조세심판원 심판청구 법인세

유예기간의 적용을 배제하고 중소기업특별세액감면을 부인하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2013-광-4921 선고일 2014.05.21

공정거래위원회가 청구법인을 지배하는 회사에게 청구법인에 대한 출자지분을 처분하도록 하는 등의 시정명령을 한 사실이 확인되고, 그 시정명령은 성질상 상호출자제한기업집단으로의 지정・통지보다 더 적극적인 조치로 보이며, 청구법인에게 가산세 감면에 대한 정당한 사유를 인정하기 어려우므로 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없음.

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1999.1.15. 설립되어 카본블랙 및 기타 기초무기화합물의 제조 및 판매업 등을 영위하는 법인으로서, 2005사업연도까지는 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제5조 제1항에 따른 중소기업 요건을 충족하여 중소기업에 대한 특별세액 감면을 받아 왔고, 2006사업연도에는 매출액이 OOO을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으며, 이후에는 유예기간 규정을 적용하여 2006사업연도 및 이후 3개 사업연도인 2009사업연도까지 법인세를 신고하면서 중소기업특별세액감면을 받았다.
  • 나. 국세청은 OOO에 대한 감사결과, OOO 주식회사(종전 상호는 OOO 주식회사로 2009년에 현재의 상호로 변경하였으며, 이하 “OOO”라 한다)가 2006년 3월경 지분 66.75%를 출자하여 지주회사인OOO를 설립하고, 그 자회사를 통해 연속적으로 청구법인의 지분 85%를 소유한 청구법인의 모회사를 지배하게 되어 청구법인이 OOO가 속한 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 “공정거래법”이라 한다)의 상호출자제한기업집단에 속하게 되었으므로 청구법인은 2006사업연도부터 중소기업의 독립성 요건을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 아니한다는 감사지적을 하였다.
  • 다. 이에 처분청은 2013.9.12. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO 2009사업연도 법인세 OOO 2009사업연도 농어촌특별세 OOO을 각 경정·고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) OOO는 2006년 OOO가 속한 기업집단을 상호출자제한기업집단으로 지정(당시에는 OOO 기업집단)하였고, 그 이전과 이후에도 매년 상호출자제한기업집단으로 지정하여 왔으나, OOO의 시정명령에 따라 2009년 말경 OOO의 지분을 전부 처분할 때까지 청구법인을 상호출자기업집단에 속하는 회사로 포함시킨 사실이 없고, 청구법인에게 상호출자제한기업집단의 지정이나 그 소속회사의 변동내용을 통지하지도 아니하였다. 이와 같이 청구법인은 2006사업연도에 상호출자제한기업집단의 지정 또는 그 소속회사의 변동내용을 통지받은 사실이 없어 상호출자제한기업집단에 속하는 회사가 아님이 분명하므로, 청구법인은 중소기업 유예기간규정에 따라 2006사업연도부터 2009사업연도까지 중소기업에 해당하므로 과세처분은 위법하여 취소되어야 한다. 공정거래법 제14조의2 제1항 은 “공정거래위원회는 상호출자제한기업집단등의 계열회사로 편입하거나 계열회사에서 제외하여야 할 사유가 발생한 경우에는 당해 회사의 요청이나 직권으로 계열회사에 해당하는지 여부를 심사하여 계열회사로 편입하거나 계열회사에서 제외하여야 한다”라고 규정하고 있는바, 이는 상호출자제한기업집단에 속하는 회사인지 여부는 OOO의 심사 및 판단에 따라 결정되는 것임을 분명히 한 것이다. 또한 공정거래법 제14조 제1항 및 같은 법 시행령 제21조 제2항은 상호출자제한기업집단을 지정 또는 지정 제외하는 경우에는 그러한 사실을 기업집단에 속하는 회사 등에 서면으로 통지하도록 규정하고 있는바, 이러한 통지는 단순한 확인적 행위가 아니라 상호출자제한기업집단 소속회사로서의 법률효과를 발생시키는 형성적 행위라 할 것이고(공정거래법, OOO, 법문사, 179∼180쪽), 공정거래법 제14조 제2항 에서 “제9조(상호출자의 금지 등), 제10조의2(계열회사에 대한 채무보증의 금지), 제11조(금융회사 또는 보험회사의 의결권 제한) 및 제13조(주식소유현황등의 신고)의 규정은 제1항에 의한 통지를 받은 날부터 적용한다”라고 규정하고 있음에 비추어 소속회사에 대한 통지에 형성적 효과가 있음을 간접적으로 규정하고 있다. 이처럼 OOO가 특정한 법인이 상호출자제한기업집단에 속하는지 여부를 ‘심사‧판단’한 후 이를 해당 법인에 ‘통지’한 때에 비로소 해당 법인이 상호출자제한기업집단 소속회사에 해당하게 되는 것이므로, 이러한 심사·판단 및 통지 등의 절차를 고려하지 아니한 ‘실질적으로 상호출자제한기업집단에 속하는 법인’이라는 개념은 상정할 수 없으며, 과세관청이 실질과세의 원칙을 들어 상호출자제한기업집단 소속회사 여부를 임 의로 판단하는 것은 위와 같은 공정거래법령 및 조세법률주의에 반하여 허용되지 않는다.

(2) OOO는 청구법인에게 상호출자제한기업집단의 지정 또는 그 소속회사의 변동내용을 통지한 사실이 없고, 청구법인은 2006사업연도부터 2008사업연도 법인세와 관련하여 매년 중소기업특별세액감면을 신청하였으나 처분청은 이를 부인하지 아니하였으며, 청구법인이 2009사업연도에 착오로 중소기업특별세액감면을 신청하지 아니하였다가 2012년 10월경 경정청구를 하였음에도 처분청은 2012.12.18. 경정청구를 받아들여 2009사업연도 법인세에 대하여 중소기업특별세액감면을 적용하였는바, 이와 같은 사정은 청구법인이 위 4개 사업연도의 중소기업특별세액감면과 관련하여 납세의무 불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하므로 적어도 가산세의 부과처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) OOO의 지배구조 및 OOO 주식 처분명령 관련 OOO는 아래 <그림>과 같이 2006년 3월경 OOO과 함께 청구법인의 모회사인 OOO을 설립(OOO 지분 66.75%, OOO 지분 33.25%)하였고, 이후 OOO은 지분 100%를 출자하여 OOO를 설립하였으며(이하 OOO이라 한다), OOO은 당시 세계 3위의 카본블랙 생산업체인 OOO 회사인 OOO의 주식 100%를 취득하였고 OOO의 자회사인OOO은 청구법인의 주식 85%를 소유하였다. <그림> OOO 등의 지배구조 OOO OOO는 OOO의 상기와 같은 출자 및 지배에 대하여 공정거래법 시행령 제12조 의 규정에 의한 특수관계인 간의 기업결합에 해당한다고 보아 2006.8.7. OOO로 하여금 청구법인에 대한 보유지분을 특수관계인이 아닌 제3자에 매도하도록 시정명령하였고(OOO는 종전에 OOO에 청구법인과 같은 업종의 법인을 가지고 있었고, 2006년 3월 모회사의 청구법인에 대한 투자로 인하여 OOO에 있는 청구법인을 소유하게 되어 국내 카본블랙 및 관련 무기화합물 시장에서 독과점이 형성됨), OOO 등은 시정명령에 대한 취소 소송을 제기하였으나 2008.5.28. OOO에서 패소하였다(2006누21148 판결).

(2) OOO의 상호출자기업집단 계열회사로의 지정 및 통지가 없었으므로 청구법인이 중소기업에 해당한다는 주장에 대하여 (가) 중소기업특별세액감면의 취지는 기장능력이 부족하거나 세무지식이 적어 조특법상 세액공제, 소득공제, 준비금, 특별상각등 각종 지원제도를 활용하지 못하는 영세기업에 실질적인 감면혜택을 부여하기 위한 것으로, 대기업집단에 소속되어 중소기업으로서의 독립성 요건에 부합하지 아니하는 청구법인이 중소기업특별세액 감면혜택을 받는 것은 상호출자기업집단 계열회사의 지정과 관련한 법의 허점을 악용한 조세형평의 원칙에 반하는 행위라 할 것이다. (나)국세기본법제14조는 명칭이나 형식에 관계없이 실질에 따라 과세하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 OOO로부터 직접적 지정과 통지가 없었기에 중소기업 특별세액감면을 받았다고 주장하나 지정과 통지만 없었을 뿐이지 실질적으로 상호출자제한기업집단에 해당함이 명백한 청구법인은 조특법에서 정하는 소유와 경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못해 중소기업이 아니다. (다) 상호출자제한기업집단에 속하는 기업은 OOO의 지정과 통지로 이루어지기는 하나, OOO는 OOO로 하여금 OOO의 지분을 1년 내에 매도하라는 시정명령을 이미 내린 상태에서 명령의 이행시 더 이상 특수관계가 아닌 기업을 상호출자제한기업집단으로 지정할 필요가 없었던 사정이 있으므로, 청구법인의 중소기업 해당 여부를 판정함에 있어 OOO의 지정과 통지를 중요한 요건으로 보아야 할 이유가 없고 실질적인 중소기업의 해당 여부에 의하여야 할 것이다. (라) 위에서 본 바와 같이 청구법인은 자신이 상호출자제한기업집단 내 대기업에 속하는 기업으로서 중소기업이 아니라는 사실을 미리 인지하고 있었고, 조특법에서 정하는 실질적인 중소기업에 해당하지 아니하므로 실질과세의 원칙에 따라 청구법인이 2008사업연도부터 2009사업연도까지 감면받은 중소기업특별세액감면을 부인한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 의무해태와 관련하여 정당한 사유가 있어 가산세 부과가 부당하다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 청구법인이 상호출자제한기업집단 지정 및 통지를 받지 못했다는 점은 가산세의 면책사유로서의 정당한 사유로 볼 수 없으며, 가산세는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지는 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

(1) 상호출자제한기업집단으로 지정·통지가 없어 독립성 요건에 부합하므로 중소기업에 해당한다는 청구주장의 당부

(2) 가산세 부과와 관련한 정당한 사유가 있어 이를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. (2) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, (중 략)노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업 및 제6조 제4항의 규정에 따른 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이

중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. (단서 및 각호 생략) (4) 중소기업 기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업 [별표 2] 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준

1. 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식(괄호 생략) 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

(5) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “기업집단”이라 함은 동일인이 다음 각목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다. (각목 생략)

3. “계열회사”라 함은 2이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다. 제9조【상호출자의 금지등】① 일정규모 이상의 자산총액 등 대통령령이 정하는 기준에 해당되어 제14조(상호출자제한기업집단등의 지정) 제1항의 규정에 따라 지정된 기업집단(이하 “상호출자제한기업집단”이라 한다)에 속하는 회사는 자기의 주식을 취득 또는 소유하고 있는 계열회사의 주식을 취득 또는 소유하여서는 아니된다. (이하 생략) 제14조【상호출자제한기업집단등의 지정 등】① 공정거래위원회는 대통령령이 정하는 바에 의하여 상호출자제한기업집단, 출자총액제한기업집단 및 채무보증제한기업집단(이하 “상호출자제한기업집단등”이라 한다)을 지정하고 동기업집단에 속하는 회사에 이를 통지하여야 한다.

② 제9조(상호출자의 금지등) 내지 제11조(금융회사 또는 보험회사의 의결권 제한) 및 제13조(주식소유현황등의 신고)의 규정은 제1항의 규정에 의한 통지를 받은 날부터 적용한다. 제14조의2【계열회사의 편입 및 제외등】① 공정거래위원회는 상호출자제한기업집단등의 계열회사로 편입하거나 계열회사에서 제외하여야 할 사유가 발생한 경우에는 당해회사(당해회사의 특수관계인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 요청이나 직권으로 계열회사에 해당하는지 여부를 심사하여 계열회사로 편입하거나 계열회사에서 제외하여야 한다. 제14조의3【계열회사의 편입·통지일의 의제】공정거래위원회는 제14조(상호출자제한기업집단등의 지정 등)제4항 또는 제14조의2(계열회사의 편입 및 제외 등) 제2항에 의한 요청을 받은 자가 정당한 이유없이 자료제출을 거부하거나 허위의 자료를 제출함으로써 상호출자제한기업집단등의 소속회사로 편입되어야 함에도 불구하고 편입되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 날에 그 상호출자제한기업집단등의 소속회사로 편입·통지된 것으로 본다. 제16조【시정조치】① 공정거래위원회는 제7조(기업결합의 제한)제1항 및 제3항, 제8조의2(지주회사 등의 행위제한 등) 제2항 내지 제4항, 제8조의3(채무보증제한기업집단의 지주회사 설립제한), 제9조(상호출자의 금지등), 제10조(출자총액의 제한)제1항, 제10조의2(계열회사에 대한 채무보증의 금지) 제1항, 제11조(금융회사 또는 보험회사의 의결권 제한) 또는 제15조(탈법행위의 금지)의 규정에 위반하거나 위반할 우려가 있는 행위가 있는 때에는 당해 사업자[제7조(기업결합의 제한) 제1항 제1호 또는 제5호에 위반한 경우에는 기업결합 당사회사를 말한다] 또는 위반행위자에 대하여 다음 각호의 1의 시정조치를 명할 수 있다. 이 경우 제12조(기업결합의 신고) 제6항 단서의 규정에 의한 신고를 받아 행하는 때에는 동조 제7항의 규정에 의한 기간내에 이를 하여야 한다.

1. 당해 행위의 중지

2. 주식의 전부 또는 일부의 처분

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 중소기업기준 검토표에 의하면 2006사업연도에 매출액이 OOO이 되어 중소기업 기준인 OOO을 초과한 것으로 나타난다.

(2) OOO 상호출자제한기업집단 등 지정 현황(2006.4.14.)을 보면 OOO 기업집단(OOO가 속한 기업집단의 종전 명칭)에 속한 계열회사의 수는 19개이고, 청구법인은 포함되지 아니한 것으로 되어 있고, 2007년 이후 발표된 OOO의 지정 내용을 보아도 청구법인은 상호출자제한 기업집단으로 지정되지 아니하였다.

(3) OOO는 2006년 3월경 위 <그림>과 같은 출자구조를 통해 청구법인의 주식 85%를 지배하게 되었고, 공정거래위원회는 OOO의 이러한 출자 및 지배에 대하여 공정거래법 시행령 제12조 의 규정에 의한 특수관계인 간의 기업결합에 해당한다고 보아 2006.8.7. OOO로 하여금 청구법인에 대한 보유지분을 특수관계인이 아닌 제3자에 매도하도록 시정명령하였고(OOO는 종전에 OOO에 청구법인과 같은 업종의 법인을 가지고 있었고, 2006년 3월의 모회사의 청구법인에 대한 투자로 인하여 OOO에 있는 청구법인을 소유하게 되어 국내 카본블랙 및 관련 무기화합물 시장에서 독과점이 형성됨), OOO 등은 시정명령에 대한 취소 소송을 제기하였으나 2008.5.28. OOO에서 패소(2006누21148 판결)한 사실이 심리자료에 나타난다.

(4) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴보면, 청구법인은 상호출자제한기업집단으로 지정·통지되지 아니하여 독립성 요건에 부합하므로 중소기업에 해당한다는 취지로 주장하나, OOO가 청구법인을 상호출자제한기업집단(OOO)에 속하는 계열회사로 지정하거나 통지한 사실이 없으나 당시의 출자 및 지배구조에 비추어 청구법인은 OOO의 지배(85%)를 받고 있어 그 경제적 실질이 상호출자제한기업집단에 속하는 경우와 같으므로 중소기업으로서의 독립성 요건을 상실한 것으로 보는 것이 합리적인 점, OOO가 OOO 등으로 하여금 청구법인에 대한 출자지분을 처분하는 등의 시정명령을 한 사실이 확인되는바, 이러한 시정명령은 OOO의 기업결합 신고에 대해 OOO가 이를 심사하여 결정한 것으로서 청구법인이 상호출자제한기업집단에 속함을 전제로 한 것으로 보이고, OOO의 독과점 해소를 위한 시정명령은 그 성질상 상호출자제한기업집단으로의 지정․통지보다 더 적극적인 조치로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구법인은 처분청이 중소기업특별세액 감면의 적용을 용인해 왔고 상호출자제한기업집단으로 지정․통지된 사실도 없어 가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, OOO의 시정명령 및 이후 OOO의 소송제기 사실 등에 비추어 OOO가 지배권을 취득한 이후 시점부터는 청구법인이 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사실을 알 수 있었던 것으로 보이고, 그 밖에 가산세 감면에 관한 정당한 사유를 인정하기에 제시된 증빙이 부족해 보이는 점 등에 비추어 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)