쟁점거래가 영세율 적용대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2003.3.10. 개업하여 OOO에서 금융업·은행업 등을 영위하는 법인으로, 2011년 9월부터 2013년 3월까지 축산업 사료인 OOO(이하 “쟁점재화”라 한다)를 OOO법인인 OOO(주)(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 공급(이하 “쟁점거래”라 한다)한 뒤, 쟁점거래에 대하여 조세특례제한법제105조 제1항 제5호 마목을 적용하여 쟁점거래처에 영세율 세금계산서를 교부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점거래처가 조세특례제한법제105조 제1항 제5호의 “농민”에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점거래에 대해 영세율 적용을 부인하여 2013.7.6. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO, 2012년 제1기 부가가치세 OOO, 2012년 제2기 부가가치세 OOO, 2013년 제1기 부가가치세 OOO 합계 OOO 을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점거래처에 쟁점재화를 공급하면서 영세율을 적용하여 세금계산서를 발급하였으나, 쟁점거래처가 쟁점재화를 직접 축산용으로 사용·소비하지 않고 OOO의 원료로 전용함으로써 영세율이 적용되지 않게 된 것으로, 이에 대한 귀책사유는 전적으로 쟁점거래처에 있다 할 것이어서 청구법인에게 영세율 세금계산서 발급의 책임을 묻는 것은 부당하고, 청구법인이 쟁점재화 공급 당시 쟁점거래처가 쟁점재화를 OOO의 원료로 사용할 목적임을 인지하고 있었다 하더라도 확정되지 않은 사실을 예단하여 쟁점거래에 대하여 영세율 적용을 부인하고 일반 세금계산서를 발급할 권한은 없다. 농민에 해당하지 아니하는 자가 영의 세율을 적용하여 쟁점재화를 공급받은 행위 자체가 부정하게 영의 세율을 적용받은 경우에 해당하고, 청구법인이 쟁점재화 공급 당시 쟁점재화의 장래 용도를 미리 인지하지 못하여 세금계산서를 잘못 발행하였다면 응당 쟁점거래처는 수정세금계산서를 교부받았어야 할 것이므로, 조세특례제한법제105조 제2항에 따라 쟁점거래처로부터 부가가치세 및 가산세를 추징하여야 하며, 청구법인에 대한 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 조세특례제한법제105조 제1항 제5호에 따라 대통령령이 정하는 농민에게 사료를 공급하는 경우에만 영세율의 적용이 가능함을 알고 있었고, 영세율 적용시 구매자가 농민에 해당하는지를 확인하여야 할 의무가 있으나, 쟁점거래처가 영세율 적용대상인지를 확인하였다는 점 및 쟁점거래처가 영세율을 적용받기 위해 부정한 방법을 취하였다는 점에 대한 어떠한 증거도 제시하지 못하고 있다. 조세특례제한법제105조 제2항은 축산업 주업법인의 요건에 해당하지 아니하는 법인이 부정하게 영세율을 적용받아 사료 등을 구매한 경우 당해 법인으로부터 감면된 부가가치세액과 가산세를 추징함으로써 축산업 주업법인에 해당하지 아니하는 자가 부당하게 영세율을 적용받는 사례를 방지하기 위하여 신설된 조항으로, 쟁점거래처가 영세율 거래를 위하여 부정한 방법을 취하지 않았고 단순히 청구법인이 착오로 과세거래를 영세율거래로 부가가치세 신고한 본 건의 경우에 조세특례제한법제105조 제2항을 적용하여 쟁점거래처에 부가가치세를 추징함은 타당하지 않으므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점 청구법인과 쟁점거래처 간의 쟁점재화 공급거래에 대해 영세율 적용을 부인하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. <개정 2011.12.31, 2012.6.1, 2013.1.1>

5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법, 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 비료관리법에 따른 비료로서 대통령령으로 정하는 것
• 나. 농약관리법에 따른 농약으로서 대통령령으로 정하는 것
• 다. 농촌 인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 농업용 기계로서 대통령령으로 정하는 것
• 라. 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것
• 마. 사료관리법에 따른 사료(부가가치세법 제12조 에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다)

② 관할 세무서장은 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 아니하는 자가 같은 호 라목 및 마목에 따른 축산업용 기자재 및 사료(이하 이 항에서 “축산업용 기자재 등”이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재 등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재 등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다. (2) 사료관리법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “사료”란 축산법에 따른 가축이나 그 밖에 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 동물·어류 등(이하 “동물 등”이라 한다)에 영양이 되거나 그 건강유지 또는 성장에 필요한 것으로서 단미사료(單味飼料)·배합사료(配合飼料) 및 보조사료(補助飼料)를 말한다. 다만, 동물용의약으로서 섭취하는 것을 제외한다.

2. “단미사료”란 식물성·동물성 또는 광물성 물질로서 사료로 직접 사용되거나 배합사료의 원료로 사용되는 것으로서 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 것을 말한다.

3. “배합사료”란 단미사료·보조사료 등을 적정한 비율로 배합 또는 가공한 것으로서 용도에 따라 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 것을 말한다.

4. “보조사료”란 사료의 품질저하 방지 또는 사료의 효용을 높이기 위하여 사료에 첨가하는 것으로서 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 것을 말한다.

5. “제조업”이란 사료를 제조(혼합·배합·화합 또는 가공하는 경우를 포함한다. 이하 같다)하여 판매 또는 공급하는 업을 말한다.

6. “수입업”이란 사료를 수입하여 판매(단순히 재포장하는 경우를 포함한다. 이하 같다)하는 업을 말한다.

7. “제조업자”란 제조업을 영위하는 자를 말한다.

8. “수입업자”란 수입업을 영위하는 자를 말한다.

9. “판매업자”란 제조업자 및 수입업자 외의 자로서 사료의 판매를 업으로 하는 자를 말한다.

(3) 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조 【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】 ①조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다) 상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민”이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.

1. 개인(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조 제1항 에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다)

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 영농조합법인과 농업회사법인. 다만, 법 제105조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우만 해당한다.

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각 목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업연도 중에 출자지분의 변경으로 다음 각 목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분변경일을 기준으로 한다.

• 가. 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인
• 나. 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자

4. 농업협동조합법에 의한 조합 및 중앙회. 다만, 가축용 사료를 공급받거나 농작업대행 또는 임대용으로 제3조 제3항에 따른 농업기계를 공급받는 경우만 해당한다.

5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민에게 위탁하여 가축을 사육(이하 이 호에서 “위탁사육”이라 한다)하거나 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육(이하 이 호에서 “계약사육”이라 한다)하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림축산식품부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 위탁사육 또는 계약사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 환급현장확인 종결보고(2013년 6월)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 부가가치세 신고내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 부가가치세 신고내역 (나) 처분청의 현장확인내용 및 적출사항을 보면, 청구법인의 영세율 매출내역에 대하여 확인한바, 조세특례제한법제105조의 영세율 적용대상이 아닌 쟁점재화 제조업체인 OOO법인인 쟁점거래처에 영세율로 다음 <표2>와 같이 매출한 것으로 나타나는데, 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면 세 적용 등에 대한 특례규정 시행령 제2조 제1항 제4호 에 서 가축용 사료를 공급받는 농업협동조합법에 의한 조합 및 중앙회에 대해서만 농민으로 보아 영세율을 적용하고 있는바, OOO법인인 쟁점거래처에 납품된 쟁점재화는 원료사료로서 가축용이 아니므로, 모든 거래단계에 부가가치세가 과세되는 과세거래로 영세율 적용대상이 아니라고 되어 있으며, 청구법인의 쟁점재화 매입내역은 다음 <표3>과 같다. <표2> 청구법인의 매출내역 <표3> 쟁점재화 매입내역 (다) 청구법인에 대한 추징예상세액은 다음 <표4>와 같다. <표4> 청구법인에 대한 추징예상세액

(2) 2003 개정세법 해설에 의하면, 축산업 주업법인 외의 법인이 축산업용기자재 구매시 부정하게 영세율을 적용받은 경우 감면세액 등 추징 조항(조세특례제한법 제105조 제2항)을 신설하였고, 그 개정취지는 “축산업 주업법인의 요건에 해당하지 아니하는 법인이 부정하게 영세율을 적용받아 사료 등 축산업용기자재를 구매한 경우 당해 법인으로부터 감면된 부가가치세액과 그 세액의 10%에 해당하는 가산세를 추징함으로써 축산업 주업법인 요건에 해당하지 않는 자가 부당하게 영세율을 적용받는 사례 방지”인 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제출한 청구법인의 대표자 권OOO의 확인서(2013년 5월)에 의하면, 청구법인은 2011년 9월～2013년 3월까지 사업을 영위하면서 OOO법인인 쟁점거래처에 부가가치세 과세대상 품목인 OOO(쟁점재화)를 아래와 같이 공급하면서 착오로 영세율로 매출세금계산서를 교부하여 부가가치세 신고시 영세율매출로 신고하여 부가가치세 신고 납부를 누락하였음을 확인한다고 되어 있다. 아 래

(4) 쟁점거래처의 사업자등록증(2011.1.12.자)에 의하면, 법인명은 OOO법인 OOO, 대표자는 OOO, 개업년월일은 2010.10.19., 법인등록번호는 175711-×××××××, 사업의 종류는 업태는 제조업, 종목은 섬유질사료인 것으로 되어 있다.

(5) 살피건대, 조세특례제한법제105조 제1항 제5호 마목은 사료관리법에 따른 사료(부가가치세법 제12조 에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다)의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 관할 세무서장은 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 아니하는 자가 같은 호 라목 및 마목에 따른 축산업용 기자재 및 사료(이하 이 항에서 “축산업용 기자재 등”이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재 등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재 등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다고 규정하고 있으며, 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조 제1항 제2호는조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다) 상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 OOO법인과 OOO법인으로, 법 제105조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우만 해당한다고 규정하고 있는바, 쟁점거래처는 쟁점재화를 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 업체가 아니라 쟁점재화를 원료로 하여 OOO를 생산하는 제조업체이므로, 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조 제2호에 따라 법 제105조 제1항 제5호의 ‘농민’에 해당하지 아니하여 영세율 적용대상에 해당하지 않는 것으로 보이고, 청구법인이 쟁점거래처와 거래시 교부받은 사업자등록증을 보면 쟁점거래처는 OOO법인이고, 제조업을 영위하는 것으로 기재되어 있어, 청구법인은 거래 당시 쟁점거래처가 OOO를 생산하는 제조업체임을 알고 있었던 것으로 보이며, 청구법인은 쟁점거래처에 부가가치세 과세대상 품목인 쟁점재화를 공급하면서 착오로 영세율로 매출세금계산서를 교부하였다고 확인하고 있으므로, 청구법인에 대한 이 건 과세처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.