연구인력개발비가 최초로 발생한 과세연도에도 증가발생액 기준에 의해 연구인력개발비세액공제를 적용하는 것은 타당함

OOO세무서장이 2012.11.14. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO로 39번길 54에서 건축자재 도매업을 영위하는 법인(중소기업)으로서 2010사업연도에 최초로 발생한 연구․인력개발비 OOO원에 대하여 세액공제 적용시 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에 따른 세액공제 방식(이하 “초과발생액 기준 세액공제 방식”이라 한다)을 적용하여 OOO,OOO,OOO원을 공제하는 것으로 2010사업연도 법인세 신고를 하였다가, (위 연구․인력개발비 중) OOO원(산업기술혁신촉진법에 의거 수령한 정부출연금 중 연구인력개발비 세액공제 신청액)은 세액공제대상에 해당하지 아니하여 동 지출액에 대해 2012.8.17. 2010사업연도 법인세 OOO원을 수정신고․납부하였다.
• 나. OO지방국세청장은 2012.9.18. 청구법인에게 ‘법인세 공제․감면 사후관리 검토결과 안내’를 하여 연구․인력개발비 최초 발생 사업연도에는 초과발생액에 의한 세액공제 방식을 적용받을 수 없다고 통지하고, 초과발생액에 의한 공제금액 OOO,OOO,OOOO(OOOO,OOO,OOOO O OOO)과 해당연도 발생액에 의한 공제금액 OOO,OOO,OOOO(OOOO,OOO,OOO O OOO)과의 차액(OOO,OOO,OOOO)에 대하여 2012.9.28.까지 수정신고 안내를 하였으나 청구법인이 이에 응하지 아니하였고, 이에 따라 연구․인력개발비가 최초 발생한 사업연도에는 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목의 초과발생액 기준이 적용되는 것이 아니라 같은 호 나목 규정인 해당연도 발생액 기준이 적용된다 하여, 2010사업연도 연구․인력개발비 세액공제를 해당연도 발생액의 25%로 경정하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 그에 따라 처분청은 2012.11.14. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 1999.12월에 설립된 중소기업으로 2010년에 기업부설연구소를 설립하여 최초로 연구․인력개발비가 발생하였고, 2010사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에 따라 직전 4년간 연평균 발생액 초과분의 50%를 세액공제액으로 하는 초과발생액 기준을 적용하여 법인세를 신고납부하였다. 청구법인의 2010사업연도에 최초로 발생한 연구․인력개발비 세액공제에 대하여 처분청이 해당연도 발생액 기준을 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당한바, (당시 시행된) 조세특례제한법 제10조 에서는 세액공제시 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 연구․인력개발비가 지출되지 아니한 경우 초과발생액 기준 적용을 배제한다는 예외규정이 없음에도 청구법인에 대해 해당규정의 적용을 배제함은 위법․부당한 것으로, 청구법인은 당시 조세특례제한법 제10조 규정에 따라 제1항 제3호 가목과 나목 중 같은 호 가목을 선택하여 초과발생액 기준을 적용하여 세액공제를 하였고, 그럼에도 처분청은 직전 4년간 연평균 발생액이 없는 경우 동법 제10조 제1항 제3호 가목을 적용할 수 없다고 보아 이 건 처분을 하였으므로 이는 법률상 근거없이 조세감면요건을 축소하여 납세의무자의 부담을 가중시키는 부당한 처분으로 조세법률주의에 위배된다. 조세특례제한법 제10조 의 입법취지(연구 및 인력개발 촉진) 및 같은 법 시행령 제9조 제3항의 내용 등에 비추어 볼 때, 연구․인력개발비가 해당 과세연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 초과 발생액 기준으로 세액공제를 하는 것이 타당한 것인 등, 해당연도 발생액 기준을 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법」 제10조 제2항 에 의하면 4년간 발생한 연구․인력개발비의 연평균 발생액은 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비 합계액의 평균으로 하고, 이 경우 최초 과세연도 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 연구․인력개발비 합계액을 48월로 환산한 금액을 직전 4년간 발생한 연구․인력개발비의 합계액으로 하는 것인바, 청구법인과 같이 2010 사업연도 최초 발생한 연구․인력개발비의 경우에는 초과 발생액의 비교가 되는 연평균 발생액 자체가 없으므로 해당연도 발생액의 25%를 적용하여야 한다. 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 직전 4년내에 연구․인력개발비가 발생하였다는 것을 전제로 그 연평균발생액을 초과하는 연구․인력개발비에 대해 적용하는 것으로, 기업의 연구․인력개발비 증가 투자를 유도하기 위하여 증가지출분에 대해서는 상대적으로 높은 세액공제율을 적용하도록 하여 차등 운용하고 있는 점을 감안하면 최초로 발생한 연구․인력개발비에 대해서는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없는 것인 등, 해당연도 발생액 기준을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 연구․인력개발비가 최초로 발생한 사업연도에 조세특례제한법 제10조 (연구․인력개발비에 대한 세액공제) 제1항 제3호 가목에 따른 ‘초과 발생액 기준’ 세액공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비" 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】③ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제9조 제3항에 의하면, 내국인이 각 과세연도에 (일반)연구․인력개발비가 있는 경우, 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우 100분의 50)에 상당하는 금액과 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비에 일정 계산식(100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구․인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1)에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제받을 수 있고, 이 경우 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액은｛(당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 개월 수/12)}의 산식으로 계산하되, 일반연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다고 규정되어 있다.

(2) 처분청은 청구법인과 같이 2010 사업연도 최초 발생한 연구․인력개발비의 경우 초과 발생액의 비교가 되는 연평균 발생액 자체가 없으므로 해당연도 발생액의 25%를 적용하여야 하며, 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 직전 4년내에 연구․인력개발비가 발생하였다는 것을 전제로 그 연평균발생액을 초과하는 연구․인력개발비에 대해 적용하는 것으로, 기업의 연구․인력개발비 증가 투자를 유도하기 위하여 증가지출분에 대해서는 상대적으로 높은 세액공제율을 적용하도록 하여 차등 운용하고 있는 점을 감안하면 최초로 발생한 연구․인력개발비에 대해서는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없다고 주장하며, 기존 예규의 경우 연구인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구인력개발비가 없을 경우에는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없다는(서면2팀-615, 2008.4.4 등) 내용 등이 기재된 청구법인 관련 ‘보정사항 검토조서’(OOO지방국세청) 등을 제시하였다.

(3) 청구법인은 조세특례제한법 제10조 에서는 세액공제시 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 연구․인력개발비가 지출되지 아니한 경우 초과발생액 기준의 적용을 배제한다는 예외규정이 없음에도 청구법인에 해당규정의 적용을 배제함은 부당하다며, 사단법인 한국산업기술진흥협회장의 기업부설연구소 인정서(2010.2.5.), 조세심판 결정례(조심 2011서4790, 2012.9.19.) 등을 제출하였다.

(4) 관련 법령 등을 종합하여 보면, 처분청은 연구․인력개발비가 최초로 발생한 청구법인의 2010사업연도에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 초과발생액 기준을 적용할 수 없다는 의견이나, 조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비의 세액공제 제도의 취지와 동 규정이 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점, 그 시행령에서도 이러한 비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간 중 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니하고 해당 과세연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 초과발생액으로 보아 세액공제를 하는 것이 타당하다 할 것이다(대법원 2010.4.29. 선고 2009두22454 판결, 조심 2011서4790, 2012.9.19. 등 참조). 따라서 청구법인이 2010사업연도에 최초로 발생한 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목의 초과발생액 기준이 적용되지 아니하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다..