쟁점공사대금의 감액 변경계약에 대한 재조사

OOO세무서장이 2012.9.24. 청구법인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2010사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOOO 주식회사에 대한 세금계산서 미교부 공급가액 OOO원이 당초의 하도급공사금액에서 감액하기로 변경한 금액(에누리액)에 해당하는지를 확인․조사한 결과에 따라서 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 OOO에서 철골, 판넬 시공업을 영위하는 업체로, OOO 외 16필지상에 주식회사 OOO의 공장신축공사와 관련하여 2009.11.4. 시공사인 OOO 주식회사와 OOO원(공급가액, 이하 “최초계약금액”이라 한다)의 하도급계약을 체결하였다.
• 나. OOO세무서장은 OOO 주식회사에 대한 현지확인조사에서 청구법인이 최초계약금액 중 OOO원에 대하여만 OOO 주식회사에게 세금계산서를 발행하였고, 나머지 OOO원(이하 “쟁점공사대금”이라 한다)은 신고누락한 것으로 조사한 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 쟁점공사대금에 대해 부가가치세 과세표준 및 법인소득금액에 산입하고 과소신고가산세를 적용하여 2012.9.24. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO 주식회사와 2009.11.4. OOO원(최초계약금액)으로 하도급계약을 하였으나, 청구법인의 부실시공으로 공사완료 전 에누리하여 공사대금을 OOO원(공급가액)으로 하기로 계약을 변경하였고, 변경된 계약에 따라 세금계산서를 적법하게 발행하였으므로 쟁점공사대금을 매출누락한 것으로 보아 부가가치세와 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 OOO 주식회사의 대표이사 정OOO이 작성한 2011.3.10.자 확인서에 의하면, 청구법인과 공사기간 2009.11.5.～2010.2.4., 계약금액 OOO원으로 하여 하도급계약을 체결하였고 매입세금계산서 1매에 OOO원(공급가액)을 정상수취하여 부가가치세를 신고하였으나, 나머지 OOO원(쟁점공사대금)은 공사대금 미지불 등으로 인해 청구법인으로부터 매입세금계산서를 수취하지 못해 부가가치세 신고를 누락한 사실이 있음을 확인한다고 기재되어 있을 뿐 계약 변경에 대한 언급이 없고, 조사과정에서 2010.2.12.자 변경계약서를 제출하지 않다가 이 건 과세처분 이후 제시한 점 등에 비추어 변경계약서의 진위를 인정할 수 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 공장신축공사와 관련한 하도급계약서상 공급가액(OOO원) 중 세금계산서 미교부금액(OOO원, 쟁점공사대금)을 신고누락한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 과세자료처리복명서, 경정결의서등 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 주식회사 경남산업의 공장신축공사와 관련하여 2009.11.4. 시공사인 OOO 주식회사로부터 OOO원의 하도급공사를 수주받고, 2010년 제1기에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발행하였으나 도급자인 OOO 주식회사로부터 나머지 공사대금을 받지 못하자 OOO원(쟁점공사대금)의 세금계산서 발행․신고를 하지 아니하였으며, 처분청은 청구법인이 쟁점공사대금을 신고누락한 것으로 보아 부가가치세 과세표준 및 법인소득금액에 산입하고 과소신고가산세를 적용하여 이 건 부가가치세와 법인세를 경정․고지한 것으로 나타난다. (나) OOO 주식회사의 대표이사 정OOO이 작성한 2011.3.10.자 확인서에는 청구법인과 공사기간 2009.11.5.～2010.2.4., 계약금액 OOO원으로 하여 하도급계약을 체결하였고 매입세금계산서 1매 OOO원(공급가액)를 정상수취하여 부가가치세를 신고하였으나, 나머지 OOO원(쟁점공사대금)은 공사대금 미지불 등으로 인해 청구법인으로부터 매입세금계산서를 수취하지 못해 부가가치세 신고를 누락한 사실이 있음을 확인한다고 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 OOO 주식회사와 2009.11.4. OOO원(최초계약금액)으로 하도급계약을 체결한 것은 사실이나, 청구법인이 20톤의 하중을 받을 수 있는 철골빔을 설치해야 함에도 불구하고 10톤의 하중만을 받을 수 있는 철골빔을 설치하여 발주자인 주식회사 OOO의 공사 중단 요청을 받았고, 주식회사 OOO은 시공사인 OOO 주식회사에게 책임을 물어 당초 계약금액(공급대가) OOO원에서 OOO원으로 변경(감액)계약을 체결하였으며, OOO 주식회사는 그 책임을 다시 철골공사를 시공한 청구법인에게 물어 당초 청구법인과 최초계약금액 중 OOO원(쟁점공사대금)을 할인(에누리) 해줄 것을 요구하였고, 이에 청구법인은 2010.2.10. 쟁점공사대금을 할인해주는 변경계약서를 다시 작성하였다고 주장하면서 국세청 심사청구결정서(OOO, 2012.1.26.), 2010.2.12.자 ‘변경계약서(원본)’, 2010.2.10.자 ‘변경계약에 대한 합의서’ 및 OOO 주식회사 대표이사 정OOO의 확인서(인감증명 첨부) 등을 제시하고 있다. (가) 국세청 심사청구결정서(OOO, 2012.1.26.)에는 주식회사 OOO의 공장신축공사에 관한 설계변경으로 인하여 2010.8.31. 주식회사 OOO과 OOO 주식회사 사이에 공사대금을 감액하고 공사기간을 연장한다는 내용의 변경계약이 체결된 것으로 확인되고, 구체적 변경사항은 다음과 같다. (나) 2010.2.10.자 ‘변경계약에 대한 합의서’ 및 2010.2.12.자 ‘변경계약서’에는 OOO 주식회사와 청구법인간 부실공사로 인하여 공사금액을 감액변경(공급대가 OOO원에서 OOO원으로 변경)하기로 하고, 더 이상 철공공사에 대한 부실공사부분에 대하여 일체의 책임을 묻지 않는 것으로 되어 있고, 정OOO의 확인서에는 위 변경사항이 사실과 같다고 기재되어 있다.

(3) 부가가치세법제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제52조 제2항은 과세표준에 포함하지 아니하는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급에 있어서 그 품질ㆍ수량 및 인도ㆍ공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 하며, 법인세법 제15조 제1항 및 같은 법 시행령 제11조 제1호에는 매출에누리금액은 익금에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 관련법령과 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 부가가치세법 제13조 제2항 은 제1호의 에누리액은 그 품질․수량 및 인도․공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 정하여지면 충분하고 그 발생시기가 재화 또는 용역의 공급시기전에 한정되는 것은 아닌 것(대법원 2002.1.11. 선고 2000두3726 판결 참조)인 바, OOO 주식회사가 제기한 국세청 심사청구결정서(심사부가 2011-0181)에서 주식회사 OOO의 공장신축공사에 대하여 최초 계약금액을 감액하고, 공사기간을 연장하는 변경계약이 체결된 사실이 나타나는 점, 이에 따라 OOO 주식회사는 하도급업체인 청구법인에게 쟁점공사대금을 감액하기로 하는 변경계약 체결을 요구하였을 개연성이 있어 보이고, 청구법인이 그에 대한 입증자료로서 변경계약에 대한 합의서, 변경계약서 및 OOO 주식회사 대표이사 정OOO의 확인서 등을 제시하고 있는 점 등을 감안하면, 최초계약금액에서 감액된 쟁점공사대금에 대하여는 부가가치세 과세표준 및 법인소득금액에서 제외하는 것이 합리적이라 할 것이나, OOO 주식회사의 대표이사 정OOO으로부터 제출받은 2011.3.10.자 확인서에 감액변경계약체결에 관한 내용이 나타나지 아니하는 점, 청구법인이 이 건 과세처분 이후에야 변경계약서 등을 제시한 점 등에 비추어보아 감액변경계약의 체결여부가 불분명한 면도 있으므로, 처분청이 OOO 주식회사와 청구법인간 쟁점공사대금 상당액을 감액하기로 한 변경계약의 체결여부를 다시 확인․조사한 결과에 따라서 과세표준과 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.