쟁점부동산의 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 감정평가액으로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2001.5.1. 개업하여 선박용 엔진부품 제조업을 영위하는 사업자로 2012.4.23. OOO번지 토지 1,815㎡ 및 건물 959.84㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 박OOO(부동산 임대사업자)으로부터 OOO원에 취득하면서, 건물분에 대하여 공급가액 OOO원의 매입세금계산서 1매를 교부받아 2012년 1기 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하여 신고하였다.
• 나. OOO세무서에서 박OOO의 양도소득세 조사시 건물분 공급가액이 OOO원(감정평가액으로 안분) 높게 평가된 것으로 확인하고, 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 높게 평가된 건물분 공급가액 OOO원에 대한 매입세액을 불공제하여 2013.5.16. 청구법인에게 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액 중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우 기준시가 또는 감정평가가액에 따라 안분계 산하도록 되어 있는바, 청구법인과 매도자는 감정가액에 비례하여 건물가액을 확정한다는 계약을 체결한 사실이 없으며, 쟁점부동산 매매계약 서에 ‘건물분에 대한 부가가치세는 별도로 하며, 잔금지급전에 산정한다’는 특약사항을 명시하고, 이에 따라 계약당사자간 토지가액 OOO원, 건물 공급가액 OOO원을 확정하여 건물분 세금계산서를 수수한 것으로서 건물의 실지거래가액이 명백히 구분된 경우라고 할 수 있으므 로, 처분청이 감정가액으로 건물가액을 안분하여 산정한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 건물에 대한 부가가치세를 별도로 하고 잔금지급전에 건물과표를 산정한다는 부동산매매계약서상 특약을 근거로 건물에 대한 실지가액이 명확히 구분됨을 주장하고 있으나, OOO시청의 부동산거래계약신고필증(OOO)상 양도금액은 토지, 건물을 구분하지 않고 일괄하여 OOO원으로 되어있고, 청구법인은 구분되어 거래되었다고 주장하는 건물가액 OOO원에 대해서 객관적인 산정기준을 제시하지 못하고 있으며, 양도일인 2012.4.23. 직전 2012.4.20.에 작성된 공업용부동산 감정평가표라는 객관적인 기준이 있음에도 거래당사 자간 임의로 건물가액을 산정하였고, 그 건물가액이 전체 양도금액에서 차지하는 비율도 51%(=OOO원)로서 감정평가표의 건물가액 비율인 34%(=OOO원)보다 과다한 바, 토지의 가액 과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당되므로 ｢부가가치세법 시행 령｣ 제48조의2【과세표준의 안분계산】에 따라 동 양도건에 대하여 감 정 가액으로 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 산정하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 감정평가액으로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항에 의하면 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하는 것이나, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다고 규정하면서, 제1호에서 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것이나, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면 쟁점부동산의 매매계약서의 양도금액은 토지 및 건물을 일괄하여 OOO원으로 되어 있으며, 처분청이 세금계산서의 건물 공급가액 OOO원의 산정근거를 요구하자 청구법인은 계약금액을 기준시가(토지 OOO원, 건물 OOO원)로 안분계산한 것이라고 하였으나, 건물기준시가 OOO원(처분청에서는 OOO원으로 산정)에 대한 명확한 근거를 제시하지 못하였으며 처분청은 계약금액을 공업용부동산 감정평가표의 감정평가액(토지 OOO원, 건물 OOO원)으로 안분계산하여 건물의 공급가액을 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

(3) 청 구법인은 쟁점부동산 매매계약 서에 ‘건물분에 대한 부가세는 별도로 하며, 잔금지급전에 산정한다’는 특약사항을 명시하고, 이에 따라 계약당사자간 토지가액 OOO원, 건물 공급가액 OOO원을 확정하여 건물분 세금계산서를 수수한 것이므로 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액 이 명백히 구분된 경우라고 할 수 있는 바, 처분청이 감정가액으로 건물가액을 안분하여 산정한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(4) 살피건대, 쟁점부동산의 매매 계약서 상 양도금액은 토지와 건물이 구분되지 않고 일괄하여 OOO원 으로 되어있는 점, 청구법인이 토지와 구분하여 거래하였다는 건물가액 OOO원에 대한 산정기준을 제시하지 못하고 있는 점, 양도일 직전에 작성된 감정평가표가 있음에 도 거래당사자간 임의로 건물가액을 산정하였고, 산정결과도 전체 양 도금액에 대한 건물가액 비율이 51% (=O OO,OOOOOOOOO,OOOO원)로서 감정평가표상의 건물가액 비율인 34% (=OOO원)보다 과다한 점 등으로 볼 때, 처분청이 쟁점부동산의 거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명하다고 보아 감정평가액에 비례하여 토지와 건물의 가액을 안분계산하고 이에 따라 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.