부동산 일괄양도시 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산함은 부 당함

OOO세무서장이 2012.7.20. 및 2012.10.10. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2011년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 가. 청구인은 1994.6.13. OOO공장용지 2,277㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO산업공단으로부터 취득하고 공장건물 2,052.5㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)와 함께 2011.7.11. 안OOO에게 OOO원에 양도한 후, 쟁점토지의 양도가액은 OOO원, 쟁점건물의 양도가액은 OOO원으로 하여 2011.9.26. 양도소득과세표준 예정신고 및 세액 OOO원을 자진․납부하고, 공장건물의 공급가액(OOO 원)을 과세표준으로 하여 2011년 제2기 부가가치세 예정신고 및 세액 OOO원을 자진․납부하였다.
• 나. 처분청은 2012.4.30.～2012.5.18.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 토지와 건물의 양도가액을 임의로 구분계산하여 신고한 것으로 보고, 소득세법제100조 제2항의 규 정에 따라 토지와 건물의 양도가액을 기준시가로 안분 하여 2012.7.20. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세OOO원 및 2012.10.10. 2011년 제2기분 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.17. 이의신청을 거쳐 2013.2.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 토지 OOO원, 건물 OOO원, 합계 OOO원에 양도하고 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부하였으며, 이에 대해 처분청은 청구인이 토지․건물가액을 임의로 안분계산한 것으로 보고 각 자산별 기준시가로 안분계산하여 양도소득세 및 부가가치세를 경정․고지하였는바, 각 자산별 가액의 구분이 불분명한 경우에만 예외적으로 안분계산하여야 하며, 이 건의 경우는 토지와 건물을 함께 양도하면서 먼저 토지가액을 결정한 후, 건물가액을 결정하였으며, 그 것이 거래관행인바, 우선 토지가액을 진량공단에서 거래되는 금액인 평당 OOO원으로 결정함에 따라 토지가액은 OOO원(690평×OOO원), 건물가액은 OOO원으로 안분계산하였고, 토지가액 OOO원을 690평으로 나눌 때 평당 OOO원으로 딱 떨어지는 것을 보더라도 토지가액을 평당 OOO원으로 결정하여 매매한 사실이 확인되며, 건물가액의 변동과정을 보면.1995년 2월에 신축․보존등기한 건물의 건설도급금액이 장부상 OOO원에서 감가상각비누계액 OOO원을 차감하면 OOO원이 되는바, 신축일로부 터 16년이 지난 건물의 가액이 취득가액을 상회하는 금액인 OOO 원이 되는 것은 타당하지 아니하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 매매계약서에 거래당사자들이 합의하여 토지와 건물가액을 구분 표시하였으므로 구분 표시된 토지와 건물가액을 인정하여야 한다는 주장이나, 청구인이 매매계약서상의 토지와 건물가액이 양도당시의 시세를 반영한 정당한 가격임을 주장하기 위해서는 인근 유사 부동산의 매매사례가액 또는 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액 등을 제시하여야 함에도, 청구인은 중개업자 등의 확인서 외에 자산별 구분가액에 대한 명확한 근거를 제시하지 못하고 있는 점, 매수인으로부터 제출받은 쟁점부동산의 계약서 및 부동산거래계약 신고필증과 은행대출용으로 제출된 계약서에는 토지와 건물가액이 구분 표시되어 있지 않아 청구인이 신고한 계약서와 다르게 작성된 점, 쟁점부동산의 토지․건물가액과 인근의 공장용지 및 공장용 건물의 경매당시 평가된 감정평가액(토지의 경우 OOO원)을 비교해 보면, 청구인이 주장하는 토지가액과 상당한 차이가 있는 것으로 확인되는 점, 토지와 건물의 양도가액을 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서상의 금액으로 보는 경우, 쟁점부동산의 양도차익이 기준시가로 안분하여 계산한 산출세액보다 상대적으로 적게(약 67%) 산정되므로 양도소득세의 부담이 줄어드는 이익이 있는 점 등으로 볼 때, 청구인이 제출한 매매계약서상의 특약사항에 구분 표시된 토지와건물의 가액을 매매당시의 자산별 시세가 반영된 합리적인 매매가액으로 인정하기는 어려우므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 일괄양도에 따른 토지 및 건물에 대한 실지거래가액을 부인하고, 가액구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산한 가액으로 양도소득세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부.
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 소득세법제100조 제2항에서 양도차익을 계산할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다고 규정하면서, 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다고 규정하면서 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 대하여 제1호에서 토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되,부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액 이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청의 조사종결보고서 등에 의하면, 청구인은 아래 <표>와 같이 당초 쟁점부동산의 양도가액 OOO원을 쟁점건물 OOO원, 쟁점토지 OOO원으로 구분하여 신고하였으나 처분청에서 이를 임의 구분된 가액으로 보고, 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 따라 토지와 건물의 양도가액을 기준시가(토지: OOO원, 건물: OOO원)로 안분계산 하여 쟁점건물 OOO원, 쟁점토지 OOO원으로 구분하여 양도차익을 산정하고 청구인에게 양도소득세 및 부가가치세를 경정·고지하였다. OOOOOOOOO OOOOO OO O OOOO (OO O OO)

(3) 청구인은 쟁점부동산 거래가액 산정시 거래관행에 따라 먼저 토지가액을 결정한 후 건물가액을 결정하였는바, 우선 토지가액을 진량공단에서 거래되는 금액인 평당 OOO원으로 결정함에 따라 토지가액은 OOO원(690평×OOO원), 건물가액은 OOO원으로 결정하였다고 주장하면서 아래와 같이 쟁점부동산의 매매계약서 및 거래사실확인서를 제출하였다.

(4) 살피건대, 처분청은 청구인이 자의적으로 구분한 쟁점부동산의 건물 및 토지가액은 실지거래가액으로 인정할 수 없다고 보아 기준시가에 의한 안분계산 방법에 의하여 경정․고지하였으나, 청구인은 토지와 건물을 함께 양도하면서 먼저 토지가액을 OOO원(690평×OOO원)으로 경정한 후, 건물가액은 OOO원으로 결정하였으며, 토지가액OOO원을 면적(690평)으로 나눌 때 평당 OOO원으로 딱 떨어지는 것을 보더라도 토지가액을 평당 OOO원에 매매하였다는 주장이고, 쟁점건물은 1995년 2월에 신축․보존등기한 것으로 장부상 가액 OOO원에서 양도당시까지의 감가상각비누계액 OOO원을 차감한 금액은 OOO원이고, 신축일로부 터 16년이 지난 쟁점건물의 가액 OOO 원 은 신축당시의 장부가액(OOO원)을 상회하여 불합리한 점, 당초 은행대출용으로 제출된 계약서에는 토지․건물가액이 구분표시되어 있지 않았다 하더라도 계약일 이후 잔금지급일 및 등기일 이전에 계약서상 특약사항에 구분기재하였으며, 신고등기필증에는 구분기재된 계약서가 첨부되어 있음을 처분청도 확인한 점 등으로 볼 때, 쟁점부동산의 토지와 건물을 함께 양도하면서 거래관행에 따라 먼저 토지가액을 결정한 후 건물가액을 결정하였는데 이는 거래당시의 주변 시세를 반영한 가액(토지가액 OOO원, 건물가액 OOO원)으로 이를 매매계약서에 기재하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 토지 및 건물가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 양도소득세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.