조세심판원 심판청구 법인세

영업권을 신축사옥과 별도의 자산으로 보아 비상장주식 보충적평가시 순자산가액에 포함하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

사건번호 조심-2013-광-4450 선고일 2014.06.27

처분청이 쟁점주식 평가시 쟁점영업권의 가액을 별도로 순자산가액에 가산하고 쟁점주식의 저가양도로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2003.6.30. 설립되어 OOO 제조 및 판매업을 영위하여 온 상장법인이고, 2010.2.17. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 보유중이던 비상장법인인 OOO사옥 주식회사(이하 “OOO사옥”이라 한다)의 발행주식 OOO(총 발행주식의 80%이고 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 매도하면서, 사업개시 후 3년 미만이었던 쟁점주식을 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)의 보충적 평가방법(순자산가치로만 평가)에 의해 평가하여 1주당 OOO을 거래가액으로 하였다.
  • 나. 한편, OOO사옥은 2005.4.13. 청구법인 등 OOO그룹 계열사가 그룹사옥으로 사용할 건물을 신축·취득하기 위하여 설립되었고, 2005.4.18.경 OOO 등의 사옥예정부지에서 OOO이라는 명칭으로 사업을 진행하고 있던 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 사업부지 지상에서 건물을 신축하는 사업의 시행권을 OOO에 인수하는 계약을 체결하여 2009년 12월경까지 OOO을 지급하였으며, 이와 같이 사업시행권을 인수하고 공사를 진행하던 OOO 주식회사로부터 건설중인 자산을 매입하는 등으로 그룹사옥 신축공사를 진행하여 2008.10.10. 지하 8층 지상 29층의 그룹사옥을 신축하여 사용승인을 받았으며, 위 사업시행권 OOO은 재무제표에 영업권으로 회계처리한 후 감가상각하여 왔다.
  • 다. 국세청은 OOO국세청에 대한 감사를 실시하여 쟁점주식 양도 당시 OOO사옥의 재무제표에 계상되어 있던 영업권 OOO(위와 같이 지급한 OOO을 감가상각한 후 남은 잔액으로 이하 “쟁점영업권”이라 한다)은 토지·건물 등의 부동산과는 별개로서 쟁점주식 보충적 평가시 순자산가액에서 누락되었고, 이에 따라 재산정한 쟁점주식의 1주당 가액은 OOO으로 총 평가액은 OOO이라고 감사지적하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 쟁점주식을 저가로 양도(처분청 평가액 OOO 청구법인 거래가액 OOO)한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 그 차액 OOO을 익금에 산입하여 2013.7.3. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO(2010·2011사업연도 결손)을 경정·고지하였다(과세처분에는 청구법인이 보충적평가시 누락한 비품의 순자산가액 OOO이 포함되어 있으나 청구법인은 다투지 아니한다).
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점영업권은 OOO계열사 사옥 신축에 소요된 부대비용이므로 건물이 완공된 이후에는 별도의 가치가 없고 건물의 취득원가에 포함되어야 하는 비용이므로 실질 내용에 비추어 별도의 순자산가액으로 평가할 수는 없다. 쟁점영업권을 건물이 완공된 이후에도 영업권으로 처리한 것은 단순한 OOO사옥의 회계처리 오류에 불과하므로 이에 따라 순자산가치 평가액이 달라지는 것은 타당하지 아니하다.

(2) 청구법인은 쟁점주식을 평가하면서 아래 <표>와 같이 OOO사옥이 보유한 사옥건물을 OOO의 감정가액인 OOO으로 평가(작성일자 2010.2.17.)하였고, 이는 사옥건물과 불가분의 관계에 있는 쟁점영업권 등을 모두 반영하여 감정한 것이므로 쟁점영업권을 별도의 자산으로 분류하여 그 가액을 추가로 가산한 것은 중복과세에 해당하므로 부당하다. <표> 평가내역 비교 OOO

(3) 상증법 시행령 제54조 제4항에 의하면 순자산가치로만 주식의 가치를 평가하는 경우에는 영업권가액은 순자산가액에 포함되지 아니하므로 설령 쟁점영업권 평가액이 있는 경우에도 순자산가액에 가산할 수 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 부지매입과 관련하여 원소유자들의 동의 및 관할관청의 인ㆍ허가 등의 대가를 포함하여 사업시행권을 포괄적으로 OOO로부터 인수하고 OOO을 지급한 것이므로 건물신축을 위한 부대비용으로 보아야 한다고 주장하나, 타인으로부터 영업권 및 기타의 영업용고정자산을 포괄적으로 양수한 경우에도 영업권 및 기타 각 자산의 취득가액은 각 자산별로 구분하여 계산하여야 하므로(법인세법 기본통칙23-24···2), 쟁점영업권을 별도의 자산으로 구분경리하여야 함이 명백하고, 사업권의 대가로 토지가액과 별도의 대가를 구분하여 지급한 경우로써 독립된 가치로 인정되어 영업권에 해당되는 경우에는 토지의 취득 부대비용에 포함하지 아니하는 것이며(서면2팀-47, 2005.1.6), OOO사옥이 관련 약정서(2005.3.7. 체결)의 내용과 같이 토지의 취득가액과 독립된 가치로 인정되는 시행권을 취득하고 장부에 쟁점영업권을 계상한 사실이 확인되므로 건물의 취득가액과 별개로 보아 순자산가액에 가산한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 쟁점영업권을 사옥건물의 평가액에 화체(化體)되어 함께 평가하였으므로 부동산과 분리되어 평가 될 수 없다고 주장하고 있으나, 양수자산과는 별도로 양수사업에 관한 허가ㆍ인가 등 법률상의 지위는 영업권에 해당하고(법인세법 시행규칙제12조 제1항 제1호), 독립된 가치가 인정되는 영업권은 토지의 취득가액에 포함되지 않으므로 별도의 자산으로 보아야 한다고 일관되게 해석하고 있으며, 시행권을 취득하여 신축한 OOO사옥 건물의 당초 감정평가서(2010.2.17.작성)를 검토한 결과 시행권에 대한 언급이 전혀 없음이 확인되고, 청구법인이 제시한 “시행권은 부동산 평가에 포함된 것으로 보아야 한다”는 감정평가법인의 의견은 세법적용 기준과는 상이하며, 영업권은 자산성 유무에 불구하고 자산에서 차감해야 한다는 규정도 없으므로 영업권을 별도의 자산으로 본 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 순자산가치로만 주식가치를 평가하는 경우 영업권평가액은 자산가액에 포함되지 아니한다고 주장하나, 주식평가와 관련하여 보유재산을 평가할 때는 시가를 원칙으로 하고, 당해 법인이 다른 회사로부터 매입하여 장부에 계상하고 있는 무체재산권의 가액은 자산가액에 포함하는 것이며 시가를 산정하기 어려운 때에는 매매사례가액 또는 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비를 차감한 가액에 의하므로 청구주장은 이유 없다. “영업권평가액은 자산가액에 포함되지 않으므로 순자산가액에 가산할 수 없다”라는 의미는 사업개시일로부터 3년 미만인 법인과 휴․폐업중인 법인 등의 경우 정상적인 영업활동이 이루어지지 못하기 때문에 수익력 측정이 되지 않으므로 순자산가치로만 평가하고 영업권은 별도로 평가하지 않는다는 뜻이지, 쟁점영업권과 같이 영업상의 이점에 대한 대가를 지불하고 다른 회사로부터 유상으로 매입하여 장부상 계상하고 있는 무체재산권의 가액은 자산성이 있어 순자산가액에 가산되는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 공사가 진행중이던 사업의 시행권을 취득하여 그 지상에 사옥건물의 신축을 완료하고 그 사업시행권을 별도의 영업권으로 회계처리한 경우 영업권(사업시행권)을 신축사옥과 별도의 자산으로 보아 비상장주식 보충적평가시 순자산가액에 포함하여야 하는지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청이 광주지방국세청에 대한 종합감사를 실시하고 그 결과로 2013.6.14. 처분을 지시한 관련내용을 보면, OOO사옥의 2009사업연도말 재무상태표의 영업권 OOO과 비품 OOO을 순자산가액에서 제외하고 평가한 결과 주당 OOO이 저평가되어 총 OOO을 특수관계자 OOO에 저가로 양도한 사실이 확인되므로, 이 부분에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2012사업연도에 대한 법인세를 경정고지하여야 한다고 되어 있다.

(2) OOO사옥이 OOO와 2005.3.7. 체결한 약정서의 주요내용은 다음과 같다. OOO

(3) 청구법인이 제시한 OOO사옥에 대한 감정평가서(2010.2.17.)에 의하면 신축된 그룹사옥의 감정평가액은 OOO으로 되어 있고, 감정평가의 주요내용은 다음과 같다. OOO

(4) OOO 도시환경정비사업 관리처분계획을 최종 인가한 내역을 보면(도시계획과-15415, 2008.9.30.), 전체 토지는 5,409㎡이고 이는 택지 3,913㎡와 정비기반시설 1,495㎡로 구분되며, 택지 3,913㎡는 사옥건물의 건축물대장상의 면적과 일치하고 그 세부내역은 업무시설 3,670㎡와 근린생활시설 243㎡이며, 정비기반시설은 도로와 공원으로 종로구에 공여하도록 되어 있다.

(5) 이 건과 관련하여 그룹사옥을 감정평가한 OOO은 2013.4.25. 청구법인에게 다음과 같은 의견을 제시하였다. (가) 토지 취득 및 건축물 신축을 위해 매입한 사업시행권은 통상적을 토지 및 건축물의 원가를 구성하는 항목으로 토지 및 건축물으 가치에 포함된다고 볼 수 있다. (나) OOO의 감정서의 평가금액은 가격시점 현재의 토지, 건물 가치로 별도의 사업시행권 가치를 평가하는 것은 아니다. 문의한 장부상의 사업시행권은 본 건물 신축부지조성사업과 관련한 도심재개발사업시행 약정건으로 토지, 건물 취득원가에 포함되는 항목이다. (다) 결론적으로 OOO사옥 장부상 계상되어 있는 사업시행권(영업권)은 건물 신축을 전제로 한 권리로 건물 신축과 동시에 소멸되어 토지, 건물 가격에 화체되었으므로 본관 메인타워 평가금액에 포함․반영되었다.

(6) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO와의 약정서․OOO의 사업 최종인가서․사옥의 건축물대장․OOO의 감정평가서에 나타나는 부지 면적(전체 5,409㎡, 택지 면적 3,913㎡) 등에 비추어 공사가 진행중이던 부지에 사옥을 신축하기 위한 목적으로 사업시행권을 취득하였고, 그 밖에 다른 목적이나 별도의 용도로 취득하였다고 볼 만한 사정이 없는 점, 사옥신축만을 위해 취득한 사업시행권은 이후 사옥신축이 마무리되면 초과수익력을 의미하는 다른 영업권과는 달리 별도 자산으로서의 가치를 가진다고 보기 어려운 점, 사옥신축 목적으로 지급한 대가는 신축이 완료되면 사옥의 취득원가에 반영되어야 할 것으로 그룹사옥의 감정평가법인도 쟁점영업권을 그룹사옥에 포함하여 일괄하여 감정평가하였다는 취지로 답변하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점주식의 보충적평가를 하면서 쟁점영업권의 가액을 별도로 순자산가액에 가산하고 쟁점주식을 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. (단서 생략) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙 등】① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 따른다. (후단 생략)

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다. 제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가
  • 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. 제64조【무체재산권 등의 평가】① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상의 감가상각비를 뺀 금액으로 평가한다.

② 제1항 외에 공업소유권 등 그 밖의 무체재산권의 평가는 해당 재산의 취득을 위하여 든 가액 또는 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. (단서 생략) 1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴·폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분 제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산·준비금·충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제59조 제2항의 규정에 의한 영업권평가액은 당해 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 제54조 제4항의 규정에 의하여 평가하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제59조【무체재산권등의 평가】① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비상당액을 차감한 가액에 의한다.

② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년 만기 정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)]

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조 제1항 중 “1주당 순손익액 및 1주당 추정이익”은 “순손익액”으로 본다. (문서 마지막에 아래 마크가 나타나도록 부탁드립니다)

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)