청은 청구법인이 이 건과 유사한 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와의 계약에 따른 거래대가에 대하여 일반 과세 세금계산서를 발급하였으므로 이 건에 대하여도 일반 과세 세금계산서를 발급하였어야 한다는 의견이나, 청구법인이 2008년에 OOO과 체결한 계약은 선원대리점 계약(Crewing Agency Agreement; Manning Management)으로 선박에 선원을 공급하는 계약(선주회사가 선원을 선발)에 불과하나, 2009년에 OOO과 체결한 계약은 선박관리계약(Ship Management Agreement)으로 전반적으로 선박을 관리하는 계약(청구법인이 선원을 선발하여 공급)으로 서로 다르고, 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역의 대가는 원칙적으로 영세율 적용대상이지만 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제3호 단서에서 사업자가 일반 과세 세금계산서의 발급을 선택할 수 있도록 규정하고 있으므로 청구법인이 OOO과의 거래에 대하여 일반 과세 세금계산서를 발급하였다고 하여 OOO과의 거래에 대하여도 일반 과세 세금계산서를 발급하여야 하는 것은 아니다.
(1) (주위적 청구) 청구법인은 선주 또는 선주의 국내대리점과 선박관리계약을 체결하여 선박관리에 따른 선원관리업무(급여, 국민연금 및 건강보험료 지급 등)와 선용품의 공급 및 선박관리업무(선박의 수리 및 유지보수 등)를 수탁하여 대행하고, 선주로부터 선원급료 등 직접발생비용과 용역제공 대가로 약정된 관리수수료를 받는 사업을 영위하는 업체로서 법인세 조사결과, 선주로부터 수령하는 금액 중 선주의 국내대리점이 있을 경우에는 선원급여 및 선원선박관리비 총액에 대하여 세금계산서를 발행하여 부가가치세 과세표준으로 계상하고, 국내대리점이 없는 경우에는 외화입금증명원을 근거로 기타 영세율로 부가가치세 과세표준 및 법인세 수입금액을 계상하면서 관련 비용(급료와 숙박료, 항공료, 체재비, 기타 제비용 등 직접발생비용)은 손비로 결산에 반영하는 것으로 확인되었는바, 청구법인은 쟁점금액 중 쟁점급여는 OOO으로부터 수령한 선원 급여를 선원들에게 그대로 지급하는 단순 업무대행이므로 쟁점선박관리수수료만이 과세대상이라고 주장하나, 선박관리수수료의 과세표준은 OOO으로부터 받은 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것(수령금액 전체)으로 하여야 한다.
(2) (예비적 청구) 청구법인은 쟁점금액에 대하여 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제3호 에 따라 영세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 2008년 부가가치세 신고내역을 살펴보면 선주의 국내대리점인 OOO으로부터 받은 전체금액인 쟁점금액에 대하여 영세율 세금계산서를 발급하고 영세율 과세표준으로 신고한 것으로 확인되고, 청구법인이 2008년에 거래한 OOO과 2009년에 거래한 OOO은 국내 대리점만 교체되었을 뿐 동일한 선주의 선박에 대하여 선박관리 및 선원관리 용역을 제공한 것임에도 2009년 부가가치세 신고시에는 OOO으로부터 받은 선박관리비와 선원급여 전체에 대하여 일반 과세 세금계산서를 발급하여 일반 과세표준으로 신고(선주의 국내대리점으로부터 지급받는 경우에는 이후 과세기간도 동일)하였음에도 불구하고 동일한 유형의 거래에 대하여 2008년 제1기와 제2기는 영세율 과세대상이라고 주장하는 것은 타당하지 않으므로 영세율 적용을 배제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.
② (예비적 청구) 쟁점급여를 부가가치세 과세대상 선박관리수수료의 일부라고 보더라도 기타 외화획득용역의 대가에 해당하므로 영세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 부가가치세법 제7조 [용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
④ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 제11조 [영세율 적용] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.
3. 선박 또는 항공기의 외국항행 용역
4. 제1호부터 제3호까지의 재화 또는 용역 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 부가가치세법 시행령 제26조 [그 밖의 외화획득 재화 및 용역 등의 범위] ① 법 제11조제1항제4호에 규정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
3. 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 사업자가 법 제16조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우에는 그러하지 아니하다. 제48조 [과세표준의 계산] ① 법 제13조제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금요금수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.
(1) 청구법인이 2008.3.1. OOO과 체결한 선원대리점 계약서(Crewing Agency Agreement; Manning Management)에 의하면, 선박에서 근무할 선원에 관련되는 제반 대행 업무를 하는 것과 관련하여 계약을 체결한 것으로 되어 있고 그 주요내용은 다음과 같다. (가) 제2조(대행범위) 대리점은 한국 정부에서 정하는 요건과 선원노조의 규정에 하자가 없는 선원을 선주의 승인하에 선발하고, 선원 승선에 관한 모든 중요한 정보나 안내에 관하여 선주에게 상세히 보고하여야 한다. (나) 제3조(선원의 자격), 제4조(선원교체), 제5조(경력카드) 대리점은 선주가 만족하고, 충분한 자격이 갖추어진 선원을 선발하여 선박의 항해와 업무수행에 자격이 있는 선원을 공급하고, 선주는 자질이 부족한 선원의 교체를 요구할 권리가 있으며, 대리점은 선주에게 승선시킬 선원의 승선경력을 승선 2주 전에 통보하여 선주의 허가를 얻어 승선시킨다. (다) 제8조(대리점 수수료) 선주는 선원 대리에 대한 수수료로 대리점에게 매월 선박별로 OOO 지급하여야 한다. (라) 제9조(급여 지불) 대리점은 선주로부터 수령한 선원의 급여를 선주를 대신하여 명세서와 함께 다음달 10일에 선원에게 지불한다. (마) 제10조(기타 제경비), 제11조(비용의 지불방법) 선주는 대리점의 모든 경비와 계약서에 따른 활동의 제경비와 기타 활동의 제경비를 직접 대리점에게 실비 지불하여야 하고, 대리점은 매월 발생하는 선원에 관련된 모든 비용 총액을 선주에게 통보하며, 선주는 대리점의 청구액을 당월 25일에 대리점의 계좌로 송금한다. (바) 제13조(선주상호보험) 승무원의 입원 및 병원 치료는 선주상호보험으로 처리되며, 선원의 국제적인 해상관습에 따라 입원 및 병원 치료비는 물론, 선주상호보험으로 인정받은 질병 또는 사고에 따른 교대 비용은 선주의 비용으로 한다.
(2) 선장 김OOO, 일등기사 강OOO, 선장 심OOO, 이등기사 박OOO, 일등항해사 홍OOO의 근로계약서(Seaman Employment Contract)에 의하면, 취업선박명과 취업직종 및 고용계약기간과 임금 등(월임금, 퇴직금, 유급휴가, 재해보상, 여비 등)에 관한 내용이 기재되어 있으며, OOO이 사용자(선주)로서, 청구법인이 선주대리인으로서, 선원들이 근로자로서 서명 또는 날인한 것으로 나타난다.
(3) 청구법인은 OOO과 계약한 선박에 승선한 선원에 대하여 급여지급명세서를 작성하고, 선원법 제103조 제5항 에 의거 선원관리사업자인 청구법인이 국민연금, 고용보험, 소득세, 주민세를 원천징수하여 신고납부하였으며, 선주와 선원과의 개인별 근로계약에 의한 급여를 개인별 계좌로 입금하였고, 직원급여, 수수료, 항공료 등 항목별로 금액을 기재한 청구서를 OOO에 발송하여 이에 대한 대금을 지급받은 것으로 나타난다.
(4) 청구법인이 OOO에 청구한 쟁점금액의 항목별 내역과 일자별 수령내역은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점금액의 항목별 내역
(5) 청구법인(“을”)이 2009.2.2. OOO(“갑”)과 체결한 선박관리계약서(Ship Management Agreement)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 제1조(선박관리 목적) 을은 선량한 선박관리자로서 최선을 다하여 본선을 성실하게 관리할 의무가 있고, 선박의 안전관리업무와 관련하여 갑으로부터 부여받은 권한을 행사함에 있어 갑을 대리하며, 갑은 을에게 선박의 안전운항에 관한 일체의 업무를 위임하고, 을은 선박을 안전하게 운항할 책임이 있다. (나) 제3조(선박관리 업무의 범위) 안전 및 해양보호 업무, 선박보안 업무, 선원관리(ⓛ 선장, 사관 및 부원의 선발, 단 선장과 기관장은 갑의 동의를 얻어야 함, ② 선원의 배선 및 지휘감독, ③ 선원의 승하선, 이동 및 교통편의 수배, ④ 선원의 교육, 훈련 및 출항 전 문서화된 지침의 제공, ⑤ 선원급여, 퇴직금, 제수당의 지급 및 주부식의 보급, ⑥ 선원재해보상, 복지후생 등의 업무, ⑦ 기타 선원과 관련한 일체의 업무 등), 해사기술 및 공무관련 업무(ⓛ 선박의 보수, 정비, 유지 등을 감독요원의 확보 및 절차 제공, ② 입거 및 일반수리의 수배 및 감독, ③ 각종검사 수행과 관리유지, ④ 선용품, 기부속 및 윤활유의 보급, ⑤ 항해정보의 수집과 통보 및 지도, ⑥ 각종 해난사고시 비상대응 절차 및 사후 수급과 재발방지 대책의 수립 등), 선박매매시 기술자문 및 감독업무 수행 등 (다) 제5조(면책) 갑은 을 또는 을이 직접 고용한 직원의 고의나 중대한 과실로 인하여 발생한 배상책임을 제외하고, 본 계약을 수행하기 위하여 을의 고용인이 행한 어떠한 결정, 행위 등으로 기인한 손해 및 제3자로부터 제기되는 여하한 종류의 배상청구에 대한 을의 책임을 면책하여 제3자로부터 을을 보호한다. (라) 제6조(선박관리 비용의 범위) 선원급여, 제수당, 퇴직금, 주부식비, 여비교통비, 복리후생비, 재해수당 및 기타 선원업무와 관련된 일체의 비용, 각종 수리검사비, 선박의 안전관리 유지를 위한 일체의 비용, 선용품 등 일체의 선박 보급 및 관련 비용, 선박관리수수료 등(익월 10일 실비 정산) (마) 청구법인과 OOO 간에 체결된 선박관리계약서(Ship Management Agreement)에 첨부된 Ship's Particulars에 의하면, 관련 선박인 OOOOOO OOOOOO, OOOOOO OOOOOOO, OOOOOO OOOOOOOOOO, OOOOOO OOOOOOO는 OOO이 소유한 파나마 선적의 선박인 것으로 나타난다.
(6) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다. 청구법인은 OOO과 선원대리점계약을 체결하였고, 동 계약서의 내용에 따라 선원급여, 수수료, 항공료 등 항목별로 금액을 기재한 청구서를 OOO에 발송하여 이에 대한 대금을 지급받았고, OOOOO과 계약한 선박에 승선한 선원에 대하여 급여지급명세서를 작성하고, 국민연금, 고용보험, 소득세, 주민세를 원천징수하여 신고납부하였으며, 선주와 선원과의 개인별 근로계약에 의한 급여를 개인별 계좌로 입금한 것으로 나타나는바, OOO으로부터 받은 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 과세표준으로 봄이 타당하므로 쟁점급여는 용역제공의 대가가 아니라 OOO과 선원들 간에 체결된 근로계약에 따른 급여를 청구법인이 대신 수령하여 지급한 것으로서 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(7) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 영세율제도는 국제간 무역거래에 있어 소비지국과세원칙에 따라 관세장벽과 수출입 제한을 제거하고 국제무역과 물자교류의 증진을 촉진하기 위한 일반소비세에 대한 국경제 조정방법으로 도입되었고, 수출품목에 대하여 부가가치세를 면제함으로써 가격경쟁력을 확보하여 수출촉진 효과를 기대하기 위한 제도로서 그 적용대상은 수출하는 재화, 국외에서 제공하는 용역, 선박 또는 항공기의 외국항행용역, 그 밖의 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로 구분되고, 그 밖의 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 경우, 다른 영세율 적용대상과 달리 국내에서 거래가 이루어진다는 점에서 차이가 있으나 실질적으로 수출의 효과가 있어 동 거래를 통한 외화획득을 장려하기 위한 조세정책적인 목적으로 영세율을 적용하도록 한 것인바, 청구법인이 OOO과 체결한 선원대리점 계약과 관련된 선박은 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제3호 에 규정된 외국을 항행하는 선박에 해당하고, 선원들은 동 선박에서 근로를 제공하였으므로 외국을 항행하는 선박에 직접 용역을 제공하는 것으로 볼 수 있으며, 청구법인은 OOO으로부터 그 대가를 외화로 수령한 점, 처분청은 청구법인이 2009.2.2. OOO과 체결한 계약에 따라 제공하고 받은 용역의 대가에 대하여는 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급하였으므로 쟁점용역에 대하여도 위와 같은 세금계산서를 발급하였어야 한다는 의견이나, 청구법인이 OOO과 체결한 계약은 선원대리점 계약으로 선박에 선원을 공급하는 계약에 불과하나, OOO과 체결한 계약은 선박관리계약으로 전반적으로 선박을 관리하는 계약이므로 서로 다르고, 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역의 대가는 원칙적으로 영세율 적용대상이지만 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제3호 단서에서 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서의 발급을 선택할 수 있도록 규정하고 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점급여를 부가가치세 영세율 과세대상으로 보아 각 과세기간의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.