조세특례제한법 제99조의3에 따른 감면소득 계산방법 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.2.17. 취득한 OOOOO OOO OOOOO OO-O OOOOO OOOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 OO OOO OOO OOOOO OO OOO OOOOOOOOO OOOO OOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 청산금 OOO을 납입하고 취득(사용승인일: 2003.8.30.)하여 2009.8.10. 이를 양도한 후, 2009.10.31. 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득(사용승인일) 후 5년이 되는 기간까지의 양도소득금액에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 2013.5.24. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.24. 이의신청을 거쳐 2013.11.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 종전주택(토지 24.8㎡, 건물 53.19㎡)을 소유한 조합원으로서 재개발사업에 참여하여 청산금을 추가 납입하고 신축주택(토지 18,605.9분의 46.38㎡, 건물 148.45㎡)을 취득하여 주택부수토지가 종전보다 21.58㎡만큼 증가하였는바, 종전주택은 관리처분계획인가에 의거 권리가액으로 평가되어 재개발입주권에 일체화되었다고 볼 수 있으며, 이 재개발입주권에 추가부담금(청산금)이 더해져서 비로소 완성된 신축주택으로 형질이 변경되었다고 볼 수 있다. 청산금 납부분은 종전주택을 초과하여 취득하기 위해 납부하는 금액으로서 이에 대응하는 종전주택부분 자체가 없으므로 신축 전의 양도차익이 존재하지 않는바, 종전주택의 양도소득금액만을 감면배제하기 위해서는 종전주택의 양도소득금액만을 별도로 산정해야만 정확한 계산이 가능하다. 또한, 청산금을 납부한 경우로서 주택부수토지가 종전보다 증가한 경우는 이를 새로운 취득으로 간주하여 환지 및 비과세 여부를 판단하듯이 청산금 납부분 만큼은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 100%를 감면하여야 함에도 처분청이 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세의 감면대상소득금액 계산시 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 감면대상 소득금액을 계산하여 과세한 처분은 부당하여 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제100조 및 같은 법 시행령 제166조는 양도차익을 관리 처분인가일 전 종전주택분 양도차익과 관리처분 인가일 후 종전주택분 양도차익과 청산금 납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정인바, 소득세법 시행령제166조의 양도차익을 산정함에 있어 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득금액 산정 방법을 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득금액을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조특 법제99조의3)를 적용함에 있어 감면 소득금액을 청산금 납부분과 종전 주택분으로 구분하여 계산하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100 분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조 세특례제한법 시행령(2001.8.14. 대통령령 제17336호로 개정된

• 것) 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택 의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용 하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득 기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택 취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (4) 소득세법 (2006.12.30. 법률 제8144호로 개정된 것) 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 소득세법 시행령 (2008.2.2. 대통령령 제20618호로 개정된 것) 제166조【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리 처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비] × (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축 주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도 차익”이라 한다) ＋ {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수 토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금)] ＋ 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

제1항 제2호에 따른 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지 의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 기존건물과 그 부수토지의 평가액 × 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 제1호의 규정에 의한 기준시가 관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 제1호의 규정에 의한 기준시가

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획인가일 전후”로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제 하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 의 보유기간: 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호 의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물 의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축 건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축 건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 양도한 신축주택은 OOO에 종전주택을 출자하고 2001.7.27. 재개발조합원으로서 분양받은 것으로서 조특법 제99조의3의 ‘신축주택 취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)’내에 조합원(199세대) 외의 자와 잔여주택(228세대)에 대한 일반분양(계약기간: 2001.7.25.～2001.7.27.)이 이루어진 것이 확인되는 ‘양도소득세 과세특례’가 적용되는 신축주택에 해당된다. (나) 청구인은 2009.8.10. 신축주택을 OOO에 양도하고, 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호의 ‘청산금을 납부한 경우’의 양도차익 계산방법(청산금 납부분 양도차익 OOO과 기존건물 분 양도차익 OOO으로 구분계산)에 따라 전체 양도차익을 OOO, OOO,OOOO으로 계산하고 장기보유특별공제액OOO을 차감한 OOO,OOO,OOOO을 양도소득금액으로 산정한 후, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 후 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액 OOO에 상당하는 감면세액 OOO을 산출세액에서 차감하는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다. (다) 처분청은 청구인이 신고한 양도차익OOO에서 장기보유특별공제액 OOO을 차감한 OOO을 양도소득금액 으로 산정한 후, 종전주택의 취득일(2000.2.17.)부터 신축주택의 취득일 전일(2003.8.29.)까지의 양도소득금액에 대하여는 조특법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하고, 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액[조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 OOO에서 신축주택 취득당시 기준시가{신축주택 취득당시 기준시가가 고시되지 아니하여 최초고시일(2004.4.30.) 현재 기준시가OOO를 토대로 환산한 것}] OOO을 차감한 금액을 분자로, 신축주택 양도당시 기준시가 OOO에서 종전주택 취득당시 기준시가 OOO을 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액 OOO을 곱하여 산출된 OOO을 감면소득금액으로 하여 동 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방법으로 이 건 양도소득세 과세표준과 세액을 산정하였다.

(2) 조특법 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우에는 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함 한다)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 그 산식으로 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있다.

(3) 이 건 신축주택은 청구인이 종전주택을 주택재개발조합에 출자하고 청산금을 납부하면서 취득한 것으로서, 청구인은 신축주택의 양도에 따른 양도차익을 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호의 ‘청산금을 납부한 경우’의 양도차익 계산방법에 따라 실지거래가액에 의한 양도차익을 청산금 납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분계산하여 이 건 양도소득세를 신고하였으며, 처분청도 같은 방법으로 양도차익을 계산하여 청구인의 신고양도차익과 처분청의 경정양도차익이 OOO으로 일치하고, 청구인도 이 부분에 대하여는 다투지 아니한다. 청구인은 이 건 신축주택이 청산금을 납부하고 취득한 것으로서 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세의 감면대상 소득금액을 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 산출할 때 청산금 납부분 양도차익과 그 외의 양도차익으로 구분하여 적용하여야 하고, 청산금 납부분은 새로운 취득에 해당하므로 동 양도소득에 대하여는 양도소득세를 100% 감면하여야 한다고 주장한다. (4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 본다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392, 같은 뜻임). (나) 청구인은 종전주택분과 청산금납부 취득분을 구분하여 감면소득을 계산(청산금납부 취득분은 소득금액을 100% 감면)하여야 함에도 전체소득금액을 대상으로 조특법 시행령 제40조 제1항 산식을 준용하여 감면대상소득을 계산한 것은 불합리하다고 주장한다. (다) 살피건대, 양도차익의 산정에 관한 규정인 소득세법 시행령제166조는 소득세법제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우에 전체양도차익을 관리처분인가일을 기준으로 관리처분인가일전 종전주택분 양도차익과 관리처분인가일후 종전주택분 양도차익과 청산금 납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정인바, 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 이 조문(소득세법 시행령제166조)를 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이므로 청구인의 주장을 받아들이기 어려운 반면, 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도한 신축주택에 대하여 조특법 시행령 제99조의3 제2항에 따라 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정한 방법을 준용하여 계산한 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.